這道諭旨講明了四個問題。其一，噶布倫專權。諭旨列舉典型事例，說明了西藏軍政事務實際上俱由噶布倫主持，諸事並不“關白駐藏大臣”，“不令駐藏大臣與聞”。其二，不許噶布倫掌權擅行。噶布倫營私舞弊，滋生事端，此次五十三年、五十六年廓爾喀兵的兩次入侵，皆與噶布倫“起釁”有關，“此即噶布倫不可用之明驗”，因此，不能讓其專權。其三，噶布倫專擅的條件。噶布倫之所以能把持藏務，專權橫行，有其曆史條件和客觀因素。一為達賴係“葆真養性離塵出世之人”，不會經理俗務，諸事自然委付噶布倫辦理，他們便借此上下其手，事事擅行；二為駐藏大臣視此重任為苦差，因循苟且，惟思三年期滿平安無事，即可更換返京，從而聽任噶布倫把持專斷。其四，革弊定製。從今以後，遇有應辦之事，駐藏大臣與達賴一一商同辦理，噶布倫與駐藏章京會辦，不得稍有專擅。
過了四個多月，五十七年閏四月二十四日，乾隆帝下諭，對上述方針又作了進一步的補充和完善。他指出，以往的駐藏大臣，不諳大體，往往以會見達賴時，瞻禮致敬，“因而過於謙遜”，“即與所屬無異”，一切辦事與噶布倫等“視如平行”，授人以柄，“致為伊等所輕”，諸事專擅，並不關白駐藏大臣，相習成風，已非一日，從今以後，鄂輝、和琳“均係欽差大臣，除拜佛瞻禮之外，其辦事原應與達賴喇嘛、班禪額爾德尼平等，至噶布倫等，即係屬員，諸事自須稟明欽差辦理，如伊犁將軍之統轄伊犁，喀什噶爾參讚之統轄回疆，方足以符體製而肅綱紀”。鄂輝、和琳應乘此時機，加意整飭，力矯從前積習，“應事權歸一，可期撫馭番民，永綏衛藏”。
這兩道諭旨，已把噶布倫之謬誤及禍害，講得非常清楚，將其數落得體無完膚，沒其特權，將這藏中之王貶為駐藏大臣的屬員。乾隆帝又乘勢前進，把噶布倫及戴繃、第巴等官員任用權拿了過來。他下諭說：從前西藏戴繃、第巴缺出，皆由達賴喇嘛處定補，現改為令“駐藏大臣會同達賴喇嘛商議，揀選補放”。噶布倫“責任更要”，遇有缺出，若即將達賴議定正陪之人奏放，“仍不免徇情滋弊”，著交駐藏大臣，嗣後凡噶布倫缺出，會同達賴，於應升用之人內，擇其能幹之人，“秉公選定正陪”，於各人名下注明如何出力之處 ，“奏請補用，俟朕揀放”。不久，他又降諭說：前後藏租賦，一向歸屬達賴、班禪所有，眾蒙古平時又皈依布施，故布達拉、紮什倫布商上“蓄積饒多”，駐藏大臣素不過問，聽任商卓特巴、噶布倫等“任意侵蝕，各擁厚貲”。嗣後商卓特巴、噶布倫等缺，應聽駐藏大臣秉公揀選，其一切收支，“亦令駐藏大臣綜核”。
以上諭旨，雖然是直接針對噶布倫而言，但很顯然，其目的並不僅限於此。噶布倫之權從何而來？還不是達賴授予的。達賴委命他們管理藏地軍政諸務，他們之所以有權，之所以能驅使僧俗官民，不過是因其有達賴的旨意，作為達賴的代理人來行使其權而已。現在，要他們聽從駐藏大臣的命令，由駐藏大臣會同達賴奏請皇上任用，這實際上是剝奪了達賴單獨任用噶布倫及戴繃等官的權力，削弱了達賴管理藏地軍政事務的權力，駐藏大臣與達賴平起平坐，甚至實際掌握軍政大權，達賴之權大為縮小。為了保證這一方針的長期執行，乾隆帝又想出了金奔巴瓶這一妙計。
乾隆五十七年八月二十六日，他第一次提出以金奔巴瓶抽簽的方式，確定達賴等大喇嘛之化身呼畢勒罕。他諭軍機大臣，令其傳諭大將軍福康安將此列為西藏善後事宜的重要內容。他說：前後藏為達賴喇嘛駐錫之地，各蒙古及“番眾等”前往皈依瞻拜，必其化身確實，方足宏衍禪宗。查藏內達賴喇嘛、班禪額爾德尼等呼畢勒罕示寂後，令拉穆吹忠作法降神，俟神附其體，指明呼畢勒罕所在。乃拉穆吹忠往往受囑，任意妄指，以致達賴喇嘛、班禪額爾德尼等，“親族姻婭，遞相傳襲，總出一家，與蒙古世職無異”。甚至丹津班珠爾之子亦出有呼圖克圖之呼畢勒罕，仲巴與沙瑪爾巴(皆呼圖克圖)，同為前輩班禪弟兄，仲巴係紮什倫布商卓特巴，“坐享豐厚”，沙瑪爾巴居住廓爾喀，未能分潤，唆使廓爾喀兵搶掠，“此呼畢勒罕不真及族屬相襲之流弊也。”嗣後應令拉穆吹忠四人認真作法降神，指出實在根基之呼畢勒罕若幹人，將其生年月日各書一簽，貯金奔巴瓶內，令達賴喇嘛等會同駐藏大臣，“對眾拈定，作為呼畢勒罕”，不得仍舊如前妄指，私相傳襲。
不久，他又將此製推廣於蒙古地方，特下長諭專講此事。他說：達賴喇嘛、班禪額爾德尼係宗喀巴之大弟子，世為黃教宗主，“眾蒙古、番民素相崇奉”。近年因指認呼畢勒罕之拉穆吹忠古爾登巴等人，法術無靈，不能降神，且徇情妄指，或出自族屬姻婭，或出身蒙古汗王公等家，竟與蒙古王公、八旗世職官襲替相似，論之佛法，必無此理。甚至連噶布倫丹津班珠爾之子，亦出有呼畢勒罕，以致眾心不服。沙瑪爾巴便乘機起意，謀占班禪遺產，唆使廓爾喀搶掠紮什倫布，“遠煩大兵聲罪致討”。“朕維護黃教”，欲整飭流弊，因製一金奔巴瓶，派員齎往，設於前藏大昭，仍從其俗。俟將來藏內或出達賴、班禪及大呼圖克圖等呼畢勒罕時，將報出幼孩內，選擇數名，將其生年月日名姓，各寫一簽，放入瓶內，“交達賴喇嘛念經，會同駐藏大臣，在眾前掣簽，以昭公當”。蒙古地方，各旗部落供奉之呼圖克圖甚多，大小不等，因於京城雍和宮內亦設一金奔巴瓶。如蒙古地方某旗某部出有呼畢勒罕，即報明理藩院，將其有關小孩之年月姓名繕寫簽上，入於瓶內，交掌印紮薩克達賴喇嘛呼圖克圖等，在佛前念經，“並交理藩院堂官公同掣簽”，將“從前王公子弟內私自作為呼畢勒罕之陋習永行禁止”。
他在同一諭中，還特別舉出一樁土謝圖汗欲其子謀襲呼什克圖的作弊案件。他說：喀爾喀蒙古諾顏部之額爾德尼班第達呼圖克圖圓寂以後，其商卓特巴那旺達什為尋其師之呼畢勒罕，至哲布尊丹巴呼圖克圖廟內行禮，遇見土謝圖汗車登多爾濟。車登多爾濟“欲伊子為呼畢勒罕”，“有意告知那旺達什其子生時有一點微光，那旺達什便問明此子年庚及父母歲數，又至公額琳沁多爾濟家，問明其子年庚及父母歲數，然後入藏求達賴喇嘛、拉穆吹忠指示。達賴命其找拉穆吹忠，拉穆吹忠“看出那旺達什情形，用言試探”，那旺達什將車登多爾濟與額琳沁多爾濟二人之子告訴拉穆吹忠，拉穆吹忠即指定土謝圖汗之子“是真呼畢勒罕”，達賴喇嘛便照此批準。那旺達什從西藏回來時，已有旨禁止私尋呼畢勒罕，乃土謝圖汗車登多爾濟仗恃係達賴喇嘛和拉穆吹忠所指，向理藩院呈報。他發現此事可疑，派大臣審訊，查明此事，以車登多爾濟“私認呼畢勒罕”，以圖使一子襲己職，以另一子為呼畢勒罕，“可得喇嘛財產”，而革其汗爵和副盟長之職，以商卓特巴那旺達什“有意鑽謀汗王子弟為呼畢勒罕”，代求達賴喇嘛、拉穆吹忠附會妄指，“其罪更重”，將其“剝去黃衣”，發往河南安置。《清高宗實錄》卷1424，頁26、27、29、30，卷1427，頁3、4.
這樣一來，不僅達賴、班禪和西藏的呼什克圖，便是青海、蒙古的呼什克圖，其擇立呼畢勒罕之權，實際上亦已歸屬於清政府，這對加強、鞏固中央對藏蒙地區的管轄，起了重大作用。
乾隆帝還對革除以往噶布倫缺出皆由東科爾家道殷實世家富戶充補的舊習，取消噶布倫四缺中之喇嘛一缺，新設“番兵”三千名經費，以及與廓爾喀通商等事，作了具體的指示，並再三責令福康安等大臣“當趁此將藏中積習翦除，一切事權俱歸駐藏大臣管理，俾經久無弊，永靖邊隅”。
乾隆帝的這些諭旨，為福康安等大臣擬定西藏善後章程，奠定了基礎，他們根據皇上製定的方針和重要政策，小心謹慎從事，認真商討，終於妥善地解決了藏地善後事宜。
二、《欽定西藏善後章程》。
大將軍、大學士、兩廣總督、一等嘉勇公福康安等在藏文武大臣，根據乾隆皇帝的諭旨，聯係西藏實際，反複思考，提出方案，並會同達賴商議，傳達帝諭，積極解決西藏善後問題。
福康安先將“善後章程大意，告知達賴喇嘛”，觀其反應，達賴堅決擁護帝之旨意。福康安向帝奏稱：“察看達賴喇嘛，感戴出於至誠，一切惟命是聽，斷不敢稍形格礙”。達賴還特向福康安告稱：“此次官兵進剿廓爾喀，收複邊境，衛藏得以寧輯，實深歡感，即日專差喇嘛赴京，進表謝恩。”班禪亦因感激帝恩，“懇請差人赴京，齎進表貢”，福康安上報朝廷，乾隆帝十分高興，諭允其請。
乾隆五十七年十二月初六日，軍機大臣議複福康安奏上的“籌議番兵章程”，條文為：一、唐古特兵丁，一向為五千餘兵，係臨時在各寨調遣，有名無實，嗣後前藏後藏各設兵一千名，定日、江孜各設兵五百名，共三千名，在該處就近挑補。原設戴繃五人，前後藏各駐二人，以一人分駐定日，現再添設戴繃一人，分駐江孜，各管兵五百名，督率教演，前藏歸遊擊統轄，後藏及江孜、定日歸都司統轄。二、“大小番目”，須分別等級，逐層管束，於額設戴繃六名，以下設如繃十二名，甲繃二十四名，定繃一百二十名，遞相統轄，分管唐古特兵。遇有缺出，按照等差，由定繃以上，依次遞升。其東科爾世家充當兵目，亦一體辦理，不準超越。三、“番兵”酌給口糧，每名每年各給青稞二石五鬥，調遣征戰，每日由商上各給糌粑一斤，並發給執照，免其徭役。戴繃六名，每名按例各給莊田一分，其餘人員酌給錢糧，如繃給銀三十六兩，甲繃二十四兩，定繃十四兩八錢，俱由前藏商上交取，交駐藏大臣轉發。四、兵丁技藝，應令各將備“督同番目訓練”，駐藏大臣於每次巡查時，校閱優劣，分別賞罰，駐防將備即以所管兵目優劣，分別等第谘部。此項額兵，定為五分鳥槍，三分弓箭，二分刀矛，軍器火藥均按名分給。五、更換駐防將備，現在即於隨征營員內挑補，嗣後由四川總督派撥，內地官兵不得欺淩藏兵，駐防將弁和戴繃不得私令藏兵服役。軍機大臣讚同，帝從其請。清在藏駐兵一千名。這樣一來，西藏兵權便歸清政府掌握了。