進入四月以後，清軍逐漸占了上風，因為畢竟多爾袞派出了身邊的全部力量，而且大多是滿洲等八旗勁旅。多爾袞先後派吳達海、吞齊喀、巴布泰去代替阿濟格，派屠賴去增援太原清軍，同時清軍先後克複大同左衛、清源、交城文水、徐溝、祁縣、平陽、汾州等地，並再度向薑諭降。但是，大同依然固守。
六月丁巳，多爾袞再次率師出征大同。臨行前他說，這次出征並非是由於諸王大臣不能勝任，隻是怕他們行軍時擾民，另外他也至多走到寧武關、朔州，然後就回來。這使我們頗感迷惑不解。他自己所說的親征的理由根本不充分，而且京師到寧武、朔州還要遠些，又不解決問題。而且到七月，他又派滿達海、瓦克達去征伐朔、寧，自己走到一個叫阿魯席巴爾台的地方就不走了，邊打獵邊回了北京。多爾袞這次出行的個中緣故，遺憾的是還不能知曉。
這時，各路清軍已齊集山陝，薑已僅有防守之力了。但是，據博洛報告，平陽府還有十州縣、汾州府還有八州縣、太原府還有七州縣在叛軍手裏，就是說，這三府有一半城池未能克複。是年八月，多爾袞再派阿濟格、鞏阿岱等率軍攻大同。陝西總督孟喬芳也率軍自陝入晉，在臨晉、猗氏、解州一帶取得勝利。這月二十八日，薑手下楊振威等二十三人合謀殺薑及其兄薑琳、其弟薑有光，將他們的首級送到阿濟格軍前。次日，大軍攻入大同。
薑的反清曆時九個月，使多爾袞十分恐慌，他自己親征兩次(或可說三次)，動用親(郡)王以上者四人，其他高級將領十數人，所謂“諸將一時多授命，親王三遣自臨邊”。他三次諭降不從，對大同人民十分憤怒；況且就在大同被攻克之後，山西、陝西境內仍然餘波未平。為了發泄憤怒，殺一儆百，多爾袞下令除楊振威等二十三人的家屬和兵丁之外，其餘官吏兵民一律處斬，大同城牆從城垛拆去五尺，把薑等人的屍骨燒成灰燼，埋入土坑。其屠城之慘，桑幹河水都為之赤。後據大同新知府胡文燁報告，渾源、朔州、大同縣等三處居民中，共死亡一萬八千八百六十四個男丁，僅存五千四百七十九個男丁，婦女老幼還不在其內。“經王師屠戮，人民不存”。順治七年十二月宣大山西總督佟養量為懇題錢糧必不能完之虛數以便催征以奏實效事。原件藏第一曆史檔案館。
但是，薑反清的支持者們卻沒有束手就擒，在晉東潞安、遼州、平定、樂安以及太原附近的徐溝、祁縣、太穀、榆次、清源等許多地方仍有大股義軍在活動。他們一到，“鄉民俱欲迎接”，有的義軍還未到，他們就已換上明朝衣冠，把清地方官抓起來。《明清史料》丙編第8本，第736頁，“山西巡按蔡應桂揭帖”。直到順治七年七月，山西巡撫劉弘遇還抱怨說，“山西盜賊遍地蜂起，而反叛的紳衿處處都是，雖然經過大兵的剿滅，但逃避到深山峽穀之中的實在是大有人在，準備伺機而動。”《明清史料》丙編第8本，第756頁，“山西巡撫劉弘遇揭帖”。
這場戰爭的苦果還要老百姓去嚐。在這場戰爭中，百姓被殺戮過半，財物被劫掠將盡，田園荒蕪，還要承擔軍隊的糧草供應，加上蝗災又突然蔓延開來，真是“地方之殘，再莫殘於晉省，百姓之苦，更莫苦於晉民”。《明清史料》丙編第8本，第766頁，“山西巡撫劉弘遇題本”。
薑的反清和金聲桓，李成棟多少有些不同，他的起兵有點兒被逼上梁山的味道，正像整個清初的反清鬥爭那樣，它也是清初征服政策的產物。同時，也正象這場戰爭所表明的，多爾袞的錯誤政策不僅造成了大量人口的死亡，經濟恢複的緩慢甚至停滯，人民生活的極端痛苦，而且給自己的統治造成極大的被動。
我們是否可以設想，如果多爾袞及清朝統治集團在順治二年五月攻下南京之後，沒有采取一係列高壓征服政策(我們還未談到圈地、逃人、投充等問題)，滿漢矛盾是否便不會那麼激化？抗清鬥爭的深度和廣度是否會比實際情況差得多？從而通過和平環境的形成，使社會迅速安定、經濟逐漸恢複？答案是肯定的。明太祖朱元璋滅亡元朝，麵臨的也是一個社會矛盾錯綜複雜的局麵，但他一改元朝統治者的民族歧視和壓迫政策，並沒有對蒙古人等大肆屠戮，基本上是一視同仁，因此明初諸多人民起義中，北方少數民族起義的記錄相對較少。就是多爾袞自己在入關之初，也奉行比較開明的政策，因此中原一帶很快安定下來。後來康熙年間的民族政策也比較正確，從而換來了空前統一的多民族國家的形成。比往昔，比後世，個中經驗教訓，值得牢牢記取。
七年攝政生涯，七年戎事倥傯。無論如何，多爾袞以他的聰明才智和鐵腕基本上控製住了局勢，沒有使這新建立的權利滑向毀滅的邊緣，在抗清鬥爭的烈火中崩潰。他以軍事征服為主，拉攏撫綏為輔；後又以阿濟格、尼堪、博洛、滿達海諸王以重兵控製住後方，以洪承疇、吳三桂、孔有德、耿仲明、尚可喜分別經略江浙、四川、湖廣、兩廣等地，采取“以漢治漢”的策略，采取集中優勢兵力、各個擊破的戰略，使抗