但是，多爾袞對漕運當中的弊病卻頗為重視，這主要是為了保證朝廷的這項收入。順治六年有人指責說：“兵民之天，惟東南輸是賴，漕運誠國家重事也”，但幾年來奸弊叢生，順治三年漕運過程中少糧三十萬石，四年少糧七十萬石。多爾袞當即批示“該督撫按作速從公察究，具奏定奪，慎毋徇縱”。順治六年八月八日戶科都給事中杜立德為據參通漕官吏大弊，仰祈嚴敕究察以清漕弊以裕國儲事。原件藏第一曆史檔案館。有些運官沿途盜賣，開兌折幹，到京倉時則報掛欠，借口遇風浪損失等等。有的運官押船到時，漕糧竟少了大半！多爾袞就曾在一本上批道：
“運官王恒仁等掛欠漕糧，數至十之七八，其罪甚大，著嚴究追補，仍從重議處具奏。該部知道。”順治六年十一月二十二日京通二倉監察禦史盛複選為摘參京通侵欠異常運弁，伏乞敕部嚴究追賠以肅漕法事。原件藏第一曆史檔案館。
為了保證漕糧收入，對於一些改革漕政的建議，多爾袞也多持保留態度或穩妥態度。他或批“漕糧關係甚大，該部確議具奏”，或批“漕運已有成規，這所奏是否可行，著該部確議具奏”。一般來說承襲了前朝的漕運體製，很少有什麼大變動。
(四)重視鹽課收入。
除漕白糧等本色租賦收入之外，鹽的收入也在攝政時期占有較大比重。這在《清世祖實錄》上表現為：每年年終的賦稅數字隻有鹽課銀，而沒有其他收入的數字。如下表：
七年間僅鹽課銀就收了一千萬兩銀子，除元年和二年外，每年所收鹽課銀比明朝時也相差不多。順治元年八月，詹事府通事舍人王國佐就改革長蘆鹽法提出十四條建議，得到同意。《清世祖實錄》卷7，順治元年八月己巳。順治即位詔書中也專門談到運司鹽法，對明末鹽課中的各項加派予以蠲免，當年並免三分之一正課。但到順治二年，鹽業生項目時間〖〗鹽（引）〖〗鹽課銀（兩）順治元年〖〗719550〖〗158973順治二年〖〗1716625〖〗563310順治三年〖〗3328071〖〗1518131順治四年〖〗3774032〖〗1765361順治五年〖〗3789761〖〗1850460順治六年〖〗3792443〖〗1854996順治七年〖〗3380116〖〗1774592時間總計〖〗20500598〖〗9485823
產仍未完全恢複，鹽商也四處逃亡，還未重操舊業，長蘆巡鹽禦史吳邦臣隻好請求緩征稅課，多爾袞無奈也表示同意。《清世祖實錄》卷13，順治二年正月壬辰。幾天後，又派廣東禦史劉今尹為河東鹽政巡按，恢複山西池鹽生產。《清世祖實錄》卷13，順治二年正月甲午。順治二年五月清軍下江南後，多爾袞又派廣西禦史李發元去巡視兩淮鹽課，《清世祖實錄》卷16，順治二年五月庚子。可以說是派向南方官員中僅次於主管漕務官員的第二個，可見對此事的重視與對漕政重視一樣，完全出自錢糧方麵的考慮。
兩淮鹽在明朝時是各地鹽產量中最大的，占繳納給國庫鹽課總數的三分之一以上。清軍攻克南京後，兩淮鹽務立即排上日程。順治二年閏六月，剛上任的李發元上疏請求在製度未定的情況下實行暫行辦法，“濟目前急困”，得到多爾袞同意。《清世祖實錄》卷18，順治二年閨六月辛巳朔。但是，李發元也知道，兩淮鹽政已遭到空前破壞，“套搭未已，藩鎮之焚掠繼之，焚掠未已，揚城之破洗繼之”，不像別的地方，僅“殘破”二字就可以說明情況；也不像其他地方，僅“蠲免”二字就可以恢複原來的麵貌。好不容易招集了幾十名商人，一聽說要全額認窩，又都如鳥獸散。因此李發元請求多爾袞準許順治三年量力行鹽，等商人逐漸多起來後鹽課必然增加。《明清史料》丙編第3本，第279頁，“兩淮鹽政巡按李發元題本”。