高宗元年（公元650年）春正月，立妃王氏為皇後，在太極殿舉行了隆重的王皇後冊封大典。當時皇帝李治的後宮已有受寵的蕭淑妃、劉氏、鄭氏和楊氏等嬪妃。王皇後性情溫柔，沒有多少主見，也沒有生育，但這是太宗皇帝選中的王妃，孝子李治還是立她為後。
後宮劉氏生忠，李忠早已封為陳王。其餘幾個年幼的皇子，李孝封為許王、李上金為杞王、李素節為雍王。
李治除喪後，第一次在太極殿朝會時，對眾臣謙恭地道：
“朕初即位，事有不便於百姓者，各位愛卿宜悉陳諫，有不方便言說的，可呈封奏。”
李治心地善良，而且耳濡目染先帝《帝範》教導，他是決心做一個體恤愛民的君主。朝會過後，他每天引十名都督、剌史入閣，細心詢問百姓疾苦，民間憂樂，大政方略。
當時有個洛陽人李弘泰，上密折誣告太尉長孫無忌謀反，皇帝看了既驚又疑：長孫無忌是他的親舅舅，當年廢立太子時，有人主張立魏王泰，是舅舅和褚遂良極力主張立他李治。父皇崩逝，又是舅舅和褚遂良扶他即位，登基不到幾個月，舅舅為什麼就要謀反呢？於情於理都是說不過去的，顯然這是惡意陷害，挑撥他與舅舅之間的君臣關係。想到這裏，他召太尉來到延嘉殿，把那封險惡的密奏遞過去道：
“舅舅，你看看這份密折。”
長孫無忌接過去一目十行地看了一遍，將密折還給年輕皇帝，臉色難堪話音發顫地說：
“聖上，既然有人告老臣謀反，為何還將密折給老臣看？”
長孫無忌當時已五十五歲，比褚遂良還大一歲，他們在前朝就官至太尉、中書令，且又是顧命大臣，在年僅二十三歲的皇帝麵前自稱“老臣”一點也不過份。
“朕不會相信李弘泰的話，”李治接過密折氣咻咻地道，“誣告反坐，按律亦當死罪，傳旨，將洛陽李弘泰斬首棄市。”
說完，皇帝就要撕毀密折，長孫無忌止住說：
“慢。聖上，即便是誣告，也該交大理寺審理清楚。”
李治不聽，將密折一把撕成兩半，投入焚香爐中燒了。然後拉著長孫無忌一同坐了下來，充滿親情地說：
“舅舅，朕新登大寶，就有不法之徒企圖挑撥君臣親睦。此事不宜交大理寺張揚出去，卿去宣旨，朕相信太尉舅舅。”
長孫無忌感動地答應一聲：
“遵旨。”
“還有一事，”皇帝以示信任和關懷地道，“皇妹金城公主，先帝在世時就許配了舅舅的兒子，長孫詮表哥，有司以為喪服以除，欲以今秋成婚，朕擬賜婚。”
“唔，還是再等等吧，皇上。”長孫無忌侃侃言道，“於誌寧上疏稱：‘漢文立製，本為天下百姓。公主服本斬哀，縱使服隨例除，豈可情隨例改，請俟三年喪畢成婚。’老臣覺得他說得也有道理，金城公主還隻十三四歲，犬子也不過十四五歲，三年後成婚也不耽擱。”
“那就這樣？”李治稍後又補了句，“再等一年兩年吧，也不定就非等三年不可。”
一場風波就這樣平平安安過去了。長孫無忌與褚遂良同心輔政，新皇帝亦尊禮二人，恭謹聽之，故永徽之政，百姓安寧，五穀豐稔，頗似貞觀盛世之延續。
皇帝日理朝政，處置軍國機務，不恥下問，也還得心應手。這年吐番鬆讚幹布卒，其嫡子早逝，立其孫為讚普，有國相祿東讚襄助，境內安靖。高侃俘突厥外逃的車鼻可汗至京師，釋之，拜左武衛將軍，其餘眾安置鬱督軍山，置狼山都督府。高侃為衛將軍，於是突厥盡為封內之臣，分置單於、瀚海二都督府。
這些處置，皆有乃父太宗之風。
但是到了年末，麻煩還是來了。監察禦史韋思謙劾奏中書令褚遂良抑買中書譯語人之地。大理少卿張睿冊在受理這個案子時，認為準估無罪。韋思謙劾奏曰：
“估價之設，備國家所須，臣下交易，豈得準估為定！張睿冊舞文弄墨，附下罔上，按罪當誅。”
這件事令皇帝左右為難，處置吧，褚遂良是顧命大臣，不處置吧，監察禦史言之有理。最後與太尉商定，左遷褚遂良為同州剌史，張睿冊為循州剌史，暫時都離開了京城。
同一時候，由於李世勣固求解職，已解除其左仆射，以開府儀同三司、同中書門下三品參預朝政。以王皇後舅父、中書侍郎柳奭、黃門侍郎宇文節並同中書門下三品。
朝廷大臣已青黃不接，皇叔、皇兄又還要找些亂子。
金州剌史滕王元嬰是皇帝的叔父，驕奢縱逸，畋獵無節，經常夜開城門，勞擾百姓。甚至拿彈弓彈人，把人埋在雪堆中嬉戲。而皇兄蔣王惲則像滕王元嬰一樣斂聚錢財，敲詐百姓，早有折子遞上來彈劾。善良懦弱的李治對皇叔皇兄感到十分頭痛，又不好拿他們開涮，於是賜書給二王切責道：
“取適之方，亦應多緒，晉靈荒君，何足為則！朕以王至親，不能至王於法，今書王下上考，以愧王心。”
後來皇帝賜諸王帛各五百段，獨不賜二王，敕曰：
“滕叔、蔣兄自能經紀，不須賜物；給麻兩車以為錢貫。”
二王收到皇帝賜來的兩車麻，愧得無地自容。
自高宗元年開始，皇帝李治還是頗有雄心，一直在調整中樞機構的官吏。先後以於誌寧為左仆射，張行成為右仆射，高季輔為侍中。高宗三年春正月，召回褚遂良為吏部尚書、同中書門下三品（行宰相職）。以宇文節為侍中，柳奭為中書令，以兵部侍郎韓瑗守黃門侍郎，同中書門下三品。柳奭是王皇後的舅父。
皇帝連續發詔：廢玉華宮為佛寺；詔令京官及外州官吏不準進獻鷹隼犬馬；親自焚毀胡人鞠球之戲。他對侍臣說：
“昨登樓，欲以觀人情及風俗奢儉，非為聲樂。朕聞胡人善為擊鞠之戲，嚐一觀之。昨初升樓，即有群胡擊鞠，意謂朕篤好之也。帝王所為，豈宜容易？朕焚此鞠，冀杜胡人窺望之情，亦以自誡。”
李治是想做出一番有益於庶民百姓之事。
皇帝在日理萬機的同時，自然沒有忘記他那個在感業寺尼庵的情人武曌，還是高宗元年太宗的忌日，他便借為先帝行香，去過感業寺，幽會過情人。那次，他駭然知道武曌已經懷上了他的孩子。當那個好強的女人平靜地解開胸衣，讓他去探摸微微隆起的腹部，去感愛小生命的輕微跳動時，真如平地一聲炸雷，他不知是喜是憂。
“這可怎麼辦？”他身為皇帝，卻對皇子將要降生束手無策。
“怎麼辦？把他生下來嘛。”她倒說得輕鬆。
“這……”他登基不到一年，皇帝在尼庵生了私生子，這樣的醜聞要傳了出去可怎麼辦，“不會傳出去吧！”
“放心，”她嫣然一笑，“尼庵的師太是我的人，安排我住在一僻靜的別院。到生的時候，她讓我母親、姐姐來照顧，誰也不會知道我武媚娘生了皇帝的龍子。斷了奶，讓母親、姐姐帶出去撫養，直到皇上把小尼接進皇宮，再把孩子帶回皇帝身邊。”
“一定，一定。”
皇帝再一次許下諾言。但是有些事情，這個優柔寡斷的皇帝也不能自己作主。自從名正言順立了王皇後，他要接武媚娘回宮的事，好多次話到嘴邊，他又不好啟齒。時間就這樣蹉跎過去了，生下來取名弘的孩子都快兩歲了，孩子跟外婆、大姨住在應國公府，他也曾見過幾麵。但是，他至今無法跟王皇後提起武媚娘生了他的孩子，因此也就沒辦法把武曌接回宮中。由於王皇後沒有過生育，其舅父中書令柳奭暗地裏為王皇後出主意說：
“陳王忠母親劉氏地位卑賤，皇後你想法把陳王忠立為太子，使其與你親近，皇後日後也就有依靠了。”
王皇後覺得舅父說得有理，於是經常去元舅太尉無忌府走動，終於由長孫無忌出麵，說服皇帝，於高宗三年秋七月，在太極殿舉行了立陳王忠為太子的冊封大典。
太子李忠位居東宮，以左仆射於誌寧兼太子少師，右仆射褚遂良兼太子少傅，侍中高季輔兼太子少保。
東宮安置已定，但掖庭宮驀然審出三駙馬、三公主反叛朝廷的驚天大案，這無疑是給守成之帝的李治當頭一棒。
事情起因於沙門僧人智勖數人，私入掖庭宮侍奉皇妃、公主，皇帝命掖庭令陳玄運按察其事。這一下扯出房遺愛和高陽公主夫婦，與其嫡長房遺直兄弟的是非。
早年，宰相房玄齡次子、散騎常侍房遺愛尚太宗女高陽公主。公主驕橫跋扈，房玄齡薨逝，公主唆使丈夫與兄長遺直爭分家財，進而讒言遺直。房遺直向太宗剖白所受冤屈，太宗深責公主，從此寵愛頓衰，高陽公主惴惴不安，怏怏不樂。接著禦史劾盜，查出沙門辯機家有一皇宮禦枕，辯機交代是高陽公主所賜。原來公主與辯機私通，饋贈之物以億萬計，並以二女子侍奉遺愛。太宗聽說大怒，腰斬辯機，殺公主奴婢十餘人，公主愈加怨恨。太宗駕崩，高陽公主毫無悲戚之容。李治登基，她又唆使丈夫與兄長遺直訴訟，皇帝詔房遺愛坐出為房州剌史，房遺直為隰州剌史。
房遺愛因高陽公主住在宮城，他一直未去房州任上。他在京城結交的，大都是一些受到貶斥心存怨望的皇親國戚。駙馬都尉薛萬徹，在軍中盛氣淩人，屢有上書劾奏者，太宗愛其功，始有姑息。後副將裴行方力諫，李世勣進言道：
“萬徹位大將軍，而內懷不平，罪當誅。”
太宗這才下詔，除籍徙邊。太宗崩逝大赦，高宗二年，複授寧州剌史，入朝，與房遺愛關係十分火熱。常有怨語道：
“我雖病足，坐置京師，鼠輩猶不敢動。”
還進一步與房遺愛密謀說：
“若國家有變，我與你當奉司徒荊王元景為主。”
荊王李元景的女兒，是房遺愛的弟媳，有了這層關係，李元景常跟房遺愛往來。荊王元景多次對遺愛說，在夢裏我經常把玩日月。這樣，早有不貳之心的房遺愛，便把荊王元景當作未來之君了。
駙馬都尉柴令武，是高祖的女婿柴紹與平陽昭公主的兒子，他又娶太宗的女兒巴陵公主為妻，這個兩朝駙馬，也不安分。被免除衛州剌史以後，托以公主有疾，留在京師求醫。由於臭味相投，也跟房遺愛頻頻往來，密謀變天。
三駙馬的這些怨語圖謀，是暗地裏進行的，皇帝李治本無著察。碰巧高陽公主私謀廢黜兄長房遺直承襲父親房玄齡的封爵，給自己的丈夫房遺愛，她無恥地使人向皇帝上密折，說房遺直奸汙了她。房遺直也就反告遺愛及高陽公主怨語圖謀之罪，說：
“罪盈惡稔，恐累臣私門。”
李治對這位姐姐、姐夫大為惱火，命太尉長孫無忌舅舅親自鞠審駙馬都尉房遺愛。遺愛反相已露，被拘入大理寺大牢。長孫無忌邀監察禦史韋思謙、大理寺卿一道劾審房遺愛。
長孫無忌坐在那兒，冷冷地瞅這個多事的駙馬都尉問：
“房遺愛，你知罪嗎？”
“臣，有罪……”
“你有什麼罪？如實招來！”長孫無忌提高了嗓音。
房遺愛骨碌著眼睛，一邊逡巡坐在上麵的幾位大臣，一邊打開了主意。他知道自己與萬徹、令武兩個駙馬都尉以及荊王元景的密謀一旦暴露，定死無疑。他突然想起貞觀年間太子謀反，罪大惡極的紇幹承基免死的故事。他想：我何不做個紇幹承基“第二”呢？他知道，決定他生死的長孫無忌，與司空、安州都督吳王恪有仇。吳王恪的母親楊妃是隋煬帝的女兒，李恪從小就有文才，太宗常以為這個兒子像自己，欲立為太子，長孫無忌固諫而止。由此吳王恪與長孫無忌相惡。吳王恪在安州都督任上名望素高，朝野矚目，太尉深為忌恨，總想找個由頭把吳王恪除掉，以絕眾望。想到這裏，房遺愛順水流舟地道：
“罪臣與吳王恪……有些聯係……”
“噢？”長孫無忌立即直了直身子，瞪著眼睛問，“你與吳王恪有什麼聯係？”
房遺愛知道自己這一金蟬脫殼之計，也許能救一命，便無中生有地編造如何與吳王恪密謀反叛朝廷，如何以安州為基地，招兵買馬，聯絡各地反抗朝廷的勢力，擁戴吳王恪進京做大唐皇帝。
長孫無忌、韋思謙和大理寺卿，都被房遺愛的“坦白交待”驚得目瞪口呆。這輕輕鬆鬆沒動刑罰，沒動逼供，就審出了高宗朝的第一大驚天大案。順暢得連審訊的人都覺得有點犯疑。
“房遺愛！”長孫無忌在桌上輕輕一拍，毫不費力就把吳王恪抓出來了，興奮中帶幾分威嚴地道，“你可不能像一條瘋狗，到處亂咬。你說吳王恪造反，常言道：‘秀才造反，三年不成’，憑你們幾個皇親國戚文弱書生，就能反得了朝廷嗎？”
“不，不光是……”房遺愛明白要救自己，就顧不得至交親朋了，“還有大將軍……別的王爺都督……”
“還有誰？”監察禦史韋思謙也迫不及待地問。
“還有駙馬都尉、大將軍薛萬徹……駙馬都尉柴，柴令武……司徙荊王元景……就是左驍衛大將軍駙馬都尉執失思力……特進、太常卿江夏王李道宗，都，都有些來往……”
“啊！啊……”長孫無忌這個經曆過貞觀朝風風雨雨的元老勳臣，也被房遺愛“坦白交待”的這一串人物嚇得毛骨棘然。看來不光是殺個吳王恪，而是要大開殺戒了。剛扶上台沒幾年的仁孝皇帝，他受得了這麼大的打擊嗎？朝野將怎麼看這“眾叛親離”――三駙馬，不！加上執失思力是四駙馬、牽涉三王的謀反案呢？緊張過度後的疲勞，使他的手都抬不起來隨便揮揮，衝刑役喊了聲，“把他帶下去！”