玄武門事變後的第三天，六月七日，皇帝李淵下詔立李世民為皇太子，正式入主東宮，處理國家一切政務。詔文曰：
皇太子世民夙稟生知，知量明允，文德武功，平一宇
內，九官惟序，四門以穆。朕付托得人，義同釋負，遐邇
寧泰，嘉慰良深。自今後軍機兵伏倉糧，凡厥庶政，事無
大小，悉委皇太子決斷，然後奏聞。
原秦王府屬官，得到重新封任，宇文士及為太子詹事；長孫無忌、杜如晦為左庶子；高士廉、房玄齡為右庶子；尉遲敬德為左衛率，程咬金為右衛率；唐儉、虞世南為中舍人，褚亮為舍人，姚思廉為洗馬。原東宮洗馬魏征為管事主簿，這樣，組成了以太子世民為首的東宮決策機構，繼續維持朝廷運轉。
李世民愛才，特別愛大智大勇之才。原東宮洗馬魏征，刀架在脖子上仍胸懷坦蕩，誓死如歸地講真話：“如果太子建成早聽我的勸告，也不會有今天的下場。人各為其主，我忠於我的主人李建成，這有什麼錯呢？管仲不是還曾射中小白的帶鉤嗎？”憑這一席話，他就免了魏征的死罪。原來聽說魏征為瓦崗軍李密、夏王竇建德獻策，在他們敗亡受死時，幡然省悟沒聽魏征的話，他對此還半信半疑。一想到自己第一次平定劉黑闥並未湊效，魏征輔佐老大第二次剿滅成功，他完全折服了。當即把魏征封為管事主簿，帶回王府，經過徹夜長談，把他引為知己。對他的深謀遠慮，錚錚忠言，納諫如流。
魏征對李世民毫無顧忌地說：
“前宮結釁宗社，得罪神人，已遭天譴。然罪在二凶，前宮官屬皆天子重委，其中不乏驍將能臣，願太子示以公心，停止罰戮，盡收前宮才俊於轂中。不示至公，將禍不可解。”
李世民發動玄武門之變是出於迫不得已，他也正想妥善處理“蹀血禁門”留下的不良影響。聽了魏征剖腹之言，第二天下詔大赦天下。凶逆之罪，止於建成、元吉，其餘前宮、齊府官屬親眷一律不再追究，其僧、尼、道士、女冠依舊。
李世民有容納百川的胸襟，對原東宮府屬中傑出人才大膽地加以信任與拔用。詔令發出，原來參加攻打過玄武門的翊衛車騎將軍馮立、左車騎謝叔方，從逃逸的荒野中回到長安。馮立親手殺死屯營將軍敬君弘後，聲稱：“微以報太子矣！”足見他是李建成的“心腹死黨”。六月五日，他前來請罪，李世民斥責說：
“你在東宮，潛為間構，阻我骨肉，罪之一也；昨日複出兵玄武門來戰，殺傷我將士，罪之二也。”
當馮立表示痛改前非，李世民就加以撫慰，授以左屯中郎將，馮立泣不成聲地道：
“逢莫大之恩，幸而獲濟，終當以死奉答！”
攻打玄武門，後來又包圍秦府的副護軍、附馬爺薛萬徹，亡命終南山後藏匿不出，李世民派遣魏征前去招諭。薛萬徹回到京城，自縛其身，向太子李世民負荊請罪。李世民親自為他鬆綁，撫慰道：
“你皆忠於所事，真義士也！”
不久，李世民拜薛萬徹為右領軍將軍。
對原東宮府屬中的能臣，李世民同樣加以重用，甚至引為知己。原太子中允王珪、東宮屬官韋挺，被貶雋州，李世民將他們召回，封為諫議大夫，留在身邊作顧問。
長安、洛陽的建成、元吉餘黨，暫且安下心來，有的官複原職，有的在家賦閑，都不敢恣肆鬧事。委屈突通為陝東大行台左仆射，鎮守洛陽；遣右衛大將軍柴紹出征突厥，戰於泰州，斬突厥大將特勒一人，士卒首級千餘，邊境暫時安定。
李世民縱禁苑鷹犬，罷四方貢獻，聽百官各陳治平之道，政令簡約而整肅，中外大悅。
過了幾天，皇帝李淵以手詔賜裴寂、蕭瑀、陳叔達和黃門侍郎裴矩等曰：“朕當加尊號為太上皇。”表示了要早些禪位的意思。這是李淵的明智之舉，一則朝廷政務已交太子世民，二則痛失二子他身心和皇威均受到嚴重打擊和傷害。本來李唐天下就是二兒世民打下來的，二十八九歲的他誅殺了兩個兄弟，精力充沛雄心萬丈，再不把皇位交給他，弄不好今後父子皆成陌路之人。
李淵在千秋樓邀飲裴寂時，推心置腹地說：
“老啦，人已經殺了，朕不想再跟世民去爭個理長理短。幹脆把位子騰給太子，朕隻想安安樂樂去享太上皇的福了。”
裴寂扶太子建成，落得如此下場，李世民做了皇帝，還不知怎麼拿他開涮；心想有李淵在前麵擋風，或許還能苟且幾年。現在他要做太上皇去享自己的福，還能說什麼呢？
“唉，兒孫自有兒孫福，管他呢！”裴寂長歎一聲。如果李世民不饒他，認起真來，還將禍及子孫，他心有不甘地剌了句，“隻是聖上的兒孫也不能保全，不說老大、老四，就是孫子輩，一古腦兒就滅了十王啦，整整十行絕籍了。”
“報應，報應……”李淵每想及此就心痛如割，他拿酒來麻醉自己道，“悔不該當初聽你的，立了建成；要立世民為太子，也許他們兄弟就相安無事了。”
“事情還沒完，”裴寂不陰不陽地說，“聖上頒布了詔書，京城暫時是沒事了，可是外麵難說啊！”
“外麵？”李淵停杯半醉。
“太子建成仁厚，外麵的王呀，疆吏呀，多與他交好，就沒人為他討個說法嗎？”裴寂唯恐天下不亂。
“喝，喝……一醉解千愁！”李淵不想再看到皇室內部廝殺，他醉醺醺地瞪著紅眼珠結結巴巴地說，“隻要廬江王、幽州大都……都督李瑗不鬧事，旁，旁的就沒……沒事。”
廬江王李瑗，是李淵從兄之子，建成、世民一輩的堂兄弟。李瑗生性懦弱，不是將才，封他為幽州大都督時，李淵遣右領軍將軍王君廓作他的副手。王君廓原是竇建德部將，盜寇出身，勇悍險詐，李瑗卻推心倚仗，並結為兒女親家。當初太子建成謀害秦王，曾與李瑗暗通，密為外應。玄武門之變後，詔遣通事舍人崔敦禮馳往幽州，要李瑗回京。李瑗做賊心虛，與王君廓謀議。
王君廓欲取李瑗邀功，便故意說道：
“大王進京，必無全理。今擁兵數萬，奈何受欽使之召，自投羅網呢？”說完還灑出幾滴眼淚。
“我今以命托公，舉事決矣！”李瑗對王君廓深信不疑，乃把欽使崔敦禮抓了起來，逼他說出京師情況。崔敦禮威武不屈，李瑗將他囚禁在都督府。同時發驛征兵，且召燕州剌史王詵赴薊，共商舉兵之事。兵曹參軍王利涉諫李瑗說：
“王君廓反複無常，不可委以機柄，宜早除去，以王詵代之。”
李瑗猶豫未決，王君廓已知隱情，乘夜去見王詵。王詵剛沐浴，披發而出，王君廓揮劍斬首，舉起首級對王詵部將道：
“李瑗與王詵反叛朝廷，囚執欽使，擅自征兵。今王詵被誅，獨有李瑗，一跳梁小醜也！你們是隨李瑗遭滅族之罪，還是跟我王君廓立功取得富貴呢？”
“願隨主公討賊！”眾人齊呼。
王君廓乃帥其麾下千餘人，逾西城進入都督府。李瑗開始還在睡大覺，懵然不覺，直到聽心腹幕僚說王君廓從囚室釋放了崔敦禮，他才遽然竄下床，匆忙帥手下數百人披甲而出，與王君廓在中門狹路相逢。王君廓對李瑗部卒喊話道：
“李瑗叛逆朝廷，你們願跟他赴湯蹈火陷滅頂之災？”
眾卒棄甲而逃，僅剩李瑗一人，李瑗罵王君廓道：
“你這個無恥小人，還是親家，竟敢賣我！”
王君廓陰笑一聲，命將李瑗捆了，縊死，割下首級，隨奏章一道遣六百裏飛騎傳首京城。王君廓因此封左領軍大將軍兼幽州都督，李瑗的家口財物全部抄沒賞給了他。
幽州廬江王李瑗的叛亂，給李世民敲響了警鍾。為了加強對朝廷的絕對控製，李世民又一次改組中樞權力機構。任命高士廉為侍中，房玄齡、宇文士及為中書令，蕭瑀為左仆射，封德彝為右仆射，長孫無忌為吏部尚書，杜如晦為兵部尚書，原天策府兵曹參軍杜淹為禦使大夫，顏師古為中書舍人，劉林甫為中書侍郎。
唐初君主的輔佐機構，習依隋製，設尚書省、中書省、門下省，三省長官均為宰相。尚書省原設尚書令，因李世民為秦王時曾任此職，其後不置，以左右仆射為尚書省最高長官，也即宰相。尚書省是中央最高政權機構，下設吏、兵、刑、戶、工、禮等六部，管理日常政務，各部以尚書為長官，侍郎副之。
中書省是幫助皇帝收發文書、起草和傳達詔令的文書處理機關，長官為中書令，以中書侍郎副之。
門下省是參與審議、掌管機要的皇帝最親近的侍從，長官為侍中，以守侍中副之。
武德年間，宰相一般為六人，即左右仆射，加中書令、侍中各二人。侍中因地位特高，又是最親近皇帝的人，所以常作為對大臣的加銜，如不帶“同平章事”稱號，便不算宰相。為防止權臣篡位重演，三省長官都不輕易授人，而以級別較低的其他官職，加上“參掌機務”、“參預朝政”、“參知政事”等頭銜，行使宰相的職權。
三省之外，還有三省：即秘書省、殿中省、內侍省，各省設監為長官，少監副之。秘書省領著作、太史二局，隸中書之下。殿中、內侍二省都是宮廷事務機構，一個為皇帝服務，一個為皇後服務。此外還有九寺五監，如太常寺、光祿寺等等。
軍事係統也作了相應調整：以秦叔寶為左衛大將軍，程咬金為右武侯大將軍，尉遲敬德為右武侯大將軍，侯君集為左衛將軍，段誌玄為驍衛將軍，薛萬徹為右領軍將軍，張公謹為右武侯將軍，長孫無忌的兄長長孫安業為右監門將軍。
皇帝李淵的班底，除了蕭瑀、封德彝被重新任用，裴寂那一夥人基本被架空起來了。
前太子李建成、齊王李元吉的黨羽，散亡在民間，雖有大赦令，仍然不得安寧。一些地方疆吏，爭相追捕以邀功請賞，使得一些想歸順的人也心存餘悸。諫議大夫王珪不畏嫌言上書，直言赦令不行邀賞者將激起更大“禍亂”的弊病。