在巴茨試圖進入阿裏巴巴董事會的同時，阿裏巴巴一直努力回購雅虎手中的股份，以降低未來可能存在的風險。
不可否認，阿裏巴巴如果贖身需要付出很高的代價。據業內人士分析，阿裏巴巴至少得拿出200億美元“贖身”。盡管價錢昂貴，阿裏巴巴也不是不可能采取回購。有業內人士認為，阿裏巴巴可以通過尋找新的戰略合作夥伴來解決問題。也有說法稱，阿裏巴巴有可能通過國有銀行得到回購股份的資金，這樣一方麵可以贖身，另一方麵對支付寶乃至整個阿裏集團未來的發展都有好處。
自2010年2月起，阿裏巴巴開始就回購股份問題與雅虎進行談判，但由於價格相距甚遠，無法達成一致，談判於2010年6月終止。
即便阿裏巴巴無法回購股權，巴茨真的進入董事會，以馬雲和他的團隊在阿裏集團的影響力，雅虎中國仍然無法對阿裏巴巴指手畫腳。擁有雅虎日本近40%股份的日本軟件銀行集團孫正義曾經表示：“雖然大股東有股權，但創始人團隊也可以在管理中把對方架空。所以我認為，以馬雲今天的地位和影響力，雅虎想動實際管理層，阿裏巴巴決不會善罷甘休。”
阿裏巴巴數位高管對與雅虎中國的合作都表現出極為尖銳的態度。
阿裏巴巴集團首席財務官蔡崇信首先公開表示：“隻要雅虎願意出售，阿裏巴巴隨時都準備贖回雅虎的持股”。阿裏巴巴集團（B2B）CEO衛哲表示，雅虎已不再擁有其自主搜索引擎技術，阿裏巴巴與雅虎間合作關係的基礎不複存在，“我們為什麼需要一個沒有技術和商業協同功能的財務投資者”？
在2010年的計算機大會上，馬雲則首次表態，雖然外資方是阿裏巴巴的控資大股東，但外資方不會控製阿裏巴巴，自己能掌控阿裏巴巴的未來。
2010年12月15日，雅虎CEO卡羅爾巴茨透露，她不會進入阿裏巴巴董事會。而這一消息，在阿裏巴巴方麵的解釋就是，“沒有收到他們要求增加董事會名額的正式文件”。雅巴控製權之爭暫告一個段落。
支付寶“改姓”帶來的質疑
2011年5月10日，雅虎在美國的一紙公告令整個互聯網界為之嘩然，因為公告中說，“阿裏巴巴最有價值的資產--支付寶”已經轉讓給了一個私人控製的公司，而該公司的大掌櫃的，就是阿裏巴巴董事局主席馬雲。換句話說，支付寶“改姓”了，姓“馬”了。
更聳人聽聞的是，公告還指出，此次馬雲重組支付寶所有權的行為，並沒有通知其他兩個大股東--雅虎和軟銀，也沒有征得集團董事會董事或股東的批準。這意味著，支付寶改姓馬，是生米煮成熟飯後才被世人知曉的。
消息一出，雅虎的股價一路下跌。而據路透社在2011年6月7日報道，因為“在此次轉移中，雅虎涉嫌虛假聲明和信息遺漏”，美國證券公司代表雅虎股東，一紙訴狀將雅虎告上了法庭。就這樣，支付寶股權轉移一事越鬧越大，從中國波及美國，並最終將阿裏巴巴和馬雲推向了輿論的風口浪尖。
後經查證：2009年6月，“純中國血統公司”浙江阿裏巴巴電子商務有限公司（馬雲與謝世煌二人創建）花了1.67億元，從阿裏巴巴集團中收購了支付寶的70%股權之後，2010年8月6日，又以1.65億元收購了剩下的30%股權。就這樣，原本是混血兒的支付寶搖身一變，變成了百分百中國血統的孩子。隨後，在2011年第一季度，阿裏巴巴將支付寶變成了全內資公司，並以100%內資的方式申請支付牌照。從此，浙江阿裏巴巴電子商務公司與阿裏巴巴沒有了任何控製關係。
一時間世界震動，大家紛紛指責馬雲的行為會引發整個互聯界信譽危機。麵對眾人洶湧澎湃、群情激昂的質疑聲，常常自詡為金庸筆下“風清揚”的馬雲，也沒有選擇“沉默是金”，而是義無反顧地選擇了高調的以攻為守，稱支付寶由外商獨資變為100%內資企業，所有一切，都是為了取得“第三方支付牌照”。
那麼支付牌照又是什麼東西，能讓馬雲“冒天下之大不韙”去獲取呢？
說到支付牌照就不得不說一下第三方支付。第三方支付是指一些和中國、美國各大銀行簽約並具備一定實力和信譽保障的第三方獨立機構提供的交易支持平台。它通過與銀行的商業合作，以銀行的支付結算功能為基礎，向政府、公司、個人等提供中立的、公正的個性化支付結算與增值服務，比如支付寶。
為規範支付發展秩序，2010年6月，中國人民銀行出台了《非金融企業支付服務管理辦法》，規定從事第三方支付的企業必須向央行申請許可證，且申請者必須是“境內依法設立的有限責任公司或股份有限公司”，而對於有外資成分企業的牌照申請則“由中國人民銀行另行規定，報國務院批準”。
央行政策的言外之意是，申請牌照者最好是內資企業，外資企業要按“另行規定”報批，而這個“另行規定”當時並未出台。而支付寶正好建立在“協議控製”的灰色地帶上，基於對國家政策的研究，馬雲認為，那樣對支付寶來說風險太大。
於是2011年3月，馬雲決定暫時終止原先與兩大財神爺雅虎和軟銀的“協議控製”約定並做出書麵聲明：“浙江阿裏巴巴為支付寶的唯一實際控製人，無境外投資人通過持股、協議或其他安排擁有本公司的實際控製權。”
就這樣，馬雲為了支付寶，做出了令整個互聯網界震驚的事情，並且引起了互聯網界的大地震。6月12日，知名傳媒人胡舒立的《馬雲為什麼錯了》一文，直指馬雲違背契約精神，將外界對馬雲的質疑推向了高潮。這一次，一直聲譽良好的馬雲，遭遇了創業以來最為嚴峻的道德質疑。
麵對如潮水般洶湧的質疑之聲，馬雲當然不會等閑視之，坐以待斃，而是選擇了奮起回擊，當天淩晨，就如同勇士般直麵胡先生，稱胡先生“在基本事實不了解的情況下就開始評論了”，並在隨後不到48小時的時間內高調召開了媒體溝通會，要和媒體“做一個徹底的溝通和交流”。
當著近百家媒體的麵，在持續近三個小時的時間裏，馬雲將事件的背景以及與雅虎、軟銀之間的交鋒做了完整的陳述及問答，並且強調就支付寶的事情一直和董事會有溝通，“我做了一個艱難的決定，雖然不完美但是正確”。
他所說的“不完美”指的是，單方麵取消協議控製有違約之嫌；他所說的“正確”指的是，100%遵守了國家法律。
2011年7月29日，阿裏巴巴集團與雅虎及軟銀就支付寶單飛達成補償協議，支付寶公司每年向阿裏巴巴集團支付知識產權許可費與技術服務費，金額為當年稅前淨利的49.9%，該項費用的支付直到支付寶上市時終止；三方還同時約定，支付寶上市之時，支付寶的控股股東（即馬雲）必須支付IPO總市值的37.5%（20億～60億美元）給阿裏巴巴集團。
至此，“支付寶事件”畫上了一個句號。
馬雲最終成功將支付寶脫離了阿裏巴巴集團，這意味著支付寶這個阿裏巴巴集團最具價值的資產，最終脫離了雅虎及軟銀的股東控製。但是，除支付寶之外的阿裏巴巴集團的股東格局依然如故，這意味著阿裏巴巴集團的未來仍然充滿變數。
阿裏巴巴退市
當阿裏巴巴上市給人們帶來的喜悅和興奮還沒有消退，當人們還沉浸在阿裏巴巴剛剛登陸港交所時被冠以的“最大市值互聯網公司”、“香港新股王”等巨大榮耀中的時候，卻傳來上市四年多的阿裏巴巴B2B擬“退市”的消息。而且，據稱，馬雲對私有化阿裏巴巴上市公司“意誌無比堅定”。
2012年2月21日，可算是阿裏巴巴一個值得紀念的日子。這一天，阿裏巴巴B2B公司發布公告，稱阿裏巴巴集團向阿裏巴巴網絡有限公司董事會提出私有化要約，擬以每股港幣13.5元的價格、超過190億港元的總額回購其在海外流通的股票。該價格，即為4年前阿裏巴巴IPO的發行價，比近60個交易日的平均價格溢價60%。正當人們對這條消息將信將疑的時候，馬雲的一封內部郵件證實了這條消息的可靠。
對於阿裏巴巴決定退市的原因眾說紛紜，猜測頗多。我們說，任何企業做出任何重大的決策背後總是有其深層次的考慮的，像阿裏巴巴這樣的領頭羊更是如此。這裏，我們姑且從一些方方麵麵傳出的消息，以及阿裏巴巴目前的發展狀況，對阿裏巴巴退市的原因做一個簡單的分析。
首先，阿裏巴巴退市的原因是為了實行戰略調整。馬雲在郵件中寫道：“隨著國際國內經濟環境的進一步嚴峻，特別是中小企業在麵臨原材料、彙率、勞動力成本等巨大壓力下，B2B的業務模式麵臨著巨大的挑戰，需要加快轉型和升級。”在國際國內經濟疲軟的大環境下，中小企業舉步維艱，而阿裏巴巴的商業模式，本質上隻是發布信息。登陸其上的企業是作為會員按年度繳費，其所付費用和其成交量關係不大。而對於中小企業來說，更看重的是實際效果。隨著“按效果付費”商業模式的出現，阿裏巴巴的“會員製”遭遇了前所未有挑戰。從2011年開始，阿裏巴巴的會員數就開始下滑，會員流失的現象頻繁發生。之所以會出現這種狀況，從某種程度上來說，是阿裏巴巴賴以生存的商業模式出了問題。
阿裏巴巴私有化，在某種程度上來說，是一種無奈之舉。它其實是阿裏巴巴在戰略上的主動求變，同時也反映出早期電子商務的轉型陣痛--原有B2B的盈利模式已經不能適應新的經濟環境，尤其是在全球經濟低迷的環境下，必須要進行大刀闊斧的轉型與改革，才能適應新的需求與發展。
其次，阿裏巴巴退市的原因是為了下一步對雅虎股權的回購，以便於馬雲重掌主控權。盡管阿裏巴巴高層一再表示，這次的私有化和集團與雅虎之間的談判沒有關係，但馬雲意圖去雅虎化，重新掌握對阿裏巴巴的控製權，不能不說是阿裏巴巴的一個戰略選擇。況且，從之前阿裏巴巴一直在著手進行整體收購雅虎，突然之間又傳出私有化的打算，僅從時間上來看就不能不讓人產生聯想。因為上市公司作為公眾公司，必須公布公司的業務狀況。此前，有人根據阿裏巴巴旗下所擁有的淘寶、支付寶等子公司，估算出阿裏巴巴集團的市值已經高達500億美元，而雅虎的市值僅在200億美元上下。馬雲不願意泄露資料，以免增大同雅虎談判的難度。
第三，為了股東的利益。馬雲的治企方針中一直貫穿著三樣東西：第一是客戶利益，第二是員工利益，第三是股東利益。在上市之前，阿裏巴巴一再聲稱，上市不能違背這三項。但由於受到阿裏巴巴B2B基本模式本身成長性的限製，阿裏巴巴B2B業務股價已經由上市之初的四十多港元下滑到突破發行價。停盤前，甚至探底到不到10港元。在阿裏巴巴2011年股東大會上，馬雲對阿裏巴巴的股東深表歉意，他說，自2007年11月6日阿裏巴巴在香港上市以來，阿裏巴巴股價一直都沒有上去，“雖然可以對股東表達歉意，但也無能為力”。
此次退市，從兩個方麵可以看出馬雲對股東利益的考慮。第一個方麵，馬雲打算花高於上市時融到的資金回購阿裏巴巴的股份，也就是說，盡管上市時阿裏巴巴隻融到17億美元，但馬雲打算花二十多億美元完成退市，其目的是出於對股東的感激；第二個方麵，馬雲在內部郵件中，特意提到此次“退市”的一個原因就是“出於對股東負責”：“此次業務升級涉及麵廣，係統複雜，規模巨大……局部的小調整已經沒有辦法對B2B進行根本性的完善。”正是“出於對B2B股東負責，促使我們下決心把B2B私有化，對業務進行全麵的調整、改革和升級，以期更好地服務我們的客戶。”
第四，為了整體上市。從資本運作方麵來考慮，阿裏巴巴的目標是實現整體上市，打造行業的航空母艦。因而，有很多業內人士認為阿裏巴巴私有化退市是以退為進。有的業內人士甚至形容馬雲是在“下一盤很大的棋”，那麼，這個“很大的棋”是什麼呢？從阿裏巴巴的整體發展狀況來看，可以斷言，私有化B2B是阿裏集團推進整體上市過程中的重要一步，關於這一點，有的專家也猜測說，如果將淘寶、支付寶業務打包整體上市，就有可能超越當紅的facebook，創造互聯網行業融資的新紀錄，這樣阿裏巴巴有望將自己打造成互聯網行業的航空母艦。
震驚世人的重磅消息
2013年1月15日，時年49歲的馬雲在阿裏巴巴內部發布公開信，宣布當年5月10日辭任阿裏巴巴CEO。雖然他在離任後仍然是阿裏巴巴的董事會主席，但這還是在輿論界引起了一片嘩然。
在這封給員工的信中，馬雲寫道：“從心底裏，我佩服今天的年輕人。互聯網是年輕人的天下，能給他們提供更多、更大的舞台是我們的責任，更是我們的榮幸，也是我們這些人可以給公司未來創造最大的貢獻所在。今年，阿裏絕大多數生於60年代的領導者將會退出管理執行角色，我們將把領導責任交給70、80年代的同事們。因為，我們相信他們比我們更懂得未來，更有能力創造明天。”
馬雲在這件事情上的態度是，他將在未來的幾年內主要負責阿裏巴巴董事局的戰略決策工作，協助新的CEO處理組織文化和人才培養方麵的事，“並將會和大家一起加強和完善阿裏的公益事業”。
在給員工的公開信中，馬雲還寫道：“做自己開心，做自己能做的，配合好比我強的人的工作是今天的我最應該做的正確事。”
很多人還是很好奇，馬雲為什麼要辭掉CEO的工作。
事實上，在阿裏巴巴進行架構調整的時候就已經能看到馬雲將辭去CEO工作的蛛絲馬跡了。2013年1月10日，在阿裏巴巴公布的架構方案中，集團對原有業務決策和執行體現進行了調整。兩個分別由董事局和CEO負責的新部門--戰略決策委員會和戰略管理執行委員會，將構成阿裏巴巴的新體係。
顯而易見，如果馬雲繼續擔任阿裏巴巴集團董事局主席兼CEO的話，他將掌握決策和執行兩個機構的實權，那麼上述的新架構調整也就沒有意義了。並且，從阿裏巴巴內部人員口中我們知道，幾年來，馬雲早已很少過問公司內部的具體運營事務了，並將主要精力轉移到了企業戰略和組織文化上。這樣說來，馬雲這個CEO已經很少幹預公司具體事務，而是由其他幾位高管分擔其職能了。
馬雲將一切安排到最合理，然後瀟灑轉身。2013年5月10日晚上，杭州黃龍體育中心，馬雲在淘寶十周年的晚會上，與員工說了再見。
當天下著雨，體育中心聚集了阿裏集團來自全球的2.4萬名員工，還有許多阿裏巴巴集團的合作夥伴和媒體人，大家在雨中期待馬雲的出場，他們來到這裏都是為了送別馬雲。
馬雲出場後，演唱了《朋友》這首歌曲，員工們歡呼：“謝謝你，馬總！”
馬雲在演唱結束後，做了自己身為阿裏巴巴CEO的最後一次演講，在演講中，常懷感恩心態的馬雲感謝了同事和合作夥伴，他說：“在座所有的阿裏人，淘寶、小微金融的人，我特別為大家驕傲，今生跟大家做同事，下輩子我們還是同事！因為是你們，讓這個時代看到了希望，在座的，你們就像中國所有的80後、90後那樣，你們在建立一種新的信任，這種信任讓世界更開放、更透明、更懂得分享、更承擔責任，我為你們感到驕傲。”
作為阿裏巴巴的創始人，馬雲決定離任CEO是很困難的，也是最容易引發爭議的，因為這樣做很容易引起外界的猜想。果不其然，這個消息被外界“誤解”成了退休的意思。但是，事實並不是這樣的，馬雲隻不過是“退而不休”罷了，用他自己的話來說，就是“我這個年齡還是常規意義上年富力強的時候，我絕無偷懶之想法”。
所以，雖然馬雲辭任了，但誰都不能將這樣的辭任當作是馬雲退休的證據，馬雲隻是走到了幕後。
其實，在馬雲辭任CEO後，他的生活也並不一定變得完全無拘無束。因為馬雲還是集團的董事長。無論誰是新任CEO，阿裏巴巴都一直是與馬雲聯係在一起的。即使馬雲辭掉董事長的職位，這也無法改變“阿裏巴巴=馬雲”這一關係。就像是柳傳誌雖然辭任聯想集團董事長，但無法因為現任聯想集團董事長是楊元慶就可以割裂柳與聯想之間的聯係。