廓爾喀王叔因清兵不斷深入，來勢凶猛，失地數百裏，南界印度之披楞與己又有宿怨，佯以兵船來援，實陰逼邊鄙。福康安進兵初期，曾檄令廓爾喀東南的哲孟雄、宗木布魯克，南麵的甲噶爾和西麵的巴作木朝等部同時進攻，“許事平分割其地”，各部見清兵連勝，開始考慮出兵之事，哲孟雄部長向駐藏大臣和琳“奏請派兵”，求領賞銀。強敵深入腹地，周邊各部不穩，廓爾喀執政王叔巴都爾薩野決意“乞降”求貢。早在清兵攻克東覺進兵雍鴉時，巴都爾薩野便送出上年擄去之兵丁王剛、第巴塘邁，呈遞稟帖一件，內稱紅教喇嘛沙瑪爾巴已於五月十五日病故，乞求降順，但未“自行認罪”。福康安拒其所請，檄令國王拉特納巴都爾、王叔巴都爾薩野親至軍營乞降，獻交禍首及所掠財物，因其不應，繼續進兵。七月初雙方大戰於集木集後，初八日國王拉特納巴都爾再次遣大頭人懇請乞降，願遵檄令，交送所掠紮什倫布財物及西藏噶布倫所立年交元寶三百錠作為聶拉木三處“地租”的文約，獻禍首沙瑪爾巴之骨。
乾隆帝於五十七年八月初五日看到福康安送來兵丁王剛交的稟帖，下諭給軍機大臣說：此次廓爾喀僅令裹去兵丁來投稟帖，“稟內妄想乞降，尚未自行認罪”。此諭意即讚同福康安拒其所請的做法，要繼續進兵，征服廓爾喀。剛過了四天，乾隆帝的方針有了重大的變化，決意允貢受降，了結此事。他於八月初九日下諭說：藏內氣候驟冷，九月以後，冰雪封山，今歲氣節較早，預計九月中旬，已可能有雪霰，“若非及早蕆事撤兵，設糧運稍有不繼，是進不能直搗賊巢，退又為大雪所阻，事關匪細。早經降旨，令福康安就近籌酌，如實在萬難進取，不妨據實奏明，受降完事。朕遠在萬裏之外，不能一一遙為指示”，福康安受恩深重，曆經委任，不肯畏難遷就，“惟在臨機應變，妥速蕆功也”。第二天，八月初十日，他又諭軍機大臣：今年氣候較上年更涼，下雪封山會更早，萬一福康安銳於進取，冒險深入，“轉瞬冬令，設至進退兩難，關係尤為重大。”著再傳諭福康安等，“如實不能進取”，巴都爾薩野又不敢親自來營，“即趁其畏懼懇乞”，令其遣大頭人進京，“具表納貢，悔罪投誠”，亦即受降撤兵。
隆乾帝的態度發生了這樣大的變化，顯然是因為他能夠深刻地、正確地記取將軍明瑞冒險深入，糧盡援絕，敗死緬甸小猛育的慘痛教訓。廓爾喀與緬甸有許多相似之處。比如，此時的廓爾喀，與明瑞深入時的緬甸，都有國破家亡的危險，故皆拚死反擊，衛國衛家；兩國皆係山高林密，道路險阻，氣候惡劣，天時地利均屬不和，對清軍十分不利；清軍遠道跋涉，轉運數千裏以外，人力物力財力耗費巨大；山地陡斜狹窄，騎兵難施所長；等等。如若硬要堅持滅絕其國分地與各部土司的方針，恐又會重蹈明瑞一軍慘敗的覆轍。實際上集木集一戰，清軍已遭受重大損失，若不及時收兵，後果難以設想。盡管乾隆帝此時還不知曉集木集大戰之情，但他根據福康安先前陸續呈報軍情的奏折，已深知行軍之難，打仗之艱苦，以及將士傷亡不小等情況，考慮到緬甸之役的前車之鑒，因此，在連勝之際痛下決心，當機立斷，決定放棄過去征服廓爾喀將其國分給各部土司的方針，改為“受降完事”。這一轉變是可取的，是十分正確的，是符合中廓兩國的利益的，而且也與實際形勢相吻合。就在此諭下達前的一個月，福康安已與對方議和了。
原來福康安連戰連勝，深入廓爾喀境七百餘裏，距其都城僅數十裏，眼看大功即將告成，所以先前拒絕廓爾喀的求和。現在看到集木集一戰，傷亡重大，五千名士兵，斷難再進，更難攻克都城征服全國。因此，七月初八日拉特納巴都爾差大頭人齎稟帖，至帕朗古清軍大營“乞降”，稟稱願遵檄令，送還所掠紮什倫布物品，繳出與噶布倫私立合同兩張，不敢複提西藏繳納歲幣之事，呈獻唆使入侵後藏的禍首沙瑪爾巴的骨殖及其眷屬、徒弟、財物，並先將去年擄去的西藏噶布倫丹津班珠爾等人送回，“稟內語言，多係感戴恩德，自行認罪，凡自稱之處，改為小的”，福康安便抓住這一天賜良機，立允其請。他又和廓爾喀使者談妥，令其國王於八月初八日遣辦事大頭人噶箕第烏達特塔巴、蘇巴巴爾底曼喇納甲、察布拉咱音達薩野、喀爾達爾巴拉巴達爾四人，恭齎表文進京，並備樂工、馴象五頭、“番馬”、孔雀、“甲噶爾所製番轎”、珠佩、珊瑚串、金銀絲緞、金花緞、氈呢、象牙、犀角、孔雀尾、槍刀、藥材等二十九種貢品，隨表呈進。
乾隆帝在八月二十二日看到福康安於七月初九日呈報廓爾喀王拉特納巴都爾“乞降”的奏折，立即下諭，允其“降順”，令福康安即向廓爾喀王傳旨，“赦其前罪，準令納表進貢，悔罪投誠”，並命福康安立即撤兵回到內地。他隨即封賞有功人員，授福康安為大學士，領侍衛內大臣，加賜一等輕車都尉與其子德麟，晉二等公海蘭察為一等公，其餘人員晉職升官。
廓爾喀貢使於乾隆五十七年九月二十日經清領隊大臣珠爾杭阿帶領，至紮什倫布謝罪。班禪對其曉諭：“爾部落自恃強橫，滋擾佛地，仰蒙大皇帝發兵進剿，猶幸及早悔過，允準歸降，此後惟當永遠恭順。”班禪並賜來使銀物，來使及隨行人員“均各感悅”。
乾隆五十八年正月初廓爾喀使者抵京，呈進表文和貢物。乾隆帝於正月初八、十三日、十九日，賜來使宴，並隨即封拉特納巴都爾為廓爾喀國王。
過了三年，乾隆帝傳位於嘉慶帝，自稱太上皇帝時，特下專敕，給予廓爾喀國王拉特納巴都爾。該敕說：
“爾自歸順以來，遵奉天朝定製，諸事恭謹盡禮，昨歲因朕在位六十年大慶，專陳表貢，並將年例表貢遣噶箕爾與大頭人瑪都薩野恭齎進呈，其見誠悃可嘉。據表文內稱，爾年已長成，所有爾部落事務，均能親理，披覽之餘，尤為欣慰，並悉爾叔圖薩拉克齊公巴都爾薩野，已將部落事務歸爾自理，伊住廟誦經等語。從前爾年幼時，巴都爾薩野曾為爾代辦一切，今以爾長成，遂將部落事務交代，甚屬得體。爾今既躬親理事，倍當感朕恩施，凜遵法度，輯睦鄰封，禦下有方，庶事成期妥協。並當念爾叔巴都爾薩野前勞，時加眷顧，巴都爾薩野亦應恪供臣職，勉荷王休。……嗣後天下庶政，以及撫綏藩服事宜，嗣皇帝悉遵朕指示辦理。爾部落諸宜恪守舊規，安居邊繳，遵奉欽差大臣法度，公平貿易，嚴束下人，勿致滋事，以期永受殊恩。”
從乾隆五十七年停兵議和修貢以後，廓爾喀國王遣使五年一貢，雙方關係密切融洽，貿易發達，友好往來，邊境安寧。
第四節曼殊師利大皇帝直轄西藏。
一、創立“金奔巴瓶”削弱噶布倫權勢。
乾隆帝在用兵廓爾喀之時，就在仔細思考變起之因和將來安藏之法。他嚴厲懲治貽誤軍機釀成大禍的滿漢大臣與西藏地方僧俗官員。他革駐藏大臣保泰、雅滿泰職，於前藏枷號示眾，幾次重責四十板，又改保泰名為俘習渾，清語為賤役，將巴忠之子授官者盡行革退，著在護軍拜唐阿上行走。他又革四川總督鄂輝職，將其於前藏枷號示眾，乾隆五十八年才赦還京師，授拜唐阿。唆使廓爾喀入侵後藏的六世班禪之弟紅教喇嘛沙瑪爾巴，雖已病亡，但罪過太大，帝命將其貲產抄沒，其在藏內羊八開地方之廟，給予辦糧濟軍有功的濟隴呼圖克圖，其家貲財估價變賣銀六萬四千餘兩，招人開墾地畝，耕種青稞，其各處莊田，每年應收租銀七千一百餘兩，俱賞給達賴，為每年如繃、甲繃及“番兵”等應得口糧養贍之用。仲巴呼圖克圖，當廓爾喀兵入侵紮什倫布時，“倡率眾人逃避”，本應正法，乾隆帝念其係六世班禪之兄，諭令解送來京，住於六世班禪曾居住的德壽寺內，不許返藏。孜仲喇嘛羅布藏丹巴在吉祥天母像前假托占詞，妄稱不可與廓爾喀兵打仗，致紮什倫布喇嘛藏民“皆無固誌，相率散去”，釀成大禍，乾隆帝諭令將其“剝黃處決”。
乾隆帝努力探討變亂產生的原因和保證西藏安寧之法。他聯係康雍時期的曆史，結合乾隆五十七年內的實際情況，反複思考，終於找到症結所在，這就是噶布倫專權，駐藏大臣虛有其名，必須徹底改變這種狀況，使駐藏欽差大臣牢固掌握西藏軍政大權，不許噶布倫專擅。
他主要從三個方麵來解決這一難題。首先是斥責噶布倫專權橫行，滋生事端，禍害藏地，剝奪其權，使其成為駐藏大臣的屬下官員。乾隆五十六年十二月二十六日，他下諭給軍機大臣說：
“……(羅布藏丹巴妄托占詞搖惑眾心)羅卜藏策登等遂起意講和，即擅自差人前往賊營講說，可見藏內諸事俱係伊等主持。而鄂輝於辦理羅卜藏丹巴一事，既令噶布倫眼看處決，又將羅卜藏策登等四人，交噶布倫羈禁，是鄂輝辦理藏務，無事不商之噶布倫，殊屬非是。衛藏一切事務，自康熙、雍正年間，大率由達賴喇嘛與噶布倫商同辦理，不複關白駐藏大臣，相沿已非一日。達賴喇嘛係清修梵行，惟知葆真養性離塵出世之人，豈複經理俗務，自必委之於噶布倫。而噶布倫等遂爾從中舞弊，諸事並不令駐藏大臣與聞，又滋生事端，始行稟白，籲求大臣為之經理，迨至事過，仍複諸事擅行，以致屢次滋釁，成何事體！即如上次賊匪滋事一案，係噶布倫索諾木旺紮勒起釁，此次又係噶布倫丹津巴珠爾在彼播煽生事，此即噶布倫不可用之明驗。乃鄂輝現在辦理藏務，仍事事令噶布倫幹預，積習相沿，不可不大為整頓。向來駐藏大臣，往往以在藏駐紮，視為苦差，諸事因循，惟思年期屆滿，幸免無事，即可更換進京，今經此番大加懲創之後，自應另立章程，申明約束，豈可複循舊習。嗣後駐藏大臣，與達賴喇嘛，遇有應辦事件，當一一商同辦理，噶布倫等與在藏章京會辦，不得稍有專擅。……著福康安於抵藏後，將此詳細告知達賴喇嘛及各呼圖克圖大喇嘛等，鹹諭此意，嗣後即遵照辦理，以期永綏衛藏。”