“辦一處必須肅清一處，不得因賊匪逃散潛匿，即為完事，以致兵過之後，遺孽複萌，又複潛出滋擾。”
從起義開始到現在，不足三個月，三省督撫大員盡行出動，嘉慶的力氣花的並不少。乾隆更是如此，奏折幾乎都是他辦理。和前幾個月不同的是，自從福康安身死，乾隆的性格變得十分怪僻，喜怒無常。嘉慶知道父親年老，不免昏聵，辦理得更加細致，但是，他又不讓乾隆察覺他在其中出了很大的力，也不會讓和珅覺得對他有威脅。借助諭旨之處，他多次親筆給督撫寫信，勸導他們為朝廷盡心盡力。有時還以情感人，寫下發自肺腑之言。奇怪的是，白蓮教不但沒有鎮壓下去，反而更加厲害。嘉慶為了盡快除去心頭之患，自五月起，三次給和琳下過密令，催促他撤兵轉征白蓮教。但是和琳卻沒有把這個新皇帝放在眼裏，三次都以“不能顧此失彼”而拒絕。這使嘉慶皇帝臉上無光，對和氏兄弟更加痛恨。
不久，和琳因一意孤行，在苗疆戰死。
為征苗疆，費時已達一年半有餘，兩位主帥先後殞命，消息傳至京城，乾隆簡直不敢相信。和琳之死並不足道，但是卻使他回憶起福康安，不由得暗自傷心。同時，無論什麼原因，為區區苗疆，使清廷失去兩位主帥，這對乾隆不能不說是又一個沉重打擊。和珅聞聽此訊，哭得死去活來，畢竟，和琳是他的弟弟，而且也是他一個得力的助手。和琳一死，把他的計劃全部打亂。乾隆看到和珅這個樣子，便婉言相勸：
“你們和氏兄弟，為了朕可謂鞠躬盡瘁、死而後已，朕心裏是明白的。”
“奴才為了太上皇，性命都不顧及，隻要太上皇你高興，奴才就是碎屍萬段，也心甘情願。和琳為國捐軀，是我和家的大幸，能為太上皇做事，雖死猶榮。可是，他的確死的太慘了。”和珅趴在地上，哭訴著。
“是呀，西南瘴癘地，自古為謫人所去之處，千辛萬艱，征苗實屬不易。和琳功高，朕決定追賜他一等忠勇公，配享太廟，入祀昭忠祠、賢良祠，還可以自建立祠，以彰其忠勇之心。”
“太上皇隆恩浩蕩，奴才怕太上皇如此厚愛，其他人說閑話，還請太上皇收回成命。”
“誰敢說朕的閑話？朕意已決。和珅，朕念你扶侍之功，任你為九門提督兼鑲黃旗滿洲都統。”
“奴才謝主隆恩！”和珅心花怒放，高興之際，已把弟弟慘死的悲痛拋到九霄雲外了。這是他謀求已久的職位。九門提督，掌握京城禁衛人馬，控製皇宮，當上這個官，就等於握住了朝廷的心髒。
和琳之死，嘉慶喜出望外，他對和琳早就十分忌恨，三次密諭，仍然按兵不動，最後逼緊了，才從苗疆軍隊中撤出三萬人，調到荊州。這一下他死在軍中，天遂人願。乾隆把奏折的處理事務交給了嘉慶，但名義上是“見習”而已，由嘉慶看折，提出策略，然後拿到乾隆麵前，乾隆最後敲定。這對嘉慶來說，權力有所增強，不像開始的幾個月，他對這些事務隻能不聞不問。乾隆畢竟老了，而白蓮教、苗人的起義驚動大半個中國，以至將領下至參將、副將，上至提鎮製台，每天都有一大堆奏折遞上，就是一個年輕人，也承受不了，更何況是年邁的太上皇乾隆。再者，嘉慶無論如何會當上皇帝，以後的事情，隻能由他辦理，所以，乾隆給了嘉慶這樣的機會，但是，他總是不放心，所以規定，嘉慶的決定隻有經過他同意才能頒下。這僅僅是半個多月的事。嘉慶對和琳之事的善後處理隻提了以額勒登保為第三任大帥，薑晟為副帥，繼續主持鎮壓事宜。畢沅等速調兵回楚，圍剿白蓮教，於和琳的賞賜問題，並未做安排。乾隆對前麵的意見都同意，又在後麵加上對和琳的追賜，嘉慶嘴上不說，心裏極不高興，尤其聽說和珅當九門提督，不免一驚。這件事非同小可，他需要找個人從長計議。朱珪遠在福建，顯然不解近渴。還有誰呢？他眼睛一亮，想到了新任大學士董浩，董浩在乾隆眼裏是一個重要人物，這次被任命為東閣大學士，嘉慶在當中說了不少好話，才使乾隆在劉墉、紀昀、彭元瑞四個人中定下來。董浩對嘉慶十分尊敬，為人正直，做事果斷，不像劉墉那樣遇事也嗔也嘉，詼諧不肅，紀昀那樣呆裏呆氣。嘉慶所以薦董浩，就看中了這一點，他身邊需要這樣的老臣，而且，董浩受乾隆器重，這就更為方便。
嘉慶宣董浩覲見，這不會引起人的懷疑，因為身為皇帝，他每天都要接受群臣的朝拜，與他們商量國計，是很正常的。董浩已經覲見過幾次，但是都沒有涉及十分隱諱的問題，這次，卻明顯不同。
嘉慶先是繞圈子，問了朝中諸臣狀況，最後才將話題轉到和珅的身上：
“和琳身死苗疆，愛卿可曾知道？”
“臣略有耳聞。”
“和珅兼領九門提督，這種事情，在前朝可曾有過？”
“臣鬥膽回稟皇上，聞所未聞。和珅身兼數職，致使政務不能及時處理，貽誤軍機，為害匪淺。”
“依愛卿之見，又當如何？”
“和珅專權狂妄，貪贓妄法，又有太上皇寵愛，致使怨聲載道，卻無人敢挺出揭發，前有曹錫寶、尹壯圖覆轍之鑒不遠，是以眾人都敢怒而不敢言。”
“果真如此？”嘉慶明知故問。
“臣有半句謊言，請皇上賜死。”
“此人終究為朝廷之害，依愛卿之見，該當如何？”
“太上皇名為歸政，實則仍舊操持大權，稍有不慎，皇上就會處境艱難，朝中諸臣，也隻能察言觀色行事。和珅寵幸日加，如果現在就對他采取行動，不但不能成功，反而於皇上有害，所以皇上行事，千萬加以小心才是。”
嘉慶皇帝聽罷，點頭稱是。有了這席話，他心情更加沉重，作為孝子，他不能逆父皇的意誌，但為國家社稷，他又不能不違背乾隆的旨意。眼下，他也隻能小心提防，待時機成熟，太上皇千秋之後，再行處置。
這時已經是六月，乾隆帝聽說襄陽義軍聚眾數萬，屢屢進攻州縣，而畢沅等人的奏折中卻每稱無不大勝，殺敵若幹，不免疑心大起，又想起畢沅在兩年前追捕劉之協一案上玩忽職守之事，更不放心。嘉慶皇帝提出，要委派一員大將，統領各省剿辦事宜，避免出現互相推諉、坐視觀望的情況。乾隆覺得有理，便下詔說用永保。
久經軍旅的永保，資曆頗深，他被任命為大帥，統領剿辦一事，永保確定了以襄陽為主攻方向，數萬清兵分數路向灌腦灣和雙溝寨而來。