但是，漠西厄魯特蒙古和碩特部的最高首領顧實汗卻和清廷建立了更為密切的聯係。不過，他是作為西藏的最高統治者之一與清廷往來的。
二、紐帶拋向藏原回疆。
西藏，元明時稱烏斯藏，又稱唐古特或湯古忒，有前藏(康)、中藏(衛)和後藏(藏)之分，或即分為前藏和後藏。明末清初之際，中國腹地民不聊生、災荒四起，正孕育著大變動的風暴；而西藏也因內部矛盾爭執而四分五裂，遍地荊榛。明時期取代了薩迦家族而成為西藏最有勢力的統治者帕木竹巴家族――其中袞瑪劄巴堅參貝桑波曾被明成祖朱棣封為闡化王――此時衰落下來，手下大臣們，以及大臣的手下們，各自以家族為單位兵戎相見，爭奪西藏的霸權。而十五世紀開始的紅、黃教派之爭則和權利之爭糾纏在一起，使西藏的形勢變得十分複雜。大致說來，帕木竹巴家族權利的一個大臣興起於後藏，他們在藏巴汗的領導下，支持紅教，與支持黃教的前藏帕木竹巴權利和蒙古勢力為敵。就在這個時候，厄魯特蒙古和碩特部的顧實汗來到西藏，與黃教勢力緊緊結合在一起。
這時，西藏各派首領已經知道清權利的興起，並且似乎預見到它將取代明朝成為中國新的統治者。於是，崇德七年十月，伊拉古克三胡圖克圖和戴青綽爾濟等人經過長途跋涉來到盛京，帶來了達賴喇嘛(黃教首領)，藏巴汗等不同派別的信件，似乎請求這個新權利的首腦給予支持和仲裁。但皇太極也了解到西藏內部矛盾衝突的情況，因此在給他們的回信中模棱兩可，並不偏袒任何一方，隻說“不分服色紅黃”，“以宏佛教”。這無論是從民族政策還是宗教政策方麵說，都是極其明智的。但是皇太極並不知道，就在這個西藏代表團到達盛京的時候，藏巴汗已經被顧實汗徹底打敗，西藏出現了顧實汗和黃教達賴五世、班禪四世的聯合統治。G？杜齊《十三至十八世紀西藏中部簡史》，見《西藏畫卷》第一冊。
多爾袞進入北京，建立了清王朝在全國的統治之後，恢複與西藏的統屬關係就成為一件符合傳統、自然而然的事情。順治二年四月，清廷頒布平定陝西等處詔書，其中有兩條說：
西番都指揮、宣慰、招討等司，萬戶、千戶等官，舊例應於洮河、西寧等處，各茶馬司通貿易者，準照舊貿易。原有官職者，許至京朝見授職，一切政治，悉因其俗。
烏思藏番僧應從陝西入貢者，該布政司察號，果齎有印信番本谘文，準照舊例入貢。《清世祖實錄》卷15，順治二年四月丁卯。
基本承繼了前朝的做法。但和明朝不同的是，清廷對蒙古、對西北各族不是采取拒之門外的政策，而是努力與其結好，特別是此時漠北蒙古與清廷的關係還不很落實，就更需要與和蒙古人同信一教的西藏地方權利聯絡感情，利用黃教宗主達賴和班禪的力量對蒙古加以約束。
大約在順治二三年間，顧實汗得到清朝入主中原的消息，便上表入貢，慶賀勝利，對清政府的決定表示“臣等無不奉命”。《蒙文老檔》第2號、第3號。見《西北史地》1983年4期馬汝珩、成崇德：《準噶爾民族權利奠基人――巴圖爾渾台吉》。順治三年八月，先前派到達賴那兒去的使者察罕喇嘛歸來，還帶來了達賴和顧實汗時使節班第達喇嘛和達爾漢喇嘛，後者帶來了請安表和金佛、念珠、普魯絨、甲胄、馬匹等貢品。多爾袞則以甲胄，弓箭、撒袋，大刀、鞍轡、銀器、緞匹、皮張等賞賜他們。《清世祖實錄》卷27，順治三年八月戊戌。是年十月，達賴和顧實汗又遣使上貢。《清世祖實錄》卷28，順治三年十月戊寅。這時候，西藏的主要統治者們都知道清朝入主中國一事，因此達賴喇嘛、班禪胡土克圖，巴哈胡土克圖，魯克巴胡土克圖、伊爾紮爾薩布胡土克圖、薩思夏喇嘛，額爾濟東胡土克圖，伊思達格隆胡土克圖，諾門汗等紛紛上書請安，貢獻方物。到順治四年，多爾袞又派使節攜禮物去慰問。《清世祖實錄》卷30，順治四年二月丙戌。這之後，雙方一來一往，頻繁聯係，有時達賴和顧實汗分別遣使表貢，有時共同派使前來。順治五年五月，多爾袞又派喇嘛席喇布格隆等去西藏請達賴喇嘛進京，並慰問班禪胡土克圖訥門汗，請他也勸達賴來京。《消世祖實錄》卷38，順治五年五月甲申。盡管達賴未能成行，但他和顧實汗的貢使仍往來不斷。後來順治帝親政，繼續派人去敦請達賴，使達賴五世終於在順治九年底來到北京，受到隆重接待，並賜他“西天大善自在佛領天下釋教普通瓦赤拉怛拉達賴喇嘛”的封號，以及刻有這個封號滿、漢、蒙、藏幾種文字的金印。顧實汗亦被封為“遵行文義敏慧顧實汗”，也賜金印。達賴五世回藏之後，不僅黃教的地位大大提高，中央權利與西藏和蒙古的關係也進入了一個新階段。