與此同時，蘇聯占領下的北部朝鮮，也於1948年8月25日舉行了朝鮮最高人民會議的選舉。9月9日，以金日成為首的朝鮮民主主義人民共和國政府正式宣布成立。自此朝鮮半島正式分裂。朝鮮的分裂和其後德國的分裂，是美蘇兩方對抗的冷戰體製形成的重要標誌。
1948年12月12日第三屆聯合國大會通過了由美國等3國提出的“關於承認大韓民國政府及設立聯合國朝鮮委員會”的決議，決議宣布承認大韓民國政府是代表朝鮮的唯一合法政府。決議還決定設立由7國組成的聯合國朝鮮問題委員會（除加拿大、烏克蘭以外的原九國委員會）代替原9國朝鮮問題臨時委員會，以實現朝鮮的統一和朝鮮全部軍隊的整編工作。大會建議美蘇盡快撤退其占領軍，並由聯合國朝鮮問題委員會監督這一撤軍過程。
1948年底，蘇聯宣布其軍隊已撤出了朝鮮北部，同時建議美國立即撤退其駐南朝鮮的駐軍，但美國滿腹狐疑，一直拖到1949年6月30日才撤退了它的最後一批駐軍。但美蘇兩方都在朝鮮留下了軍事顧問團。美國472人，蘇聯近3，000人。
美國在撤退前夕，計劃幫助韓國建立一支擁有10萬之眾的陸軍，但沒有給他留下重型武器裝備。但李承晚對美軍的撤走還是坐臥不安，他希望美國能夠出麵組織一個類似北約的太平洋條約組織，以保障韓國的安全，但美國沒有同意。
與此同時，蘇聯也加緊武裝北朝鮮，向其供給了重型坦克、重炮、自行火炮以及大約180架飛機。中國革命勝利後大約有3萬名中國人民解放軍中的朝鮮籍戰士回到朝鮮。據美國情報部門聲稱，截止1950年春季，北朝鮮人民軍擁有兵力135，000人；南朝鮮有64，697人。
但南北雙方的關係並未因占領軍的撤離而有任何改善。北方希望以武力統一朝鮮，李承晚更是毫不隱諱自己最終要奪取北朝鮮的意圖。因此雙方軍隊不斷在邊界地區發生摩擦，局勢十分緊張。雙方的特工人員都滲透到對方的區域進行破壞和搜集情報。北方的遊擊隊也源源不斷滲透到南方。
1949年7月，聯合國朝鮮問題委員會向聯合國彙報說，它未能為朝鮮的統一取得任何進展。它監督了美軍的撤退，但未能監督蘇軍的撤退。
隨著局勢的惡化，1949年10月，聯合國朝鮮問題委員會接受了另一項任務，即：就可能引起朝鮮軍事衝突的事態進展進行觀察並提出報告。
但蘇聯在1948年和1949年一直堅持認為聯合國大會無權對朝鮮采取行動，因為這個問題已包括在莫斯科協定內，因而應由盟軍委員會加以處理。蘇聯聲稱聯合國朝鮮問題委員會的設立是非法的；朝鮮統一必須由朝鮮人民自己處理。
金日成誓言武力統一全國
1950年，由於中國代表權問題遲遲得不到解決，蘇聯從1月13日至8月1日，拒絕參加安理會的會議。而這期間，正值朝鮮戰爭爆發。蘇聯不參加安理會的會議；“浪費”了蘇聯的否決權，使社會主義陣營放棄了利用聯合國這一合法渠道與美國集團做鬥爭的手段，因此處於相當不利的局麵。
金日成也為統一朝鮮的問題而日夜奔波。他秘訪莫斯科，得到了斯大林的支持，這更堅定了他武力統一朝鮮的決心。
1950年6月2_5日清晨，朝鮮戰爭爆發。此時正值美國的周末，正在度假的杜魯門得到消息後立即飛回華盛頓，宣布南朝鮮遭到北朝鮮的全麵進攻。而金日成則宣布北方已打退了南方的進攻，並命令人民軍進行反攻，消滅敵人的武裝力量。而李承晚政府也宣布，北朝鮮軍隊沿三八線向韓國發動了全麵的進攻。
6月25日下午，安理會應美國的請求召開會議。美國代表首先提出一項要求譴責北方“侵略”的決議草案。南斯拉夫代表主張邀請朝鮮北方代表出席會議，以弄清事實真相。但安理會未予接受。隨後安理會以9票對0票，南斯拉夫棄權，蘇聯缺席，通過決議，宣布北朝鮮的武裝進攻是對和平的破壞，要求立即停止敵對行動，北朝鮮軍隊回到三八線，並要求各理事國協助執行這項決議。
人民軍攻勢如潮，南方軍隊潰不成軍，戰局迅速變化。人民軍的主攻方向直指漢城。其主攻部隊是由2個師1個團組成的28，000人的部隊，在蘇製坦克、大炮的掩護下疾速推進，南朝鮮的一個師約6，000人的抵抗部隊迅速土崩瓦解，節節敗退。人民軍的蘇製坦克發揮了巨大的作用，因為韓國軍隊裏幾乎沒有什麼反坦克武器。而且韓軍幾乎沒有戰鬥機，製空權完全被人民軍控製。
戰爭爆發當日下午，人民軍的飛機已開始掃射李承晚總統府所在的青瓦台了，李承晚驚恐萬狀，準備出逃。隻是在美國大使的阻攔下，他才放棄了立即出逃的打算。
6月26日上午，漢城開始撤離平民。當日晚上，李承晚及其幕屬乘專列撤出漢城。
美國總統下令幹涉
6月27日，美國總統杜魯門發表聲明，正式宣布美國武裝力量將動員海空軍全力支援陷於困境中的韓國部隊。聲明還宣布要使用武力阻止中國人民解放軍解放台灣，並宣稱：“台灣未來地位的決定必須等待太平洋安全的恢複、對日和約的簽訂或經由聯合國的考慮。”