所有這些都說明，聯柬機構的工作，在維和行動的最初階段是卓有成效的。
“紅色高棉”破壞維和
但是，由於紅色高棉與其它三派尤其是金邊洪森政權的隔閡日見加深，紅色高棉始終禁止聯合國人員進駐其控製區，對維和行動構成了嚴重障礙。
5月30日，明石康派往拜林紅色高棉總部的一輛汽車被紅色高棉警察攔住，汽車被迫返回。此後，堂堂聯柬機構主席明石康和維和部隊司令桑德森中將及其隨行人員乘坐直升機前往拜林，欲視察駐在那裏的聯合國維和部隊，又被紅色高棉擋駕，拒絕他們穿過拜林市郊的紅色高棉控製區。被派駐拜林的一個荷蘭營更是一直被擋在柬泰邊界的泰國一側達一個多星期之久。
按照原定的維和行動計劃，和平進程將於6月13日進入第二階段，即在柬埔寨全國實行全麵停火，柬四方的軍隊將集結在聯合國駐柬臨時權力機構指定的地點，由聯柬機構解除各方軍隊的武裝，並收繳其武器，遣散各派70%的武裝，為實現和平創造條件。
但由於紅色高棉拒絕維和部隊自由進入其控製區，第二階段計劃能否順利實施就麵臨很大問題了。
為了解決這一問題，1992年5月26日，聯柬機構和柬埔寨全國最高委員會舉行了會議。會上，明石康要求，為實施第二階段計劃，四方必須做到允許維和部隊自由出入他們的控製區；不再違反停火協議；準確標出布雷區；向聯柬機構提供各自的軍隊集結地點以及武器彈藥收繳情況。
但是，紅色高棉方麵卻提出，在進入第二階段以前，必須首先解決以下兩個問題：
一是對越南的撤軍進行核查，確信越南做到了真正徹底地撤離了柬埔寨；
二是必須使唯一合法政權——最高委員會真正享有一切權力，聯柬機構真正控製外交、國防、財政、安全、宣傳等部門的權力，不能讓金邊政府發揮這些政府職能。如果上述各項不能解決，紅色高棉將不能接受第二階段的計劃。
應該說，紅色高棉的兩點要求是有道理的。根據巴黎和平協議的精神，必須認真檢查並監督外國軍隊的全部撤出，而且確保其不會重返，而聯柬機構在這方麵的工作並不是十分得力。理應成為束埔寨最商權力機構的柬埔寨全國最高委員會也由於種種因素，而更多地是一個協商機構，而非權力機構。至於聯柬機構，盡管派出了900多名行政人員到金邊政權的外交、國防、財政、公安、宣傳等部門進行監督，並向各省市派出了行政官、財務官和人權觀察員，對各省市的工作進行監督，但實際效果不明顯，金邊政權仍在行使政府的各項權力。
但是，要解決這些何題，可操作性卻很差。首先，是對越南撤軍的核查問題。由於維和部隊力量有限，僅現有的集結點、檢查站和武器收繳工作就已經使他們力不從心了，更不用說對是否留駐了越南軍隊進行一次全國性普查。其次，最高委員會是由四方組成的，內部的矛盾是毋庸置疑的，存在分歧也很難達成一致，故而它更多地隻能是個協商機構。而接管金邊政權的權力更需要大批有經驗、有能力的專門人員，這也很難做到。
在聯合國和各方勸說之下，紅色高棉仍執意不肯合作。於是聯柬機構決意進行第二階段的計劃。明石康宣稱：即使紅色高棉退出和平進程，也要如期開始第二階段的工作。
根據聯柬機構的決定，1992年6月13日，柬埔寨和平進程進入第二階段——集結柬各派武裝部隊、收繳武器和裁減軍隊70%。為此，聯柬機構在柬各地設立了軍隊集結點，負責集結軍隊和收繳武器的工作。
根據這方麵公布的數字，從6月13日至8月15日，金邊軍隊共集結陸海空軍12，737人，向聯柬機構交出武器9687件和米格—21飛機22架。從8月15日至25日，金邊軍隊單方麵複員軍隊4萬餘人。此外，宋雙派的高棉人民民族解放軍和拉那烈派（西哈努克的兒子）的獨立柬埔寨民族軍也集結和裁減了一部分部隊。而紅色高棉的民柬國民軍未參加集結和裁減。
藍盔主持大選
這樣，在紅色高棉未參加的情形下，第二階段的維和行動計劃草草地收場了。接下來，柬埔寨的和平進程終於進入了第三階段，也是最後的階段——舉行全國大選。
按巴黎協定規定，柬埔寨人民有權通過自由公正大選所產生的製憲會議決定自己的政治前途，製憲會議將起草並通過一部柬埔寨新憲法，並自行轉為立法會議，由其建立柬埔寨新政府。大選將由聯合國在中立的政治環境中並在充分尊重柬埔寨國家主權的情況下主持進行。
1992年8月5日，聯柬機構主席正式批準選舉法。選民登記工作定於10月開始，一直持續到12月底，然後將在1993年5月23日至28日舉行大選。
大選的各項準備工作在聯柬機構的主持下迅速開始了。
聯柬機構向柬埔寨全國各省市派出了大批的選舉工作人員，對各省縣鄉村的人口狀況進行調查，並從10月5日起開始進行選民登記。各選舉小組設立了選民登記站和流動登記站，深入到各基層進行選民登記。據統計，柬埔寨全國約有18歲以上的選民430萬人，截至12月底，參加登記的選民達到了400多萬。
與此同時，為了參加大選，柬埔寨各方紛紛組織政黨。截至11月6日，參加選舉登記的政黨已達到了13個。其中包括諾羅敦·拉那烈王子的爭取柬埔寨獨立、中立、和平與合作民族團結陣線黨（簡稱奉辛比克黨），宋雙的佛教自由民主黨，沙索薩康的自由民主黨和洪森的柬埔寨人民黨等。這些政黨在各地開設辦事處，進行宣傳和發展黨員的工作，為在未來選舉中獲得選票進行活動。
但在大選前的一片繁忙背後，和平進程也存在著巨大的威脅。
紅色高棉派仍然堅持其主張，要求徹底貫徹巴黎和平協定的精神，要求越南徹底撤軍，最高委員會獲得真正的權力，金邊政權交權，否則，將抵製大選。11月30日，紅色高棉組成了一個新黨“柬埔寨民族團結黨”，喬森潘和宋成分任主席和副主席。但仍堅持上述要求。在多方調停努力後，麵對僵局，聯合國安理會坐不住了。1992年11月30日，安理會通過792號決議，決定對紅色高棉實行製裁，並決定於1993年5月照常進行大選。
這樣，矛盾進一步升級。紅色高棉徹底退出了選舉和和平進程，使和平的前途籠罩了一層陰雲。
維和戰士血灑金邊
在柬埔寨各地轟轟烈烈的競選準備活動中，也出現了武力和流血。先是奉辛比克黨和其他兩個政黨的5名成員被金邊政府殺害，其設在金邊的辦事處多次遭到襲擊。然後此類政治恐怖活動又蔓延至馬德望省和其他許多地方，造成了近百人死亡。西哈努克派和宋雙派紛紛對聯柬機構未能采取強有力的措施製止此類政治謀殺事件表示不滿，西哈努克甚至憤而表示不再與聯柬機構進行合作。