“反了吧！”
“我不會忘記叔父和六個堂兄弟的慘死。此仇不報，何以為人？我孫恩願繼承叔父遺誌，高舉義旗，吊民伐罪，推翻東晉王朝，改天換地，替天行道！”東晉孝武帝時，孫恩的叔父孫泰為五鬥米道教主，他在民眾中享有很高的威望，民眾敬之如神，教徒分布南方各地。在晉安帝隆安二年(公元398年)孫泰見天下起了戰事，以為東晉王將來傾倒，於是就煽動百姓，私集徒眾，謀劃起義。後來，孫泰和六個獨生子都不幸被晉簡文帝司馬道子誘斬。隻有孫泰的侄兒孫恩逃到海上。
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五鬥米道：即東漢的太平道，東漢後期以來，五鬥米道在民間廣為傳播。
“我等願追隨孫將軍起事。生死與共，禍福同享！”
“我等願追隨孫將軍！”礁石下的人人山人海，齊聲高呼，個個舉起鐵拳，目光如電，帶著他們的仇恨，要將風雨飄搖的東晉王朝擊個粉碎！
就這樣，隆安三年(公元399年)，五鬥米道徒共同推舉孫恩為首領，孫恩和盧循聚集逃向海島的五鬥米道徒百姓，在海上起事反晉！
江南八郡的農民聞風響應風從，不到十天，起義隊伍就擴充到了幾十萬人！其中也包括了一些對東晉朝廷不滿，希望能在起義軍和官軍的對峙當中漁利的江南地主。
孫恩自稱“征東將軍”，率領起義軍占據了東海的一些島嶼，頻繁襲擊沿海各郡，專門打劫官府和富豪，他們殺戮東晉的郡守縣令，對世族官僚嚴懲不貸，先後殺死了包括吳興太守謝邈、永亮太守謝逸、嘉興公顧胤，南康公謝明慧等在內的東晉官僚，建立起了起義軍的地方政權。
“我孫恩還有何顏麵存活於世？”——孫恩兵敗赴海自沉
孫恩占據海島，前後四次起兵反晉。
“聽說朝廷現在又在征兵，他們隨意擴大樂屬範圍，百姓們敢怒不敢言哪！”晉隆安三年十一月，朝廷下令征發浙江東部已免除奴隸身份成為佃客的廣大農民（即所謂“樂屬”）移置京師當兵。在征發過程中，官吏侵犯了許多不是“樂屬”的一般農民，引起了吳(今蘇州、杭州一帶)、會(會稽治今紹興，即今浙江錢塘江以東地區)等地百姓的嚴重不滿。
“我們趁機殺出海去，去解救他們吧！”
“正合我意，這樣，我們的力量會不斷壯大！”借此機會，孫恩率領部眾從海島登陸，攻下上虞，殺死了上虞縣令。
“我是道教徒啊，請求你們饒了我吧。”襲擊會稽時，會稽內史王凝之哀求道。
“你平時作惡多端，要饒恕你，問問大夥答應不答應？”
“殺了他！”
“殺了他！”
最終，孫恩堅持將會稽內史王凝之斬首示眾。
聽說會稽內史王凝之和上虞縣令被斬首示眾，一時大快人心，江、浙等江南八郡民眾紛紛起義響應。
晉隆安三年十二月，朝廷急派世族謝安之子謝琰和淝水之戰的功臣、輔國將軍劉牢之前往鎮壓。
“留得青山在，不怕沒柴燒，立即撤回海島！”當謝琰、劉牢會兵渡過錢塘江口之後，為保存實力，孫恩率20萬起義軍乘海船退回了海島。
“如今謝琰剛剛被任命為會稽內史，都督五郡軍事。聽說他口出狂言，將我等視為烏合之眾，現在，正是出兵的好時候，正所謂驕兵必敗！”隆安四年(公元400年)四月，東晉以謝琰為會稽內史，都督五郡軍事，孫恩乘其新任麻痹之時，率水軍從海上登陸，殺至浹口(今寧波甬江口)，入餘姚、上虞，再攻會稽，擊斃謝琰及其二子。
謝琰死後，東晉朝廷大為震驚，即遣冠軍將軍桓丕才、輔國將軍孫元佟、寧翔將軍高雅之，統領各路兵馬，圍剿孫恩起義軍。同時，又命吳國內吏袁山鬆鎮守沿海，在滬瀆(今上海)築起防禦工事，以防孫恩進犯。
隆安四年十一月劉牢之奉命進攻義軍。
“如今官軍勢大，我們還是退回海島為上策。”孫恩詳細分析了形勢，果斷地再次退回海島。
得到消息，劉牢之立即加強了海上防備，以防孫恩水師進犯。
隆安五年（公元401年）春，孫恩第三次起兵，他親率聲勢浩大的水師於近海航行400餘裏後，突然進攻滬瀆(今上海)。然後率水師10餘萬人，樓船戰艦千餘艘，溯長江而上，占領了建康(今南京)的門戶丹徒，直逼東晉王朝的首都建康！
劉牢之急令部下劉裕在海鹽截擊。
劉裕與孫恩會戰於丹徒蒜山(今鎮江西三裏)，孫恩戰敗後，退至山上，重又整頓船隻，準備直搗建康。
這時義軍中戰船的數量以及種類都很多。除了有高大的樓船外，還有起四層、高10餘丈的“八槽戰艦”，這在當時是一種新型戰艦。此外，還有其他各種船隻，如飛雲船、蒼隼船、金舡、飛鳥舡等。這些船隻溯流而上，卻可惜遇到了逆風，轉動不靈，航速受到了影響。加之建康防守嚴密，因此未能攻下建康。