後金軍攻圍之後，百姓們感到安全了，紛紛去拜謝袁崇煥與滿桂的救命之恩。二十七日早晨，後金兵大隊人馬聚集在城外大平原。袁崇煥派遣使者，表達了自己的情義，說：
“老將橫行天數十載，從來沒有敗過，如今卻敗在你的手下，恐怕是天意吧。”
努爾哈赤當時已經有傷在身，於是就回送禮物，表示日後再戰。
所謂“約期再戰”，隻是掩飾麵子的話。努爾哈赤根本不敢再攻寧遠城。
寧遠之戰，後金汗努爾哈赤雖然在覺華獲小勝，並以此安慰諸臣、安慰官兵。但就總體而言，就戰略而論，曆史的結論是：努爾哈赤兵敗寧遠。
明朝與後金的寧遠之戰，以明朝的勝利和後金的失敗而結束。
傳來寧遠捷報，京師空巷相慶。
寧遠之捷是明朝從撫順失陷以來的第一個勝仗，也是自“遼左發難，各城望風奔潰，八年來賊始一挫”的一仗。
明天啟帝指稱：
“此七八年來所絕無，深足為封疆吐氣。”
與明相反，努爾哈赤原來用兵攻寧遠城，是想奪取山海關，不料敗在袁崇煥手下。
袁崇煥指揮這個戰役很有儒將風度。坐在城頭敵樓中督戰，打了勝仗之後，派使者送禮物給努爾哈赤，頗有《三國演義》中諸葛亮與周瑜羽扇綸巾、談笑用兵的氣派；也似南朝梁朝大將韋睿臨陣時輕袍緩帶，乘車坐椅，手持竹如意指揮軍隊。韋睿身子瘦弱，但戰無不勝，敵軍畏之如虎，稱為“韋虎”。不過到了當真危急之時，袁崇煥也不能再扮儒將了，隻得以“蠻子”姿態來死拚。
袁崇煥初曆戰陣，便打敗了努爾哈赤。
努爾哈赤在寧遠遭到用兵四十餘年來最嚴重的慘敗。對於軍事統帥，最大的痛苦莫過於指揮失敗。努爾哈赤兵敗後對諸貝勒說道：
“我自二十五歲以來，戰無不勝，攻無不克，為什麼單是寧遠一城就打不下來？”
無奈的詰問，飽含了一個久經沙場的“戰神”的無盡的悲哀。
望著努爾哈赤顯見蒼老的麵容，眾貝勒及大臣們，麵麵相覷，無言以對。因為，他們也有些懷疑：難道一向以戰無不勝、攻無不克而著稱的“戰神”已經……
天命六年（1621年）正月，努爾哈赤精心策劃，召開了“內閣”會議。他召集阿敏、莽古爾泰、皇太極、德格類、濟爾哈朗、阿濟格、嶽讬等長侄長孫，對天焚香發誓說道：
“蒙天父地母垂佑，吾與強敵爭衡，將輝發、烏拉、哈達、葉赫，同一音語者，俱為我有。征敵國大明，得其撫順、清河、開原、鐵嶺等城，又破其四路大兵，皆天地之默助也。今禱上下神祇：吾子孫中縱有不善者，天可滅之，勿令刑傷，以開殺戮之端。如有殘忍之人，不待天誅，遽興操戈之念，天地豈不知之？若此者，亦當奪其算。昆弟中若有作亂者，明知之而不加害，懼懷禮義之心，以化導其愚。似此者，天地佑之，俾子孫百世延長。所禱者此也。自此之後，伏願神祇，不咎既往，惟鑒將來。”
努爾哈赤渴望蒼天中的冥冥神力，能護佑他的子孫永遠相安無事，企圖依靠對神祇的誓言，杜絕同室相殘的血跡，求得天地祖宗的寬恕。
然而，又有誰會相信這不是一場夢呢？努爾哈赤遷都沈陽後，為了加強汗權，不惜將骨肉殘殺在血泊之中。
首先是與其胞弟舒爾哈齊的權力之爭。
在努爾哈赤起兵之初，舒爾哈齊處於他的副手地位。舒爾哈齊曾多次以建州衛都督等身份進京“朝貢”，這在他兄弟五人中，除他的長兄努爾哈赤外，是絕無僅有的。
舒爾哈齊地位顯貴，與其兄相比，也是不相上下的。如申忠一到費阿拉所繪建州首領住家圖錄僅二幅，即《木柵內奴酋家圖》、《外城內小酋家圖》。他所見舒爾哈齊“體胖壯大，麵白而方，耳穿銀環，服色與其兄一樣”。比申忠一先一月到費阿拉的朝鮮通事河邊國，分別受到努爾哈赤和舒爾哈齊的接見與賞宴。這表明，努爾哈赤與舒爾哈齊曾經是主副配合、相輔相成的。
但是，努爾哈赤與舒爾哈齊之間的矛盾，在萬曆二十三年（1595年）已見端倪。申忠一見舒爾哈齊家裏的“凡百器兵，不及其兄遠矣”。舒爾哈齊也向申忠一力言：
“日後你僉使若有送禮，則不可高下於我兄弟。”這表露出舒爾哈齊對已經獲得的權位和財貨的不滿。
萬曆二十七年，建州女真兵征哈達時，努爾哈赤在哈達城下當眾多軍兵怒斥舒爾哈齊。舒爾哈齊懷恨在心，兩人之間裂痕加深。
萬曆三十五年，努爾哈赤以舒爾哈齊在烏礙岩之役作戰不力，命將他的兩名將領常書、納奇布論死。後來，舒爾哈齊為二將求情。這才將他們免死。但罰常書百兩銀子，奪納奇布所屬牛錄。自此，努爾哈赤“不遣舒爾哈齊將兵”，削奪了他的兵權。
萬曆三十七年三月，舒爾哈齊被奪取兵權後，鬱悶不樂，常常口出怨言，認為活著還不如死了好，接著就移居黑扯木。努爾哈赤馬上命收回舒爾哈齊貝勒的財產和阿哈，殺了他的兒子阿布什，又將他的部將武爾坤吊在樹上，以火燒死。
萬曆三十九年八月十九日，舒爾哈齊貝勒幽死。據明人黃石齋《建夷考》載：
“酋疑弟二心，佯營壯第一區，落成置酒，招弟飲會，入於寢室，鋃鐺之，注鐵鍵其戶，僅容二穴，通飲食，出便溺。弟有二名裨，以勇聞。酋恨其佐弟，假弟令召入宅，腰斬之。”
努爾哈赤為強化汗權，不惜幽殺胞弟，當然是為他的帝業服務的，這與他晚年渴望子孫相安，“俱懷禮義之心，以化導其愚頑”是不相矛盾的。他渴望子孫相安，為的是讓他們能齊心協力，來保他所創下的帝業。至於說努爾哈赤焚香設誓有無愛惜子孫，不忍他們骨肉相殘之意，這恐怕年老之人是更容易理解他的。
人都說“人老惜子”，莫非這位當年為強化汗權寧殺愛子的努爾哈赤垂暮之年也有此意？據為他作傳的人說：努爾哈赤年事已高，不願子孫骨肉相殘，要不咎既往，惟鑒將來。
努爾哈赤嗣子褚英，乃佟佳氏所生。他在萬曆二十六年率兵征安楚拉庫路，被賜號洪巴圖魯；萬曆三十五年，在烏碣嶺之戰中立功，被賜號阿爾哈圖土門；萬曆三十六年，偕貝勒阿敏等攻烏拉，克宛罕山城。旋因居長，又屢有軍功，被努爾哈赤授命執掌國政。
褚英柄權後，因年紀輕，資曆淺，心胸褊狹，操切過急，受到“四貝勒”、“五大臣”的反對。“四貝勒”即努爾哈赤愛如心肝的代善、阿敏、莽古爾泰、皇太極。他們各為旗主貝勒，握軍隊，擁權勢，厚財帛，領部民，建州又無立嫡為長的曆史傳統，所以，他們都不滿褚英當嗣子、主國政的地位。他們上告長兄褚英。“五大臣”即努爾哈赤所信用恩養、同甘共苦的費英東、額亦都、扈爾漢、何和理、安費揚古。他們早年追隨努爾哈赤，威望高、權勢重、曆戰陣、建殊勳，當克圖倫時褚英尚在繈褓之中，所以，他們自然也不滿褚英專軍機、裁政事的地位。他們首告嗣儲褚英，似有貳心之嫌，於是，也力求與“四貝勒”聯合。
努爾哈赤嗣子褚英對這些建州的柱石和元勳缺乏謙恭之態，想趁父汗在邊時逐漸削奪他們的財勢和權力，以便鞏固儲位。這促使“四貝勒”與“五大臣”采取內外夾擊的策略，共同對付褚英。褚英陷於孤立。“四貝勒”和“五大臣”經過密議之後，聯合向努爾哈赤告發褚英。努爾哈赤讓他們每人寫一份文書呈送。他們各寫文書，聯合控告褚英的罪狀是：
一、使“四貝勒”和“五大臣”彼此不和睦；
二、聲稱要索取諸弟的財物、馬匹；
三、曾言“我即位後，將誅殺與我為惡的諸弟、諸大臣”。
努爾哈赤在權衡長子褚英與“四貝勒”、“五大臣”兩方麵的力量對比之後，斷然疏褚英。爾後，兩次耀兵烏拉，努爾哈赤都沒有派褚英出征，讓他留居家中。“禇英意不自得，焚表告天自訴，乃坐詛咒”之罪。萬曆四十一年三月二十六日，被幽禁在高牆之內。萬曆四十三年（1615年），努爾哈赤下令將褚英處死，當時，褚英年僅三十六歲。