但是，事情並沒有就此結束。這不僅是因為騰機思等還沒有拿獲，漠北蒙古的桀驁不馴也不能就此了之。九月己未，多爾袞讓喀爾喀土謝圖汗下屬額爾德尼托尹的貢馬使臣回去對他們的主人說，在草青之前，將騰機思等擒住交來，否則大兵一到，你們往哪裏逃？次年四月，多爾袞又對前來通貢的喀爾喀部落下屬幾部使臣說，“騰機思率部來歸時，我以女下嫁，又封他為王，但他卻背德叛逃。豫親王率軍討逆，與爾等無關，但你們卻派兵迎犯，所以上天降禍於爾等。今後你們如能擒騰機思，就率其國來獻，不能即用兵剿滅之，再不能派親信大臣到這裏來作人質，我就派兵親去征剿。”
不料喀爾喀的另一大部落首領劄薩克圖汗卻在這時來了一封措辭強硬的來信。信中與清廷爾我相稱，並將滿洲稱為“紅纓蒙古”，認為清朝收服漢人，“念總屬我紅纓蒙古所得，甚為喜悅，故去年我曾遣使朝賀”。信中說蘇尼特是逃而複回，你們派兵來追，又與喀爾喀部的軍隊交戰，另外額爾克楚虎爾私掠巴林之事，我們正要和你們理論理論，如果願意，可派使者來談判。多爾袞接到來書，自然十分惱火，回信質問劄薩克圖汗：“爾來書不名，又爾我相稱，意欲與我敵體乎？”接著又說前述二事本與你們無幹，如你們可以作主，就去和你談判，並將他們擒來獻上。如果隻是口出狂言，絕沒有什麼好處。如你們真的願意通好，必須遵守禮法，改正錯誤，趁雨雪之前，派使前來，如不遵旨，就不用遣使了。同時又對來朝的伊思丹津喇嘛頒諭，令其歸還賠償所掠巴林的人畜，並以駝百頭、馬千匹來賠罪，否則將斷絕往來。諭土謝圖汗下屬澤卜尊丹巴胡土克圖和劄薩克圖汗下屬俄木布額爾德尼說，須將騰機思擒拿獻上，並歸還巴林人畜。對額爾克戴青則態度不同，認為他“從未舉兵從逆”，“善則善，惡則惡，沒有不報之理”。在雙方書信往還期間，漠北三汗下屬的各部落首領仍然前來進貢，並為雙方傳遞信息。到順治五年八月，土謝圖汗和車臣汗碩雷遣使為侵奪巴林部落人畜前來謝罪，遵旨進貢馬千匹、駝百頭。隨後，碩雷汗又派人進貢貂皮、馬匹等。幾天後，蘇尼特部叛逃的騰機特等來京朝見，多爾袞不但對其表示寬恕，而且還賜宴、賞緞匹，並令其襲封其兄騰機思的郡王爵位。不久，劄薩克圖汗的貢使也來朝見，表明雙方和解。至此，一場延續了將近三年的爭執告一段落，結局是漠北蒙古低頭臣服――此時還是表麵的、暫時的臣服，多爾袞也比較滿意。此事過程詳見《清世祖實錄》卷26，順治三年五月丁未；卷27，順治三年七月丁巳、壬戌，八月乙酉、丁酉，卷28，順治三年九月己未、丙寅、丁卯；卷31，順治四年四月丙子；卷32，順治四年五月乙巳；卷40，順治五年八月乙、未等條。但漠北蒙古真正向心於清政府，統一於清朝盟旗製度之下，還要到四十年後他們在噶爾丹的威脅下被迫遷入內蒙的時候。
(四)與漠西蒙古初相往來。
漠西厄魯特蒙古在多爾袞攝政時期與清廷的來往也多了起來。清兵入關之後，厄魯特蒙古四部之一準噶爾部勢力最強，幾成四部之主。土爾扈特部與和碩特部正是因為不願受其統轄而分別離開原來的牧地，前往伏爾加河流域和青海一帶，和碩特部首領顧實汗又在西藏建立了統治。另一杜爾伯特部則在阿爾泰一帶遊牧。自順治二年以後，和喀爾喀三部牧地毗鄰的漠西準噶爾部落下屬的一些大小部落，或遣使或親自前來朝貢。如《清實錄》所載多爾濟達賴巴圖魯、吳霸錫台吉、達爾漢吳把什、達貴溫布、色冷台吉，額爾德尼吳巴什、羅布藏胡土克圖下巴漢格隆、盆蘇克紮穆蘇、阿布貴諾顏下訥門汗，土布新、布哈山晉、落績克什虎巴圖魯台吉、圖克齊文貝、鄂齊爾圖台吉、達爾汗囊素、幹布胡土克圖、巴圖魯貝勒、舒虎兒戴青等，都曾在這期間來北京朝貢，統治者照例對他們加以宴請和賞賜。準噶爾部當時的最高首領巴圖爾琿台吉也和清廷建立了聯係。
厄魯特蒙古的有些部落與清廷的關係還不僅僅保持在貢賜關係的程度上。多爾袞就曾請厄魯特部落奉事佛法諾門汗出兵協助清軍對付喀爾喀三部，諾門汗也答應說：“我雖老，我諸子、兵卒尚未老也。凡有征討，我當以兵助之。”有些部落在甘肅米喇印、丁國棟回民起義時曾幫助清軍打壓起義軍，被多爾袞分別賜號，如峨木布車臣戴青為土謝圖巴圖魯戴青，和羅木席額爾得尼戴青為巴圖魯額爾得尼戴青、墨爾根濟農為卓禮克圖巴圖魯濟農等。《清世祖實錄》卷46，順治六年十月壬辰。有些相距較遠的部落如厄魯特部落台吉鄂齊爾圖，則表示在清廷與喀爾喀三部的爭執中，“雖僻處遐荒，力能則相機相助，不能則遣使通好。”多爾袞對這種態度表示滿意，並一再把喀爾喀三部在蘇尼特、巴林等事上的罪惡向他們宣示，並告誡他們：“爾等既已效順，儻朕再征喀爾喀，爾不得與之通好。”《清世祖實錄》卷48，順治七年四月乙未。
盡管如此，多爾袞對漠北、漠西蒙古人始終懷有戒心。他曾專門下令禁止王公大臣等擅給喀爾喀部落貢使甲胄和兵器，《清世祖實錄》卷47，順治七年正月丙子。又下令給戶部和兵部，嚴格限製購買喀爾喀和厄魯特的駝隻馬匹，而居庸關以內的所有官吏軍民都不得購買他們的駝馬，否則按賊律問罪。《清世祖實錄》卷47，順治七年二月乙酉。