1.原因
軀體疾病可以導致兒童學習困難，主要是由於以下原因所致的：
（1）某些軀體疾病可以引起學齡期兒童特殊學習技能發育障礙：如腦性癱瘓兒童的運動障礙、耳聾的兒童言語發育障礙等。
（2）軀體疾病對腦功能的影響：Rutter在英國懷特島的調查中發現，患軀體疾病兒童的閱讀障礙的發生率是正常兒童的2～3倍，有14%的兒童廣泛成就測驗水平落後於同齡兒童28個月。
（3）患慢性疾病的兒童由於經常缺課，使得數學這些需要循序漸進的課程學習困難。
（4）由於兒童患病使得父母和老師降低了對患兒在學業上的期望值，而很少對他們在學業上嚴加督促和幫助，甚至認為能學多少就學多少。另外，患兒本身對自己的學習成績也沒有高標準的要求。
2.哮喘導致兒童學習困難
哮喘兒童由於以下原因常可以導致情緒障礙，而情緒障礙常常是一些兒童出現學習困難的主要原因。
（1）由於哮喘的發作，使父母過分緊張，唯恐再次發作，因而對兒童往往采取過分關注，過度保護。這種緊張焦慮心情往往反饋給兒童，使兒童出現緊張焦慮的情緒，造成哮喘頻繁發作。
（2）另一方麵父母對兒童的病情的否認忽視，對兒童表現出不耐煩，甚至厭惡情緒，使兒童產生焦慮、抑鬱、自我貶低，因而在情緒上表現為焦慮、抑鬱。行為上表現為退縮、攻擊性行為。另外，還使得患兒自我意識水平較差，自信心下降，再者由於經常缺課導致學習困難。
3.癲導致兒童學習困難
癲患兒出現學習困難主要有以下原因：
（1）癲發作本身引起的行為、情緒障礙，精神運動性發作的行為異常，發作性焦慮和其他情緒體驗，突然發作的陌生感，癲大發作的一段矇矓狀態。長期慢性癲有時出現的精神病狀態。
（2）腦器質性損害伴發的癲常伴智力損害及行為問題。無明顯腦器質損害的兒童，大多數智力正常，其智商僅輕度低於平均水平，但這類兒童的閱讀障礙的發生率特別高。
（3）抗癲藥物對兒童學習有影響，長期使用苯妥英鈉可以導致兒童的智力減退；長期服用卡馬西平、乙琥胺、撲癇酮、丙戊酸鈉都可以對患兒的行為和學習產生不利的影響。常見的症狀有注意力不集中、輕微的定向力障礙、煩躁。
（4）父母對兒童前途擔心，害怕癲發作的憂慮，對患兒的期望值降低，導致患兒的自我意識差，依賴性強，自信心差；個別患兒擔心自己發作而焦慮；有的患兒由於喪失信心不肯去上學。