天聰四年六月，以二貝勒阿敏放棄永平、灤州、遷安、遵化四府州縣，撤回沈陽，皇太極與諸貝勒譴責其過，從重懲辦，革其二大貝勒與旗主貝勒，幽禁終身，盡奪其所屬人口、奴仆、財物和牲畜，給與其弟濟爾哈朗貝勒，讓他繼為鑲藍旗旗主。這樣處罰太重了。一則阿敏的退回，雖不對，但情有可原。他隻統有兩萬士卒，又分守四城，孤懸境外，四麵遭受明兵包圍，而明朝政府下了最大的決心，一定要把這個釘子拔掉。當時各路援軍，眾達二十萬，由明總兵官馬世龍統領。五月十日，明軍先攻灤州，“人斫一柳，立平其壕"，發大炮，摧毀城堞，後金兵不能抵擋，突圍而走，阿敏遂收兵回遼。雙方兵力對比如此懸殊，阿敏不撤兵，恐會全軍覆沒。考慮到這一點，不能將其退軍，定為大罪。
二則，給阿敏定的大罪共十六條，而其中十一條皆是斥責阿敏輕視皇太極、欲奪汗位及以國主自居的罪過。比如，大罪之三，為阿敏欲圖納取獻給皇太極的美女，遭拒絕後，怒形於色，大發怨言。大罪之七，為阿敏以夢告叔父貝和齊說：“吾夢被父王楚，有黃蛇護身，想是神佑。”顯係以龍自命，將為真命天子。大罪之九，是阿敏“自視如君”，當他留守沈陽時，隨同皇太極征明的嶽托、豪格貝勒先還，阿敏“令守城大臣坐於兩側”，他“如國君正麵而坐，命二貝勒遠拜一次，近前複拜”。《清太宗實錄》卷5，天聰四年六月初七日。這才是皇太極不滿阿敏的真正原因。
三是阿敏身為太祖親侄，貴為大貝勒、旗主貝勒，從二十四歲就率軍出征，滅烏拉、葉赫，大敗明兵於薩爾滸，取遼陽、沈陽，攻朝鮮，屢立軍功，即使有過，論親，論功，論貴，都可寬免，不能僅僅因為撤兵回遼，而將前功一筆勾銷。
總之，皇太極對阿敏如此重懲，如此無情，主要是想除掉威脅汗位的一個可怕政敵，是想提高君威，抑製王權，特別是削弱三大貝勒的勢力，以逐步破壞和取消八貝勒共治國政製。
皇太極這樣做，多爾袞完全讚成，在他看來，三大貝勒就是該下台，不下，他上不去。他這一態度，在第二年懲治三貝勒莽古爾泰時，同樣表現得很清楚。
天聰五年八月十二日，後金軍攻大淩河城未下，傷亡甚多。第二日，莽古爾泰因昨日藍旗兵士死傷多，要求將隨鑲黃旗作戰和出哨的正藍旗護軍撤回來，並對“凡有差遣”，正藍旗皆倍於他旗，而有所埋怨，身為國汗又兼鑲黃旗旗主的皇太極，偏袒本旗，以勢壓人，堅持己見。雙方爭吵，莽古爾泰氣憤地說：“人君宜從中主持，上奈何獨指臣為言耶？臣諸事不能迎合上意，故欲殺臣耳。”說完：“攬所佩刀向前，以手頻摩其柄”。《清太宗實錄》卷7，天聰五年八月十三日。皇太極大怒。十月二十三日，大貝勒代善及諸貝勒議定，革去莽古爾泰大貝勒，降居諸貝勒之列，奪五牛隸屬人，罰銀一萬兩。《清太宗實錄》卷8，天聰五年十月二十三日。這下又取消了一個大貝勒，多爾袞當然讚同，當然是屬於議定莽古爾泰罪的諸貝勒之一。
天聰六年十二月，莽古爾泰病死，其弟德格類繼為正藍旗和碩貝勒，多爾袞少了一個競爭者。兩年半以後，使他高興的事又發生了。天聰九年九月二十五日，皇太極召集諸貝勒、大臣，曆數大貝勒代善對君不敬之過，宣稱將閉門不出，讓諸貝勒另舉強者為君。這顯然是示意要八旗貝勒、大臣議處代善。此時皇太極勢力已十分強大，正黃、鑲黃二旗兵強馬壯戰將如雲，多爾袞、濟爾哈朗緊緊跟隨，鑲白、鑲藍二旗為汗所用，二貝勒阿敏終身幽禁，三貝勒莽古爾泰已故，皇太極事實上已成為主宰後金的專製君汗，因此，八旗貝勒大臣集議，一致譴責代善欺君妄行，擬議革去大貝勒名號，奪十牛錄，罰銀萬兩。皇太極為示寬厚，免革其名號，發還十牛錄。《清太宗實錄》卷20，天聰九年九月二十五日。雖然實錄未寫明集議此案的各貝勒名字，但顯然有多爾袞在內，而且說不定是他為主。不管怎樣，代善第一次受到了譴責，多爾袞一定非常高興。
兩個半月後，出現了一件大案。天聰九年十月初二日，正藍旗旗主和碩貝勒德格類病故，享年四十歲。皇太極聞知痛哭，一連三日，“飲食皆未入口，哀甚”。十二月初七日，德格類屬下冷生機向刑部濟爾哈朗首告其主說：莽古爾泰貝勒、德格類貝勒、莽古濟格格(莽古爾泰之妹)及其夫瑣諾木與冷生機等，曾對佛發誓，要助莽古爾泰“不利於汗”。天聰汗以此言遍告諸貝勒，薩哈廉、阿布泰、阿濟格、多鐸等貝勒皆怒，惟嶽托懷疑此事，“無忿意”。諸貝勒、大臣議定，斬莽古濟與莽古爾泰之子額必倫，另六子光泰等廢為庶人，黜宗室，將正藍旗沒歸汗有。《清太宗實錄》卷20，天聰九年十月初二日；卷21，天聰九年十二月初七日。此事顯然可疑，僅憑一、二人的口供，就斷定必有其事，這在法律上來說，是不行的，根據非常少。而且，這個首告人，品質太惡劣，平時對主阿諛奉承，畢恭畢敬，一旦風雲變幻，就賣主求榮，捏造罪狀，陷害無辜，並專以“告訐”(即告密)為事，多次誣告他人。皇太極之所以如此處理，並不是他相信冷生機的首告，而是借此機會，兼並一旗，擴大實力，有了三個旗，加上鑲白、鑲藍二旗的依附，在八旗中居於絕對優勢，就可以放心地主宰後金了。多爾袞在這一問題上，也順從了汗意，據此和諸貝勒議處正藍旗。
正因為多爾袞聰睿機警，看準了皇太極必主後金，看透了三大貝勒必敗於天聰汗之手，所以，他埋下仇恨，改怒為笑，對八哥皇太極這個最大的仇人，竭力效勞，奉承惟謹，一以汗意為準，充當汗削弱三大貝勒的得力助手，因而博取了汗的絕對信任，蒙受汗的殊恩特寵。天聰五年七月，多爾袞統攝吏部，位列六部貝勒之首，同年十一月十七日，皇太極因降金副將張洪謨“是一位好人，當與好貝勒養育”，而“默裏根歹青(即多爾袞)善於養人，動作甚符我心”，“即與之”。這條材料十分重要，它表明多爾袞至遲在此時已與天聰汗完全連在一起了，皇太極既讚多爾袞之賢，又誇獎其“動作甚符我心”，對他完全相信，特別寵愛。當然，從多爾袞的“動作”，皆符合汗心之言，也表明了多爾袞對皇太極是何等的奉承恭順。
有了皇太極作後台，有了汗的大力支持和提拔，有了自己的軍功政績，多爾袞的勢力迅速增長，威望不斷提高，不到十年，他就由一個倒數第二第三權小勢弱的幼小台吉，一躍而為名列第三的大貴族，成為天聰汗之左右臂，掌握了很大一部分權力