乾隆五十七年十二月二十七日，軍機大臣又議複福康安等續奏的“籌酌善後章程”，共六條。一、駐藏大臣除上山瞻禮外，其督辦事務，應與達賴喇嘛、班禪額爾德尼平等，自噶布倫以下番目及管事喇嘛等，事無大小，均應稟知辦理。二、大小“番目”，立定等級揀放。噶布倫辦理一切事務，戴繃管領番兵，商上孜繃、商卓特巴總司出納，缺關緊要，不可越次補放，即各缺營官，管理番民，亦應揀選充補。嗣後噶布倫缺出，於戴繃、商上孜繃，商卓特巴內，由駐藏大臣會同達賴，揀選正陪奏補。商上孜繃、商卓特巴缺出，以管放口糧的業爾倉、管理刑名的協爾幫、噶廈的大中譯及孜仲喇嘛升補。業爾倉、協爾幫缺出，以管理布達拉藏民希約第巴、管拉撒藏民朗仔轄密本、管達賴馬廠達本升補。希約第巴、密本、達本缺出，以大缺邊缺及噶廈卓尼爾升補。大中譯缺出，以小中譯、噶廈卓尼爾升補。大缺邊缺營官，以小缺營官調補及小中譯補放。惟小缺營官，始準於東科爾及喇嘛內揀補。前藏商上鑄錢，應專派鑄錢孜繃、孜仲喇嘛各二名辦理，均由駐藏大臣會同達賴挑選，發給清字漢字藏字印照。紮什倫布，管事皆係喇嘛，商卓特巴缺出，以綏繃喇嘛、森本喇嘛升補。綏繃缺出，以孜仲喇嘛升補。森本缺出，以傳事卓尼爾升補。其餘寨落小缺，仍照向例。所有後藏商卓特巴、綏繃、森本各大缺，及管地營官，均照前藏例，由駐藏大臣會同班禪補放。三、“大小番目”及前後藏管事喇嘛，均不得以達賴、班禪族屬挑補。四、駐藏大臣二人，同在前藏，應於春秋兩季，輪流前往後藏巡查邊界，操演兵弁，所有烏拉人夫，自行給價，不得擾害藏民。五、駐藏大臣衙門，原設理藩院司員一員、筆帖式一員，前藏糧務一員，後藏無文職官員，現於前藏添設糧務一員，於同知州縣內派往，後藏添縣丞佐貳官一員，俱由川督揀派更換。六、駐藏大臣衙門，及文武各官聽差兵丁，應酌定數目，大臣衙門各三十名兵丁，遊擊八名，都司六名，守備每員四名，駐藏司員四名，筆帖式二名，千把總每員一名，前藏糧員看庫兵八名。軍機大臣議複，帝允其奏。
乾隆五十八年正月二十一日，軍機大臣又會同大學士、九卿議複福康安新奏“酌籌藏內善後章程”，共十六條。一、接壤藏地各部差人來藏，令邊界營官稟明駐藏大臣驗放，有稟駐藏大臣者，由駐藏大臣給諭，有呈達賴者，俱稟送駐藏大臣譯驗，商發諭帖。其寄信與噶布倫者，亦令呈駐藏大臣，與達賴商給諭帖，不準噶布倫與外私通信息，違者革退。二、藏地邊界，如濟隴、聶拉木、絨轄等處，與廓爾喀相鄰，向無界址，現各設鄂博，厘定疆域，不準私越。三、邊界地方，因氣候惡劣，能幹辦事營官俱不願去，俱願在前藏當差。嗣後派幹練的小缺營官及營兵之“甲繃番目”調補，三年調回，記名以戴繃等缺升用，不勝任者革退。四、西藏世家子弟，稱為東科爾，“凡大小番目”，過去均由達賴挑補東科爾之通書算而家道殷實者委任，其餘藏民無進身之路，且不告訴駐藏大臣。嗣後令駐藏大臣與達賴公選，其非東科爾而技術熟練勤勉出力的兵丁藏民，亦準由定繃相繼升至戴繃。其餘辦事“番目”，仍選東科爾，按等補用，不準襲承祖父之職，以杜冒濫。挑取小中譯、噶廈卓尼爾、小缺營官等“番目”，須年滿十八歲以上才能委任，不準幼小濫充。五、堪布喇嘛係一寺首領，過去多係營求補充，嗣後各大寺坐床堪布缺出，由達賴會同駐藏大臣揀補，小寺堪布，仍專令達賴揀補。六、藏內各寨“番眾”，供應烏拉夫馬，過去達賴多濫給免差照票，噶布倫、戴繃及大喇嘛等莊戶，亦多求免差稅牌票，嗣後請概行撤銷，惟實著勞績者，令達賴告知駐藏大臣給票。七、衛藏各寨地方，雖統於達賴，而戶民增減去留，無從稽核。嗣後令達賴將所管大小廟喇嘛造冊，並令噶布倫將衛藏所管地方，及呼圖克圖等所管寨落戶口，一體造冊，於駐藏大臣衙門及達賴處，各存一份備查。八、青海蒙古王公差人赴藏，延請喇嘛誦經，以往並不徑行稟告駐藏大臣，嗣後令西寧辦事大臣行文到藏，由駐藏大臣給照，谘明西寧辦事大臣，互相稽核。九、喇嘛、“番目”等人，向來多私用烏拉，嗣後惟公事差遣，準稟明駐藏大臣及達賴，給以印票，標定號數，沿途照用。十、衛藏舊製，犯罪罰贖，近來噶布倫任意高下，倍罰肥私，甚至挾嫌捏詞慫恿達賴，“抄沒番目人等家產”，嗣後譯寫罰贖舊例一本，交駐藏大臣酌核擬辦。十一、西藏官兵所需火藥，工布地方產磺，製造火藥，較從內地運往省費，請就近創造，其鉛丸火繩，由川省解運。十二、達賴賞給噶布倫、戴繃管官房莊田，向有事故缺出不交後任者，請查明隨任交代，不準私占。十三、喇嘛支領錢糧，向來多先期透領，嗣後按期支放，違者究治。十四、各寨征收租賦，向多牽混，嗣後令商卓特巴按年立限嚴催，清交商上，並查實絕戶荒田，隨時豁賦。十五、駐藏大臣衙門的譯字房通事，不諳廓爾喀文字，請添設識廓爾喀字人役一名、通廓爾喀語通事一名，並另派唐古忒人三四名學習備補。十六、廓爾喀貢使進京，道路遙遠，每遇貢期，“令該酋長稟駐藏大臣”，以便駐藏大臣及四川總督派員接替護送。軍機大臣、大學士、九卿議複讚同，帝從其奏。
福康安還對達賴所收租賦等事，擬定規則，往上奏報，均被批準執行。達賴“所屬前後藏番民，每年租賦，除交各項本色外，約銀十二萬七千兩零”，所有商上用度，交駐藏大臣總核。紮什倫布“番民”租賦，照此一體辦理。藏地素不產銅，嗣後由商上鑄造銀錢，成色純用紋銀，每圓照舊重一錢五分，紋銀一兩易錢六圓，餘銀一錢作為鼓鑄工本，另鑄一錢重銀錢和五分重銀錢兩種，每兩紋銀分別易換九圓、十八圓。其巴勒布及商上原鑄舊錢，成色欠純，定為每兩易換八圓。西藏曆來與巴勒布、克什米爾等部進行貿易，藏民日用，“多仗外番”，現規定仍準與其通市，邊界藏民就近與巴勒布(即此時的廓爾喀)人易換鹽米，為數不多，不需限定次數，“其貿易番、回，均按名造冊”，存駐藏大臣衙門，每年巴勒布準貿易三次，克什米爾準貿易一次。“赴外番營販時”，商人呈明駐藏大臣給照，令駐紮江孜、定日二汛備弁驗放，自“外番”來藏商民，亦令該二汛備弁，查稟駐藏大臣，到藏後，按名注冊。布魯克巴、哲孟雄、宗木等落部來藏瞻禮者，均令一體稽查，需索縱容者嚴究。濟隴、聶拉木二處抽收米鹽，及貨物到藏抽稅，仍照向例辦理。
另外，乾隆帝創定的金奔巴瓶製，因早經下諭執行，福康安等大臣便未議及。以上這些章程、製度，後來加以歸納組合，合為一冊，命名為《欽定西藏善後章程》，共分為二十九條，分貯理藩院及西藏，成為清政府管轄西藏的基本文件。
《欽定西藏善後章程》明確規定了中央政府擁有管轄西藏政治、軍事、經濟(租賦、銀錢)、外交、外貿等各個方麵的最高權力，在宗教上也有很大的權限，達賴、班禪及各大呼圖克圖之呼畢勒罕，需經清政府掣簽挑選和批準，各呼圖克圖違犯國法，將受到中央政府的嚴厲製裁。簡而言之，從此以後，西藏進一步直隸中央，這對藏族的前進，西南、西北的安寧和中華民族的發展，都起了重大的作用。
《聖武記》有一段概括性的話，盛讚乾隆帝治藏之功，說得不錯，現以此作為本節的結束語。其文為：
“(擊廓爾喀之後)留土蕃兵三千，漢、蒙古兵千戍藏。自是駐藏二大臣行事、儀注始與達賴、班禪平等，其四噶布倫及番目缺，均大臣與達賴會同選授，定商上喇嘛銀錢出入之額，與春秋巡查鄂博之製，於是事權始歸一。自唐以來，未有以郡縣治衛藏如今日者。……自元明以來，未有以齊民治番僧如今日者。……其土伯特四部、青海二十九旗、厄魯特王各旗、喀爾喀八十二旗、蒙古遊牧五十九旗、滇蜀邊番數十土司皆黃教。使無世世轉生之呼畢勒罕以鎮服僧俗，則數百萬眾必互相雄長，狼性野心，且決驟而不可製。南北朝時，西域數十國迎法師，求舍利，動至兵爭，為部落安危所係。蓋邊方好殺，而佛戒殺，且神異能降服其心，此非堯、舜、周、孔之教所能馴也。高宗神聖，百族稟命，詔達賴、班禪兩汗僧當世世永生西方，維持教化。故衛藏安，而西北之邊境安，黃教服，而準、蒙之番民皆服。……蓋至金奔巴瓶之頒，而大聖人神道沒教變通宜民者，如山如海，高深莫測矣。……允矣，曼殊師利天可汗哉！允矣，曼殊師利天可汗哉。達賴進表稱(清帝為)曼殊師利大皇帝，蓋曼殊音同滿珠，即滿洲轉音也。”