第二天，努爾哈赤便下令征伐葉赫和漠南蒙古。
正當遼東形勢初步好轉，後金揮戈南進屢遭挫折的時候，朝廷內部卻正值多事之秋，一波未平，一波又起。
神宗皇帝荒淫無度，年事已高，精神漸漸有些不濟。鄭貴妃暗中派魏太監去弄了鴉片來，勸皇帝吃。這一吃上癮，皇上便一日也離不開魏太監了。魏太監仗著皇上寵信，裏麵打通了鄭貴妃，外麵又結識了一班奸臣，威風越抖越大，滿朝文武沒有不知道他的厲害。
神宗皇帝一生隻有兩個兒子。大兒子常洛是王恭妃生的，次子常洵是鄭貴妃生的。子以母貴。因此常洵雖小，卻早早被封為福王，頗受寵愛。長子常洛，卻落了個無名無位。朝中有些正直的大臣，見皇上一日不濟一日，便奏請皇上立常洛為太子。這一下可惹惱了鄭貴妃，她在宮中又哭又鬧，還生起病來，嚇得神宗皇帝趕緊發了一道聖旨，將那提議立常洛為太子的大臣顧憲成革了職，遣回老家種地去了。
誰知這時候左都禦史鄒元標、老功郎趙南星和王家屏等一幫官員，都因為上奏觸怒了龍顏，丟了功名，在家鄉杭州、無錫住著。這一班自命清高的讀書人便借著講學的名，成立了一個東林書院，天天聚在一起，談論朝政，辱罵朝中的奸臣、太監。人們都稱他們為東林黨人。
另外還有個叫湯賓尹的祭酒官，拉了一班朋友，成立了一個宣昆黨，在北京、山東、湖南、湖北、江蘇、浙江幾個省份，都有他的同黨，勢力很大。
這兩個黨的人，到處都有朋友，聲勢也越來越大。時間一長，朝中的權臣、太監一聽到他們的名字，都感到頭痛得緊。這兩黨的人，有一個一致的意見，就是口口聲聲要求皇上立常洛為太子，而且倚仗黨中的勢力，鬧得越來越厲害，那班太監和大臣們都覺得腦袋提在手中，性命朝不保夕。他們便聯名上了一本奏折，說東林黨人和宣昆黨人如何放肆，不把皇上放在眼裏。
神宗皇帝龍顏大怒，連著下了好幾道聖旨，把兩黨的人捉拿的捉拿，革職的革職，砍頭的砍頭，腰斬的腰斬，一時間各地的監獄人滿為患，神宗皇帝這才解了恨。
神宗皇帝沒有辦法，便隻得將常洛立為太子，又將福王常洵調到河南去住著。因為怕鄭貴妃不滿，便花了三千多萬兩銀子，為福王在河南建造了一座高大的王府。隻是鄭貴妃心中的氣，終究平不了，便常常和魏太監在一塊兒商議著如何報了這仇。
這一日，忽然有一個武功高強的大漢，持棍衝進太子宮中，那些看守官門的侍衛，被他打傷了一大片，仍然攔他不住。幸虧宮中有許多著甲帶盔的護兵，聞聲而來，才將那大漢製服了。捉到刑部衙門去審問。一審，那大漢不招，二審，仍是不招。後來動了大刑，方才招供說他叫張節，是受貴妃宮中的太監馬三道指使去行刺太子的。
這一下可不得了，舉國上下都知道貴妃謀殺太子。那貴妃鄭紅袖聽了，一頭闖進皇上的寢宮，尋死覓活地哭鬧起來，把神宗皇帝唬得不知所措。後來還是魏太監出了一個主意，神宗把太子宣進宮來，一手拉著貴妃，一手拉著太子，替貴妃辯白道：
“這事定是有人誣陷貴妃的，貴妃一點也不知道。”
太子常洛是一個忠厚的孩子，看在父親的情麵上，也推說張節是一個瘋子，不必理會於他。於是刑部便將張節定了殺頭的罪，又將貴妃宮中的太監馬三道充軍到三千裏外地方去，了結了這件行刺案件。
事情過後，鄭貴妃卻像換了一個人似的，對太子忽然親近起來，不但常常去看望，還親自做些吃的、用的、穿的送給太子，比她以前對待常洵還要殷勤許多。太子見她如此垂愛，也常到宮裏去朝見她，喜得神宗老皇帝天天合不攏嘴，抽空就帶他們母子二人一起遊玩，享受天倫之樂。鄭貴妃還怕太子不相信她，便讓神宗皇帝下了一道聖旨給福王，著他好生在河南呆著，不奉宣召，不得擅自進宮裏來。這一下，不但太子對她沒有了絲毫懷疑，朝中的大臣們，誰也不敢再說他們母子謀權的事了。
誰知好事不長，到了萬曆四十八年七月二十一日，明神宗萬曆帝駕崩。其長子朱長洛於八月一日繼承皇位，便是光宗皇帝。光宗皇帝因為和貴妃要好，便仍將她留在宮中，當母親一般地看待。
誰知光宗皇帝即位五六天功夫，便染病在床，情形危急，太醫換了一批又一批，卻都束手無策。有個光宗身邊的妃子，叫李選侍的，這時也道紅丸吃了，病情定會減輕，請皇上速速服用。
光宗聽了兩個妃子的話，將紅丸吞下肚去，藥性一發，竟昏昏地睡著了。眾人都以為這藥起了作用。誰知到了第二天，光宗皇帝競因吞食紅丸而死於乾清宮。朝廷上下，頓時大亂。熊廷弼此時雖遠在邊防，但他以前在朝時，由於性格剛直，拒絕徇私受賄，又不肯俯就世俗，曲意奉承，所以得罪了不少人，此時也就成了這些人趁機攻擊陷害的對象。
大臣劉國縉和姚宗文挾私鼓煽同黨誣陷熊廷弼，說他不服從朝廷的命令，剛愎自用，自以為是。熊廷弼上書自辯，有理有據，劉、姚的誣陷以失敗而告終。禦史馮三才、顧慥、張修德又彈劾熊廷弼，說他處處收買人心，企圖自立為王，反叛朝廷，熊廷弼不得不再次上疏皇上，替自己辯解。
給事中魏應嘉等複連名攻劾，熊廷弼麵對重重的誣陷，已是有口難辯了，“眾口鑠金，積毀銷骨”哇。他第四次上書天啟帝，痛心地爭辯邊吏得不到君主的信任，針砭了當時弊政的要害，天啟帝看後勃然大怒，終於改派袁應泰代熊廷弼為遼東經略。熊廷弼在統治集團的政治鬥爭中，再次被排擠下台。遼陽城中，一位白發蒼蒼的老人背著一個小包袱，踏上漫漫歸程。不計其數的士兵、百姓站在道路兩邊，為老人送行。老人揮揮手，勉強笑笑，道：
“諸位兄弟、父老鄉親，感謝大家來為我送行，我熊某能蒙大家抬愛，今生足矣！諸位鄉親，請回吧。”
說著，他的聲音哽咽了。
低低的啜泣聲不知什麼時候響起來，慢慢地連成了一片，逐漸地彙成了一片失聲的慟哭聲，這哭聲，傳達出人們心中對熊廷弼的多少愛戴與依依不舍！然而，聖命不可違，該走的留不住，再多的眼淚又能解決什麼問題呢？
新任經略袁應泰走馬上任了。新官上任三把火。他這第一把“火”便是殺白馬祭天，誓與遼事相始終，這件事倒還較得人心；第二把“火”便是改變熊廷弼原來的部署，撤換了許多有勇有謀的將官，引起廣大官兵強烈不滿，造成前線極度混亂；第三把“火”便是看似寬宏大量，收納了許多蒙古人和女真降人，使得大量奸細混入隊伍中，成為後金內應。
當努爾哈赤發現熊廷弼被撤，而改為袁應泰時，不禁暗暗高興。
努爾哈赤高興地對手下將領說道：
“明廷罷免熊廷弼，無異於自毀長城！我攻取遼、沈的機會為期不遠矣。哈哈哈哈！”
明熹宗朱由檢登基不久，天啟元年（後金天命六年，公元1621年）的二月底，後金汗王努爾哈赤抓住明朝皇位更替、黨爭激烈、經略易人、軍心渙散、遼東大饑、邊防紊亂的有利時機，發動八旗人馬，開始向遼陽、沈陽大舉進攻。
在此之前，努爾哈赤實現了與蒙古的結盟，還派兵平定了多年的宿敵葉赫部，消除了後顧之憂，一切都已停當，此時不打遼沈更待何時？
三月初十，後金大軍出動，軍鋒直指沈陽。
這次因為要攻堅，特地預備了雲梯五百架，戰車一千五百輛，還有許多用來搭築營寨的板木，用上百艘船在薩爾滸城下的渾河裝了，借著春汛的桃花水，起錨向沈陽航行。船上還裝了許多軍糧草料，估計一天一夜即能運到沈陽城外。
馬步兵則走陸路，以莽古爾泰為先鋒，黃、白、紅、藍各旗人馬浩浩蕩蕩隨後跟進。
皇太極率部沿渾河行進在向西的大道上，前段時間攻打葉赫部的情景又浮現在眼前……
當時，八旗發了六萬兵，連夜出動，向葉赫疾速前進。
葉赫兩貝勒布揚古、金台石聞聽建州兵已然兵臨城下，頓時大驚失色，連忙點起人馬出城應戰，希望能僥幸獲勝，躲過這一次災禍。
努爾哈赤六萬大軍，聲勢浩大、陣勢森嚴，葉赫兵孤軍無援，看來勝負是早已預定了。
但是箭在弦上又不得不發，布揚古和金台石隻好擺開對陣的架式，擋在八旗兵的前麵。
一時間，煙塵滾滾、殺聲震天。後金軍與葉赫軍戰在了一起。老汗王努爾哈赤親自擂鼓助威。後金兵個個奮勇、人人當先，催動戰馬、揮舞刀槍，奮不顧身地衝向敵陣。一場血戰之後，八旗軍付出九百餘人陣亡的代價，把葉赫城外圍守軍掃蕩殆盡，葉赫完全陷入後金的包圍之中。布揚古和金台石無計，隻得閉城死守。