明朝的宦官魏忠賢最喜歡收受別人的賄賂，而且是越多越喜歡，但是孫承宗為人剛直不阿，沒有巴結他，引得魏忠賢很生氣。
魏忠賢專權後，由於孫承宗功高望重，所以就想將他拉入自己的陣營裏麵，於是，就派人向孫承宗說明自己的意圖。
孫承宗從來都不會昧良心做事，徹底得罪了魏忠賢。孫承宗愛憎分明，嫉惡如仇。楊漣疏劾魏忠賢二十四大罪，孫承宗做詩稱讚他是“大心楊副憲，宏表萬出言”。
十一月，魏忠賢驅趕左副都禦史楊漣、吏部尚書趙南星、左都禦史高攀龍、僉都禦史左光鬥時，孫承宗正在河北巡視。聽說這些事，氣憤之情無法抑製。於是想趁皇上過大壽的時機麵奏皇上，曆數魏忠賢的罪狀。
張廣微知道這個消息，急忙去魏忠賢府中，告訴他說道：
“孫承宗帶領兵數萬人來清除皇帝身邊的奸人，兵部侍郎李邦華做內應。此人一直與我們為敵，如果他進京見了皇上，咱們就都沒命了。”
魏忠賢聽了，十分害怕和驚慌，他明白，如果皇帝曉得了自己幹的事，自己定死無疑。最好的辦法是阻止孫承宗進京。
魏忠賢急進宮對皇帝哭訴，說孫承宗對自己不滿，要把自己殺掉。
天啟皇帝見自己的寵臣如此害怕，心中不禁軟了下來。皇帝說道：
“好吧，就讓內閣擬旨別讓孫承宗來了。”
次輔顧秉謙知皇帝已下旨命孫承宗不要進京，欣喜若狂，奮筆疾書道：
“無旨離汛地，非祖宗法，違者不宥。”
孫承宗到通州後，接到聖旨，不敢擔擅自離職的罪名，萬般無奈，隻得返回。
孫承宗返回之後，魏忠賢等閹黨更加囂張。他們大肆地清除異己，陷害忠良。
明天啟五年（1625年）五月，高第被任命為兵部尚書，魏忠賢及其閹黨控製了軍權。
七月，魏忠賢誣殺楊漣，左光鬥等人獄。
當時，東林黨人處在白色恐怖之中，每每被冠以莫須有的罪名遭殺害。
正當魏忠賢要借機削奪孫承宗兵權的時候，八月，發生馬世龍柳河之敗。
馬世龍，寧夏人。在比武會上，力戰群雄，勇奪魁首，曾做過遊擊、副總兵。
馬世龍長得很高大，舉手投足都顯示出是練武之人，孫承宗愛惜他的才能，推薦他當總兵官。
孫承宗出鎮山海關後，又推薦馬世龍為山海關總兵。
馬世龍感激孫承宗知遇之恩，於是非常效力，與孫承宗一起商議守住關外這許多城池。
明天啟四年即後金天命九年，馬世龍與巡撫喻安性、袁崇煥東巡廣寧。又與袁崇煥、王世欽航海到蓋州海濱，觀察地勢，商議用兵之法，而後才揚帆而還。
那時候，孫承宗統領兵馬十餘萬，任用的將校有數百人，馬世龍是其中較有用兵之才的大將之一。
這一日，馬世龍正在大帳中飲酒，有人報已經投降的劉伯求見。
劉伯說道：
“三天之後是後金耀州守將莽爾古雄五十大壽。此人極其奢侈，到時肯定會讓兵士徹夜飲酒，以祝他大壽。如果我們在三天之後的那晚上襲擊耀州，定克無疑。”
馬世龍說道：
“耀州城牆是用石頭壘成，即使是過大壽，但防守肯定仍很嚴密，難以攻上去。”
劉伯趕緊說道：
“總兵有所不知，耀州防守並不很嚴，莽爾古雄生性驕傲，他每遇喜事必喝酒，每喝酒必醉。總兵可命人悄悄渡河，在四城之外拆城，將石頭城牆挖出幾個洞來，我軍就可以進城。”
馬世龍默默地想了片刻，猛然一拍大腿，說道：
“我看拆城的主意甚好，但尚不完備，耀州城城基有二三丈，也很難拆。一旦發現我們在拆城，敵人一定會猛烈抵抗。兵貴神速，時間長了，裏邊會增加兵力，外邊會增加損失，不如先派兵去將城拆出幾個洞來，然後用火藥去崩……”
馬世龍自視用兵熟練，聽信了劉伯的話，決定三日後攻耀州城。
攻城那日晚，馬世龍起身走出大帳。抬頭觀看，天空布滿陰雲，看不到星星，看不到月亮，四周一片漆黑。馬世龍心裏甚為喜悅，暗說道：
“上天保佑，今夜正是挖城攻城的好時機。”
馬世龍當即派魯之甲、李承先率領一隊精兵，趁黑夜渡過娘娘河，襲擊耀州。
魯之甲、李承先一行人夜渡娘娘河，來到耀州城下。
耀州城內，鴉雀無聲，漆黑一片。
魯之甲一看，心中大喜，他想耀州守城士兵肯定早已酒酣入夢了。於是命人拆城裝火藥。
就在這時，忽然殺聲四起，城門大開，無數火把點燃，從城中衝出一隊女真騎兵。
魯之甲、李承先明白中了埋伏，猛地收住戰馬，要想布陣已來不及，就對壯士們大喊一聲：
“快撤！”
明軍剛掉轉馬頭，強悍的後金軍已衝到麵前。明軍倉促迎戰，兩下大殺大砍起來，刀兵相擊，殺聲震耳。
由於明軍對地勢和周圍環境不熟悉，又沒想到中敵軍埋伏，因此損失慘重。
魯之甲、李承先好不容易殺出一條血路，帶領士兵衝出重圍，急逃回駐地。清點人數，死傷戰士四百人，丟了鎧甲六百餘副。
勝敗乃兵家常事，偷襲耀州失利，本不是一件兵戎大事。但是，攻耀州兵敗之事傳到北京，閹黨拿此大做文章。
攻打耀州失敗的消息，給魏忠賢等人製造了彈劾馬世龍及孫承宗的有力把柄。
魏忠賢讓他的死黨顧秉謙、張廣微等人奏章數十次，彈劾馬世龍兵敗誤國、孫承宗用人不當，又自信勢強，藐視聖上。
消息傳到山海關，眾將官氣憤不平，都要上本保奏孫承宗，均被孫承宗製止。
孫承宗在山海關嘔心瀝血、鞠躬盡瘁，不意卻遭此彈劾，氣得渾身亂顫。
回到書房，孫承宗倒背著手在房中來回踱步，想到自己來山海關以後力挽狂瀾，披肝瀝膽整頓軍務，調兵分守要地，使遼東振作，山海關得固，而今因功得罪，心中極為憤懣。他本是個火氣很盛的人，這樣的氣他焉能咽得下？因此，晚飯也未吃，心中氣憤地說道：
“不能讓他們任意誹謗，我也要講話，要上書抗辯。”
一想到上書，孫承宗坐在書案前邊，這時他才覺察到天色已黑，室內很暗，即命人掌上燈來。他鋪開奏折，奮筆疾書。他要力排眾議，澄清是非。
孫承宗直寫了兩個來時辰，方才寫畢。要旨是：
“……臣到遼東，力挽危局，現已漸固，卻遭到朝中非議。今朝中議論者，全不知兵。冬春之際，待以冰雪稍緩，哄然言師勞財匱，馬上促戰；乃軍敗績，始彈劾不止。自有遼難以來，用武將，用文吏，何嚐有一效？疆場之事，當聽疆吏為之，何用拾貼括語，徒亂人意。今遼東轉危為安，臣卻因之生而致死。臣乞聖上，速遣大臣來遼視察真情，具實奏聞。如臣有欺君之舉，甘當伏罪……”
孫承宗的奏疏上達朝廷後，魏忠賢又串通張廣微連章攻劾。皇帝準了孫承宗的奏章，但卻派了高第為欽差大臣，到遼地考察。
被後金兵破壞了的覺華城又修複了。燒毀了的城門二層箭樓又蓋了起來。遠遠望去，又顯得巍峨了。城牆垛口安放了幾十門大炮；環城又挖了兩道壕塹。
孫承宗帶著幾個親信在城上巡視了一番，幾座頹敗不堪的城垣變成了堅城，心中頗為滿意。
放眼望去，隻見城外一片金黃，收成的季節來到了。覺華城是守遼左、榆關的重鎮。覺華一失，就會危及遼左形勢。為此，他親自來查看並部署防守。巡視完畢，孫承宗站在箭樓下麵，對覺華城的祖大壽說道：
“城已修複了，要加意防守，再增撥兩千人馬。”
祖大壽躬身抱拳說道：
“末將遵命。”
孫承宗剛要下城，他的親將匆匆上城來報：
“稟大人，袁總兵派人送來十萬火急書信。”
說罷將信劄雙手捧給孫承宗。
孫承宗急忙拆開信封，由裏麵抽出信紙，展開後從頭到尾看了一遍。看後，雙眉緊鎖，沉默不語。祖大壽等不知何故，不敢發問，都靜靜地望著他。
隻見孫承宗倒背著手在城牆上急速地走了幾步，然後猛地轉過身來，一隻腳踏在一塊石頭上，一隻手扶著腰間的寶劍，擰眉思索。
過了好一會兒，孫承宗斷然下令：
“立即整軍回寧遠。”