在三百年的“黑暗時代”裏，希臘人在黑暗中摸索著走向文明。後人對這一時代的了解主要是通過荷馬史詩《伊利亞特》和《奧德賽》，所以這一時期也叫做“荷馬時代”。荷馬在他的《奧德賽》一書和其他詩歌中，把克裏特人描寫成了臭名昭著的海盜。克裏特島扼居希臘和地中海東部國家之間的海上通道，是古希臘時期最早的海盜聚居地。為了搶掠奴隸，多利安人洗劫了希臘克裏特島的海岸，摧毀了克裏特島上彌諾斯文明殘存的遺跡。當時，入侵的多利安人以克裏特島為基地，對整個愛琴海地區進行輪番洗劫。多利安人將克裏特島上的基多尼亞和伊柳塞拉等城市變成了買賣奴隸的繁榮市場。這些奴隸大多是多利安海盜在四處劫掠中俘獲的婦女和兒童，他們被買賣或作為掠奪品進行交換。到了公元前5世紀，雅典崛起後，克裏特海盜的勢力終於得到遏製。到了公元前2世紀末，羅德人清掃了克裏特島上的海盜基地，希臘人才擺脫了克裏特海盜不斷製造的悲劇。
薩摩斯海盜也聞名於古希臘。在愛琴海其他島嶼的更北部，或大陸上的邊遠城鎮，因為薩摩斯海盜們在那裏建立了巢穴而臭名昭著。一開始，薩摩斯人被入侵者趕出島嶼，被迫移居到米卡利，最終變成了海盜。
薩摩斯人在波利克拉特斯的領導下，集中力量對付島國米利都。波利克拉特斯於公元前535年通過屠殺許多裝甲步兵階層的公民，並求助於利格達米斯軍隊確立了自己的位置，他又召集一支雇傭軍隊，協助他的一千名薩摩斯弓箭手，臣服了一些鄰邦，又裝備了一支一百名左右的士兵和四十艘三層槳戰船的船隊。此時小亞細亞海岸的希臘城和埃及王國正處於波斯征服的混亂中，波利克拉特斯的艦隊占領了愛琴海東部地區，透過渾水摸魚和大麵積偷襲，他很順利地便達到目的。他襲擊米利都並打敗了萊斯伯斯的艦隊，他先與埃及，後又與波斯交好，並且他擋住了斯巴達和科林斯的攻擊。如同庇西特拉圖，他把羅尼亞敬獻給提洛島的阿波羅以此影響愛奧尼亞的統治者，他也吸引了許多愛奧尼亞的詩人到他的宮廷。他為運河修建了一條著名的隧道，為港口修築了防波堤，並完成了赫拉神廟的最後部分，所有這三個部分比希臘其他的工程在規模上都要大。這些及其他工程很可能都由被強迫的勞工、奴隸、被捉住的人或自由民完成。波利克拉特斯使用強硬的手段來維持他的統治。他殺害了一個兄弟，又驅逐了另一個名叫莎羅鬆的政敵。當他派四十艘三層槳戰船去援助岡比西斯時，他從一些不滿者中招募水手，並讓岡比西斯留住他們。當他們轉回來攻打他的時候，他讓他的薩摩斯士兵按兵不動，卻把反叛者的妻子和孩子集中在船棚裏，起義假如發生，這些人將被燒死。他的野心沒有滿足的時候。他計劃與奧龍特斯總督勾結，建立一個海上帝國，包括島嶼及愛奧尼亞。但他的野心導致了他的死亡。奧龍特斯把他騙進宮，殺了他，並把他的屍體掛在一個十字架上。波利克拉特斯以“其他希臘獨裁者無法比擬的性格”給希羅多德留下深刻的印象。他的經曆顯示了一個無情的人透過剝削繁榮海上城邦積累的財富所能達到的成就。他的成功很大部分是源於波斯消滅了許多他的對抗者，而這一力量最終也消滅了他。他透過劫掠發財，他的受害者也如此回敬他。他的對外政策中斷後，他沒能建立一個新的城邦以取代舊的。由於很多薩摩斯人被處決或被流放了，波利克拉特斯利用每一種形式的人力，雇傭軍、市民、外邦人或奴隸以建立一支心腹隊伍，他們比效忠於城邦來說更效忠於他們的雇主。大量的薩摩斯人，以四十支三層槳戰船水手為目的，都在流放中。他們走到哪裏都不受歡迎。他們劫掠錫弗諾斯，勒索錢幣，從阿爾戈利斯半島搶得伊德裏亞，並強占了克裏特西北的西多尼亞。經過五年的劫掠生活，他們在海上被打敗並成為一支阿基那和克裏特軍隊的奴隸。
波利克拉特斯死後，薩摩斯的力量也土崩瓦解了。他的代理人梅安德流斯聲稱“權利平等”，並邀請有名望的薩摩斯人核查他擔任波利克拉特斯的財政部長時所做賬目。那些接受邀請的人被鏈子銬了起來，後來又被他的兄弟呂卡裏圖斯毫不留情地殺害了。在這一關口，波利克拉特斯在流放中的兄弟莎羅鬆被波斯總督恢複了職位，並沒有遭到薩摩斯人的反對。安全起見，梅安德流斯乘船去了斯巴達，卻留下一個兄弟負責攻擊波斯人的雇傭軍，並參加島上的一次屠殺活動。他的計劃成功地實現了，但斯巴達當局卻把他從拉科尼亞趕了出去。在薩摩斯，大屠殺和莎羅鬆的政權產生了諷刺性的諺語：“真得謝謝莎羅鬆啊！”在波斯總督奧大尼的指令下島上重新有人居住，奴隸也因此有選舉權。
公元前6世紀，薩摩斯人襲擊科林斯和斯巴達的船隻，利用希臘和波斯間的矛盾衝突，不斷從中獲利，增強實力，逐漸繁榮起來。薩摩斯人最終被雅典人製服。在來自利姆諾斯島的海盜襲擊了雅典之後，雅典海軍花了大量的時間和精力清剿愛琴海地區的海盜。海盜遭到追捕，海盜巢穴也被摧毀。除了利姆諾斯島和米卡利，公元前5世紀雅典人摧毀了在斯波拉提群島、基斯諾和美卡諾斯島上的其他海盜據點。