可是，治理一個以漢人為主的國家，主要官員不是或沒有漢人，雖然體現了“首崇滿洲”的原則，但畢竟於行政不利。加上順治五年金聲桓、李成棟埋怨清朝舍不得封官許願而扯旗造反，在多爾袞的耳邊一遍又一遍地敲了警鍾。於是，順治五年七月十四日，多爾袞沒有像明朝那樣經過廷議，直接點名陳名夏、謝啟光、李若琳、劉餘、黨崇雅、金之俊分任吏、戶、禮、兵、刑、工六部尚書，徐起元為都察院左都禦史，與滿洲正官共同處理日常事務，從此定下了滿漢複職的官僚製度。但是，盡管同為六部尚書，但漢尚書地位顯然要低。後來金之俊也曾想到：以前遇事推諉還有情可原，現在給了你這個名稱，但又不給你實權，這就更可怕了。一旦國計民生、典章禮樂、吏治賞罰、刑法軍事等等有所偏差，全是這些漢官的責任。所以他十分感慨地說：“漢官作為正職從我們這些人―開始，不勝感慨，更不勝恐懼呀！”《金文通公集》卷2，“同升錄序”第65頁。
都察院也是仿明朝製度建立起來的，起初專門負責對王公大臣等官的監察。多爾袞知道這些人的作用，所以上台伊始，就對都察院官員說，你們這些朝廷風紀之官，一定要辦事稱職。並把他們的職責主要限於稽查諸王貝勒的行為，其他各官均由吏部考核。《清世祖實錄》卷1，崇德八年十二月丁醜。進入北京後，監察諫劾方麵又繼承下來一個六科，一個十三道。多爾袞當然還是希望他們經常上書言事的，一天退朝下來，他對各官說道：“我見著你們不對的地方，馬上就指出來。但我攝政以來，卻沒聽到你們對我有一言相勸，難道我的所作所為盡皆合理麼？”大家相互看了一眼。“王爺您一言一行都好，沒說的。如有不合適的地方，我們怎麼會保持沉默呢？”官員們異口同聲地奉承道。
多爾袞聽了此話，心裏挺舒坦，但臉上還是挺嚴肅的。“你們這些話太荒唐了，就是聖主當政，也不能全是好的，所以老能見到大臣諍諫。我怎麼能沒說的呢？你們這些人都是先帝時就效力的，對政事很熟，以後碰上不合適的事情，應該直說，我對你們正寄予厚望呢。”
大家聽了，都頗感動。《清世祖實錄》卷5，順治元年五月甲寅。
但是，建國之初不同於立國已久，滿洲貴族當政不同於漢人為主，這時候，才從農民軍暴風驟雨中逃脫性命的大小官員不知底細，哪兒敢犯顏直諫？搞不好，還會人頭落地。多爾袞不高興了，七月二十七日他專門發出諭旨給都察院、六科和十三道，說他們身為朝廷耳目之官，近來沒保舉出一位清廉持正的賢人，沒彈劾過一名受賄貪贓的狗官，朝廷設立風憲衙門還有什麼用處？希望他們以後直言不諱，舉賢內不避親，外不避仇，劾惡勿徇私情，勿畏權勢。但如果黨同伐異，門戶相爭，借權謀私，則一定重懲。《明清史料》丙編第3本，第221頁，“都察院揭帖”。兩星期後，他又在一啟本上批道：“愛憎毀譽，情麵城府，皆向來痼習，中外諸臣宜痛鑒前車，懋襄新政”，順治元年八月十日福建道監察禦史李之奇啟為民生之水火無聊，拯救之機權宜速事。原件藏第一曆史檔案館。再三表示了他重視監察機構的誠意。投降過農民軍、此時又降了清的明官孫承澤倒是頗有感觸，說在官製初定之時，首先設置了六科，直房設在故殿之側，和詹事府、翰林院諸臣在禁城之中辦事，真是“鏡治之原而挈其大綱”嗬！順治元年七月二十三日吏科都給事中孫承澤啟為科員乏人，謹舉所知，伏乞敕部即行題補以光盛典事。原件藏第一曆史檔案館。這樣，言官們的膽子稍稍大了些，他們不顧直房被燒毀，暫借龍德殿的崇仁、廣智二殿辦公，不顧桌椅被盜，門窗全無，沒有米菜煤炭和侍奉之人，不顧科員寥寥無幾，《明清史料》丙編第3本，第251頁，“內院示稿”。也開始一次又一次地上書言事，以表對新朝的耿誠之心。
凡事不能過分。多爾袞隻希望把言官控製在不損害獨裁者絕對權威和利益、又能建言論事的限度之內。順治二年閏六月，多爾袞又聲色俱厲，說明末諸臣沽名釣譽，結黨營私，任意上書，迷惑其主，使國政顛亂，盜寇四起。今天都察院、科道等官切不可用含糊之詞，泛泛揣摸，妄言條奏，博取虛名。《清世祖實錄》卷18，順治二年閏六月壬辰。這樣一來，很多人就把嘴巴閉上了。後來，因為發、圈地、投充、衣冠、逃人等幾大惡政攪得天下大亂，很多官員紛紛上疏諍諫，多爾袞一怒之下，下令凡為這五件事上疏的一律治罪，本章不許封進，《清世祖實錄》卷28，順治三年十月乙酉。一下子就把他虛懷若穀的麵具戳穿。就拿趙開心來說吧，他上書言事被駁，不敢再上了。多爾袞一次與大學士們聊天，說道：“禦史趙開心被駁了一個本，再不見上了。人臣進言，說得對自然不錯，偶爾說得不對，又何妨再上。”大學士們忙解釋說，可能他有謹慎小心的意思。
後來趙開心受多爾袞鼓勵，一時頻繁上書言事，甚至熬夜具本，但還是免不了挨多爾袞的整。《多爾袞攝政日記》
八衙門中隻有理藩院是清朝的獨創，我們後麵再專文論及。
(四)地方機構――舊人舊製的繼承。
地方官製更是依仿的明製。但明末社會動亂之後，出現兩個問題，一是經過農民起義的打擊和清初統治者的高壓政策，一大批地主官紳或死或亡，或成為反清的義士，因此形成大量官缺；一是明末舊習不改，地方吏製依然腐敗，稱職得民心的官員更是鳳毛麟角，微乎其微。順治元年七月朱朗奉命巡按山東，發現當地吏治廢弛十分厲害，而且目前急需布政、學道二臣，請多爾袞命令吏部即日推舉有能力的官員，星速就任。多爾袞當即批示：“齊魯名邦，士民望治，布政、提學員缺，即與慎選啟用。道府各官一並速補，吏部知道。”順治元年七月十一日山東巡按朱朗啟為略陳地方情形請補緊要監司事。原件藏第一曆史檔案館。