但過了二十幾天，四月十一日，多爾袞又發出令旨，說一切題奏本章都照舊例，也就是明例從內院請旨下部，覆奏施行。各省地方官民的本章該通過通政司的，仍從該司封進。可見他在故明臣僚的包圍下，難以對習慣勢力加以變更。但這樣變來變去，下麵也要跟著左搖右晃，各部在三月十五日到四月十一日之間收到的本章，又要移送到內院去，還要請旨才行。順治二年四月二十日刑部為遵奉令旨事。原件藏第一曆史檔案館。多爾袞希望對明製有所損益改革，維持一些清朝入關前的好東西，但畢竟難以行得通。當然，既是換上別人的軀殼，行為做事能不按照別人的麼？
是月戊申，剛林奏請定各部院品級。是時，六部已由原來的一品衙門變為二品，內三院亦仍舊為二品，二者平起平坐。但是，到本年閏六月壬辰定文武官員品級的時候，禦前內大臣、固山額真、六部尚書、都察院和理藩院承政等均為一品，而內院大學士卻與六部侍郎、都察院和理藩院參政這類副職一樣，都是二品官，地位再度低於六部等部門。總的來說，多爾袞盡管對內三院非常重視，一些有能力、有影響的官員如範文程、洪承疇、剛林、馮銓等也頗得他的信任，幾乎天天見麵，討論軍國大事，參見《多爾袞攝政日記》。但他畢竟隻是把它當做一個谘詢機構、顧問班子，沒有賦予什麼實權。後來到順治六年正月重定內三院官製，每院隻設學士、侍讀學士、侍講學士、侍讀、侍講各一人，加上滿漢大學士，每院不過十來個人，比以前以後都要少得多。直到福臨親政後，內院大學士的品級才提高到與六部尚書相同，甚至把內院之名改為內閣。由此可知，多爾袞攝政時期對於全麵漢化的趨勢還是有所遏製的。
和內閣或內三院有關的是翰林院。順治元年十一月初一日馮銓上疏，認為明朝因職務繁雜，又為儲存有才之士，將來可以備內閣宗伯、少宰之選，所以設立翰林院，而且用人多至三、四十員，現仍請多爾袞考慮設立。多爾袞同意設立，按明製為正三品衙門，同時裁撤了詹事府和尚寶司。《清世祖實錄》卷11，順治元年十一月乙酉朔。其實清政府機構中本來沒有這兩個機構，哪兒談得上什麼裁撤？由此更知，多爾袞操縱的原是明朝的政府機器，應裁應設，都是針對這一套而言。過了四個月，給事中朱徽提出詹事府、太仆寺和尚寶司這些衙門還是應該恢複，多爾袞又表示同意，《清世祖實錄》卷14，順治二年二月丁巳。可見他對於這類可有可無的機構(明製詹事府為輔導東宮之官，太仆寺負責牧馬等)是不太在乎的。他重視的是六部這些掌管具體事務和權力的衙門。
六部等機構雖然是仿明製而來的，但在皇太極時期，其主要負責人全都是清一色的滿人，副手則由滿、蒙、漢人參差充任，漢人數量較少。清兵入關後，六部尚書等職仍由滿人擔任，但由於多爾袞下令故明官員都以原官就任，就勢必引起職務、分工上的混亂。順治元年五月己亥，都察院參政祖可法和張存仁認為，治理國家關鍵在於得人，但吏、兵二部恐怕任事不實，仍舊是明朝時的陋習，遇事推諉，用人不當。而今天國家大，事情多，一兩個人是無法勝任的。因此建議讓內院一些有能力的官員來管理吏、兵二部的事務。多爾袞認為他們說得不錯，但內院需要處理的事情也很多，因此不便讓他們兼管部務。其實根本原因在於吏、兵二部是六部中最重要的兩個部門，多爾袞並不願意文臣特別是漢人身居其位。《清世祖實錄》卷5，順治元年五月己亥。所以像明朝一些級別較高的降官，如陳名夏、謝啟光、王公弼、孫之獬、劉餘、金之俊、提橋、黨崇雅、趙京仕、李化熙等也隻得分任六部侍郎之銜。就是這樣，他們還整天裏膽戰心驚，生怕做錯了事情，遇到重要大事，往往推到滿官身上去決定。［清］金之俊：《金文通公集》卷2，“同升錄序”，見《四庫全書存目叢書補編》第五六冊，第65頁，齊魯書社，2001年。
對這種情況，漢官是不滿的，因為一方麵漢官無法人盡其才，另一方麵滿官水平較低，處理事情不甚妥當。於是，順治三年，吏科都給事中向玉軒實在忍不住，說如今漢官隻有侍郎，沒有尚書，所以使日常事務有很多沒有處理。況且隨著全國統一，政事益繁，尚書就是滿洲一人，左右侍郎限於分工和地位，有事也不敢說，希望改變這種情況。［清］金之俊《皇清奏議》卷2，“向玉軒題為人才收拾宜先大僚，協理當設，謹陳末議以資采擇事”。當時多爾袞沒有理睬此事，後來還找了個茬子，說向玉軒結黨營私，將他革職為民。