結果福建各階層人民紛紛被迫而起，都以周世科暴橫為理由。浙江福建總督陳錦等入閩後，在文武群臣中調查，結果都沉默不敢深談。等到周世科出巡延平，“闔郡士民遂鼎沸，共言其非矣”。有說他專用炮烙、活釘、火燎、水，以及樁坐糞門等酷刑，還說是清朝法度的；有說他詐取大量金珠，放在心腹手中隱藏的；有說他賄賂有關人員，委任監軍、監紀、私募兵丁的；有的揭發他濫收賊子娼男為義子，送於府學，學道不從反被鎖拿；揭發他侵克犯官的贓私，欺侮部民婦女，……等等，隻因周世科是關外舊人，所以以前無人敢於揭發。結果陳錦與禮部侍郎陳泰、梅勒章京東阿賴、刑部侍郎李延齡一起上疏參劾，得多爾袞批示：
周世科著革了職，並本內有名人犯，該督撫按拿究質對，確審擬罪具奏，敕印著即進繳。該部院知道。順治五年五月二十五日浙江福建總督陳錦為巡方奇貪異酷，大傷國澤，大壞封疆事。原件藏第一曆史檔案館。
到順治六年正月，部文下到福州，命將周世科等五名貪官汙吏就地斬首，這才略略平息了閩省的仇恨。陳鴻、陳邦賢：《清初莆變小乘》，見中國社會科學院曆史研究所清史研究室編：見《清史資料》第1輯，第73頁，中華書局，1980年。
這樣的例子，體現在清初檔案中的就有很多，而實際生活中發生而未被糾參的、我們所無法知道的就更不知有多少。但從以上諸例可以看出，多爾袞對於吏治還是加意整飭的，對於貪官汙吏還是嚴懲的。從入關進京之初，多爾袞就曾多次發布令旨，嚴禁各級官吏沿明末舊習，為非作歹。順治元年十月登極詔書中規定：
自本年五月初一日以後，凡在京大小衙門及在外撫、按、司、道，各府、州、縣、鎮、協、營、路、軍、衛等官，並書、吏、班、皂、通事、撥什庫、糧長、十季、夜不收等役，但有貪賄枉法，剝削小民者，照常治罪，不在赦例。《明清史料》丙編第1本，第97頁，“清世祖登極詔稿”。
十一月，龔鼎孳等上書請實行寬大之政，認為有的大官“罪止銖兩之微，而性命鴻毛，棄如草芥”，似為不妥。多爾袞不同意這種說法，因而批道：
貪官必誅，屢旨甚明，何必論贓多少？以後各官，著用心砥礪，朝廷自有優禮。《清世祖實錄》卷11，順治元年十一月癸卯。
天津總督駱養性曾談到明朝舊例，賦稅每兩加火耗三分，應予禁革。多爾袞批道：
前有旨：官吏犯贓，審實立行處斬。這錢糧征納，每兩加火耗三分，正是貪婪積弊，何雲舊例？況正賦尚且酌蠲，額外豈容多取！著嚴行禁革。如違禁加耗，即以犯贓論罪。該部知道。《明清史料》丙編第3本，第208頁，“天津總督駱養性啟本”。
此後，多爾袞又在頒布平定江南詔書、平定浙東福建詔書、平定廣東恩詔時，多次重申福臨登極詔書中有關吏治的內容，這樣，多爾袞對貪官汙吏還是經常治、從重治的。一些上司官害怕在考察中被人彈劾，因此也督下較嚴。如直隸大名府滑縣主簿鍾溶，到任時用地方銀三兩為自己修繕房屋，備辦家具，亦被揭發出來，“議革職，責二十板，贓照追”。順治五年六月初六日刑部左侍郎阿拉善為特糾貪吏以肅計典事。原件藏第一曆史檔案館。隻是多爾袞看了，實在覺得過分，批了“鍾姑免議”幾字，此事才了。又有山西太原府西路管糧同知吳名儒受贈銀十四兩，被議革職，責二十板，隻是念他七十五歲高齡，準其收贖，贓銀照追。多爾袞也批準“革其職”，“姑免贖”。順治五年正月二十四日刑部左侍郎黨崇雅為特糾貪吏以肅計典事。原件藏第一曆史檔案館。由此可見清初吏治還是相當嚴的。
傳統的京察大計仍然在多爾袞攝政時期起著監督吏治的作用。順治二年五月，四川道監察禦史張謹上書說，各地不安定，主要是因為有司隻會討好上級、不考慮百姓的緣故。他建議“有司殿最，宜以守己端潔、實心愛民者為上考，撫按注冊達部，久任責成，三考奏績，不次擢用。若僅幹理簿書，惠鮮無策，雖有才能，止注中考”。《清世祖實錄》卷16，順治二年五月丙戌。吏科給事中孫襄也請求於順治三年舉行朝覲、大計。吏部和都察院查過舊例之後，認為順治三年正月舉行時間太急，請拖到三月再舉。但從實際情況看，三月也難舉行。如陝西監察禦史廖攀龍因為多爾袞有“計吏大典，該撫按自當預行料理，著察例申飭”之旨，十分著急，發文陝西希政司諮訪各級官吏賢否，然後造冊送巡按衙門，填注考語後送部院備考。但“移檄無靈，疾呼不應”，“竟無一冊造送”，無奈隻得請求多爾袞下令給陝西布政司催報。多爾袞也曾批示：“這文冊不行造報官員，著廖攀龍指名參奏”。順治二年十二月二十二日陝西監察禦史廖攀龍為大計屆期司冊延誤事。原件藏第一曆史檔案館。但各地初定，道途梗阻，一些官員新上任，大計很難按期舉行。因此多爾袞隻好又在吏部、都察院的本上批道。