從上看來，此時的代善，與兩年前(天命三年四月)力主進攻撫順的代善，好像不是一個人了。當時的代善，以鞏固，擴大後金國全局為重，進取心強，思路敏捷，論證清晰，勇敢果斷，不考慮個人安危(與明作戰，難保必勝，違抗汗令，可能受罰)。而今日的代善，卻寸土必爭，斤斤計較，總想找塊寬地修建好的府宅，這本身就顯示出氣量狹小，沒有遠見。而且，既然要修建安樂窩，就老老實實地修吧，偏要一請汗父改居已房，二請汗父住己佳地，好像真是賢孝之子，對父百般孝順關懷備至，可是一旦修建完畢，又舍不得，又要和汗父爭地，全未想到，大波剛平，應以韜晦為上，哪能和汗父爭執，再加新罪。這樣反反複複，實為謬誤，惹惱了汗父，完全可以定個欺君罔上的罪名。努爾哈赤確實生氣了，一則自己的汗宅，不如大貝勒府宅寬廣優良，有傷麵子。再則兒子朝說夕改，不遵父命，有意戲耍汗父，硬要爭居佳地，確係不孝。雖然此時努爾哈赤沒有發作，沒有懲治代善，但也明確表示了不滿，父子之間，又增添了一道新的裂痕。代善總算是糊裏糊塗地混過了第一關。
(二)虐待碩托。
第二關，也是代善自築的，他在對待碩托的問題上犯了大錯。碩托排行第二，與兄長嶽托是代善前妻之子，代善此時的福金納喇氏，是薩哈廉、瓦克達、巴喇瑪之母。碩托與莫洛渾之姐私通，二貝勒阿敏之弟齋桑古與莫洛渾另一妹私通。天命五年九月初三日，有人告發，齋桑古、碩托及莫洛渾夫妻欲逃往明國。十三日，努爾哈赤傳齋桑古，回告齋桑古與莫洛渾同往牧群。又傳碩托，碩托亦不在家，已往拖克索。努爾哈赤認為，三人均不在家，同一方向前往，“恐合謀叛逃”，於是集諸貝勒大臣議定，“發兵堵截通往明國之路”。至夜，三人各返其家，詢其是否合謀圖逃，三人均矢口否認，遂幽禁齋桑古、碩托，殺莫洛渾夫婦。代善五六次跪乞說：若聽從繼妻之言，虐待碩托，子是父非，則殺妻，如子“萌奸宄，行悖亂，可將子交我，我當殺之。”阿敏亦如代善，再三跪請斬弟，努爾哈赤不允。二十日，努爾哈赤下令說：釋放二人，齋桑古願與兄長阿敏完聚，聽從其便，如不願意，可自行歸入另外貝勒旗下。“碩托願隨其父則罷，不願，則來依祖父我也。”《滿文老檔？太祖》卷16.
在碩托一案的處理上，代善太笨抽也太狠心了。碩托、齋桑古親為汗侄、汗孫，貴為貝勒。莫洛渾是哈達貝勒孟格布祿之子，兄長烏爾古岱娶大福金富察氏之女莽古濟格格，是“太祖”的親女婿。莫洛渾又娶阿敏貝勒、齋桑古貝勒之妹，也算皇親國戚了。兩個貝勒、一位駙馬欲圖叛逃明國，此乃空前未有的醜事。雖然努爾哈赤不予深究，果斷決定兩個貝勒沒有合謀叛逆，但心中亦不免有所懷疑，不然，為何要斬殺莫洛渾夫婦。退一步說，碩托就算無意逃走，但與叔父齋桑古的姊妹通奸，也是違法犯紀，應予懲處。一為謀叛大罪，驚動了後金國汗，調兵遣將，四處堵截，一為有傷風化，姑侄通奸；倫理不容，國法當懲。作為碩托之父的代善，既可能因子出走而蒙受瓜田李下之嫌(遣子私通明國)，也必然要定上管教不嚴縱子悖亂的罪名，還可能因寵信繼妻虐待前妻之子而遭眾非議。處於這樣尷尬的局麵，代善最好是不動聲色，潛施影響，盡量大事化小小事化了，否定叛逃之嫌，擱置、冷卻通奸醜事，使碩托無罪釋放，平安無事，自己也就擺脫了困境，不受株連了。可是，曾經是勇猛出眾、精明過人的大貝勒代善，卻因聽信繼妻讒言，厭惡碩托，在審案過程中，喪失了理智，竟然再三向汗父請求，以碩托“萌奸宄，行悖亂”為辭，要殺掉親生之子。他就沒有想到，殺了碩托，自己怎能不受牽連，既有可能因此受罰，又會丟失麵子，將來怎能執掌國政，懾服諸貝勒大臣。真是私念蔽目，既愚蠢又歹毒，代善又為自己安置了另一道難關。幸好努爾哈赤顧全大局，妥善處理了此事，代善才解脫了自作之繭的束縛，僥幸地混過了第二關。
但是，代善被繼妻的讒言迷住了，太討厭碩托，成見太深，以致完全遮蔽了雙眼，失去了理智，弄昏了頭腦。他就沒有想一想，自己位列四大貝勒之首，尊為太子，統軍征伐，轄治黎民，滿門顯貴，已是登峰造極了。然而，功高震主，權大逼君，聲勢赫赫之時，也就是成為眾人之矢之日。君汗之尊，誰不喜愛，太子之位，怎不動心。為什麼小小庶妃代因察敢於首告大福金？敢於將諸貝勒大臣畏懼的大福金、大貝勒加上曖昧之罪？為什麼四個調查大臣敢於肯定代因察的訴狀，向太歲頭上動土？為什麼汗父要聽信此言休離大福金？為什麼汗父既同意自己爭房的要求，又要說一些氣話？為什麼汗父不認真審查就宣布碩托無叛逃之心？為什麼汗父不接受誅子的再三請求，而將碩托釋放，並願收留於汗之旗下？這一切疑問，集中到一點就是，努爾哈赤對代善是怎樣看的，代善的處境是萬事如意，還是危機重重，即將大禍臨頭？顯然局麵正朝後一個方向發展。麵對這烏雲密布山雨欲來風滿樓的嚴峻形勢，讓讒言和私念蒙蔽了眼睛昏頭昏腦的代善，不清醒地觀察形勢，采取妥當的對策，反而笨拙地一意孤行，硬要置碩托於死地，終於招來了險些喪身滅門的大禍。
(三)廢黜太子。
據《舊滿洲檔？昃字檔》記載，釋放碩托後努爾哈赤調查嶽托、碩托領有的諸申，知道兩人所屬部眾比其他異母之弟更差，令和濟爾哈朗的諸申交換。努爾哈赤質問代善給予碩托的諸申名稱，代善不正麵回答這一問題，反而說碩托與己妾通奸，有喀勒珠為證。努爾哈赤斥責代善被妻欺壓而將次劣的部眾給予前妻之子，代善不服。經查，喀勒珠承認誣陷碩托。努爾哈赤痛責代善，奪其太子之位和所屬部眾，淩遲喀勒珠。九月二十八日，代善親手殺了繼妻，向汗父請罪。努爾哈赤調解代善與莽古爾泰的敵對關係，令代善與諸貝勒分頭立誓。《舊滿洲檔》，是《滿文老檔》天命、天聰、崇德元年的四十冊原本，現存台灣故宮博物館，已影印出版。本書所用《舊滿洲檔》關於太子廢黜一案的材料，係摘譯日本岡田英弘教授用羅馬字轉寫的檔子，參考了岡田的《清太宗繼位考實》一文。
這件震驚八旗的“太子”之廢的大案，反映出了後金政局一係列的重要問題。第一，代善權勢很大，群臣畏懼。從薩爾滸建房爭地，到無理要求斬殺碩托，及頂撞汗父，已經十分清楚地表明了太子、大貝勒代善地位崇高，威風凜凜，這次事件中努爾哈赤的兩段話和莽古爾泰、皇太極等人的表現，更加強有力地證明了這一事實。《舊滿洲檔》記載：