多爾袞的一個優點是比較謙虛，比較有自知之明。他知道自己在治理國家方麵知識比較貧乏，因此對漢官的建議很容易聽信。進入北京之後，他馬上下令，各地投降官員各升一級，為首的把錢糧冊籍、兵馬數目親自送到京城朝見；並且下令，各衙門官員一律照舊錄用，可迅速將職務、姓名開報上來，那些因避農民軍而隱居山林的，也以原官錄用。兩天後，多爾袞再下令，令在京的內閣、六部、都察院等衙門的官員均以原官同滿洲官員一同處理政務。《清世祖實錄》卷5，順治元年五月庚寅、癸巳。
這三條命令一下，地方官前來投順的，京官前來報名的，紛至遝來，絡繹不絕。比如明朝大學士、閹黨分子馮銓“聞命即至”，立刻成了多爾袞的心腹。宣府巡撫李鑒、恭順侯吳惟華、真定知府邱茂華、井陘道方大猷、關門總兵高第、左都督駱養性、三邊總督李化熙等數不清的明官投降以後，多爾袞或是讓他們繼續原任，或是另做任命，加以提升，成為清王朝從中央到地方各級官僚機構的第一批得力幹將。按《明清史料》丙編中所收一份在京官吏職名殘冊所記，其中報名歸誠的各級官員中就有兵部左侍郎劉餘、右侍郎金之俊、職方司員外郎趙開心等三百多名，而這隻不過是按日編造的名冊中兩天報名的官員。《明清史料》丙編第3本，第201頁，“衣後所等衙門職名殘冊”。如果說成千上萬的明朝官吏都被任以原職，成為新朝的官吏，那就等於是多爾袞用新瓶裝舊酒，換湯不換藥，繼承了前朝遺留下來的一整套國家機器。
(三)中央機構――新時期的三院八衙門。
所謂“三院八衙門”是皇太極一手創建的。三院就是內三院，八衙門則是六部加上都察院和理藩院，這就構成了清朝初年行政機構的核心。
內三院是皇太極仿照明朝內閣建立起來的，內國史院設大學士一人，學士二人，負責記注皇帝起居、詔令，記錄政事，編纂史書等。內秘書院設大學士二人，學士一人，負責撰寫對外書信、敕諭，記錄各衙門奏疏等。內弘文院設大學士一人，學士二人，負責侍講、頒行製度等。從工作範圍看，它們是遠遠比不上內閣的，大學士的權力也比內閣大學士小得多。當時，內三院的地位比六部要低，後者為一品衙門，前者為二品衙門，這和六部尚書大多為滿洲貴族有關。
多爾袞進入北京後，一切按明朝留下的規矩辦。這年六月初一日，多爾袞令洪承疇仍以太子太保、兵部尚書兼都察院右副都禦史，和內院官員一同處理軍國大事。第二天，洪承疇就和馮銓一起向多爾袞建議，說：“國家最緊要的事情莫過於用人行政。我們身為內院官員，任何事都應該參與處理。但如今各部的題本奏章我們都不怎麼知道，所票擬的不過官民奏聞的事情而已。如果內院都不參與處理，更何況六科呢？如果有錯誤的地方，我們憑什麼指出來？六科憑什麼參奏？按明朝時的舊例，內外文武官民的奏疏和各部院覆奏的本章，全部發下內閣去票擬，批了紅的仍由內閣發到六科去抄發各部院，這些都是為了防微杜漸呢。希望今後一切要緊事務都要送到內院去票擬，然後請旨裁定。”《清世祖實錄》卷5，順治元年六月戊午。多爾袞聽了，連連點頭稱是。洪、馮二人按照明朝內閣的樣式改造清的內三院，企圖使內院也成為皇帝之下的最高權力機構。
然而此時此刻，內院大學士的地位仍然很低。大學士希福聽範文程說某人一天吃了二十次宴會，便對範抱怨說，我們這些儒臣哪裏比得上六部大臣和那些開疆辟土的功臣嗬！能這樣豐盛？於是就和範文程、剛林一起到多爾袞那兒去訴苦。多爾袞則認為他們抱怨得不錯，承認這是自己的失誤。但希福又把這事向別人說，被譚泰揭發出去，還被迫否認多爾袞有過承認錯誤的話。最後希福這個多年效力的老臣被革職為民，還算是對他寬大處理。《清世祖實錄》卷7，順治元年八月辛酉。
到順治二年三月，多爾袞似乎覺得洪承疇他們的建議不妥，以為如按明製，一切本章都通過內院，會耽誤事情。因此下令各部院一切疏章可直接上奉候旨。屬某部的衙門有事，可通過該部轉奏，省級地方官有事與某部有關，則必須先送到該部，由部臣請旨定奪，如果部臣處理不當，或有參劾部臣的本章，可通過都察院上奏，隻有“與各部無涉，或條陳政事、或外國機密、或奇特謀略，此等本章，俱赴內院轉奏”。《清世祖實錄》卷15，順治二年三月戊戌。