西安事變爆發，軍政部部長何應欽當即以“文”電告知馬步芳：“西寧新二軍馬軍長口密：（一）今晨九時西安東北軍叛變，委座被圍，行蹤未明；（二）該部迅速集結待命，嚴加警戒防止奸宄，並設法與附近友軍取得聯絡為要。何應欽文酉鎮印。”當晚國民政府中央廣播電台也發出了中央社緊急電訊。
馬步芳對自己的處境十分清楚。張學良、楊虎城手握兵符，號令西北。東北軍的第五十一軍於學忠部駐防蘭州，又兼任甘肅省政府主席，大權在握，咄咄逼人。西北綏靖公署主任朱紹良為了遏製於學忠勢力的發展，曾經慫恿馬步芳仍舊把持河西及臨夏一帶地區的地方行政權，以致於學忠對這些地區下達的政令，往往成為一紙空文。這樣就加深了張學良對馬步芳的疑忌。西安事變發生後，馬步芳恃為泰山的朱紹良在西安被扣，又傳來了於學忠部在蘭州與中央軍發生武裝衝突的消息，一時風雨滿樓，險象環生。馬步芳深恐於學忠對他乘機報複，日夜惴惴不安。特別令馬步芳進退維穀的是，馬部與紅軍西路軍正在生死搏殺，如果於學忠等部此時揮戈西進，與西路軍聯成一氣，自己勢必腹背受敵。
西安事變當晚10時許，馬步芳在新編第二軍司令部緊急召見《青海日報》主編陳秉淵，嚴肅地指出：西安事變消息不得在《青海日報》上披露，以免軍心民心動搖。陳辭出後急赴報社，將業已排就的中央社電訊全文撤掉，改發其他消息。為了盡可能彌補版麵出現的空白，還補排了一個特大的木刻。《青海民國日報》也得到國民黨青海省黨部特派員馬紹武的電話通知，封鎖了這一重大新聞。青海群眾被蒙在鼓裏，市麵安靜，一如往昔。
當天午夜，國民黨甘肅省黨部執行委員張民權夫婦，由蘭州化裝逃至西寧，傳來消息：蘭州東北軍已開始軍事行動，解除了朱紹良所屬部隊的武裝，扣押了蔣係高級官員，並槍殺了曾任青海南部邊區警備司令部辦事處處長、時任西北綏靖公署參議楊繼高和綏署軍需處處長處王式輝等人。蘭州局麵，一片混亂。張民權還說，東北軍已與河西紅軍接頭，前途堪虞。
馬步芳以事態驟趨嚴重，唯恐河西軍事發生突變，無以自全。立即密電前方總指揮馬元海，告以西安事變消息，除轉告馬彪、馬樸知悉外，嚴守秘密，慎勿外傳。並令嚴守防地，加強對所屬官兵的監督。
馬步芳還急電岷縣魯嵩令師長、涼州楊得亮旅長及胡宗南等，要求“隨時聯絡，以防不虞”。
馬步芳對於河西戰事可能發生的變局，遠遠超過了對蔣介石生死安危的考慮。可是各方“聲討”張、楊的通電，猶如雪片飛來，馬步芳在幾經徘徊之後，見形勢日益明朗才於15日通電響應。遂由姚鈞草擬“刪”電，即將拍發時，又接受了馬紹武、陳顯榮的建議，為表白自己對蔣的竭誠擁護，竟將15日簽發的電文日期，提前兩天，改為13日發出的“元亥”電。電文中向南京行政院、軍事委員會表明：“頃據廣播電台電訊，驚悉西安發生事變，張楊劫持委座等語，消息傳來，全青震驚。除嚴令所部一麵加緊剿滅河西赤匪，一麵防止蘭州叛軍之擴大，保境安民，敬候佳音外，敬懇詳示確情，以便遵循。青海雖處四麵敵匪之艱苦環境，芳等隻知為黨國盡忠，為委座效力，之外，他無所顧。合並呈明，敬請鈞鑒。”
在此之前，馬步芳和李天民、馬紹武、郭學禮、李曉鍾、馬步青、李乃?、譚克敏、魏敷澤、楊希堯、魏敷滋、姚鈞等12人於14日以“寒”電致南京中央黨部、國民政府行政院、軍事委員會，表示“誓以血忱、在中央統一指揮之下，誓死殺賊，以定人心而奠國基”。15日，馬步芳和上述諸人又以代主席、騎兵第五師師長、省黨部特派員、省政府委員身份向張學良發出“刪”電：“……倘因意見分歧，致壞和平統一之局，實為親者所痛仇者所快。況全國輿論對公此舉均為痛惜，萬一殘殺之禍見於今日，予敵人以進攻之機會，則國家前途寧堪設想。為今之計，應即幡然悔悟，護送委座入京主持大局。”