孫恩隻好率領船隊揮師順流而下，取廣陵(今江蘇揚州)後，順江出海。
此後，孫恩龐大的船隊又北上攻占鬱州(今江蘇連雲港外以東的海中，周圍數百裏)，劉裕尾追，在鬱州大敗義軍。
孫恩遂率船隊沿海南下，卻又敗於滬瀆和海鹽，義軍傷亡過萬。
此後，義軍饑饉疾疫，死者大半。孫恩隻得退回海島休整。
元興元年(公元402年)三月，孫恩第四次起兵。他率部從海上攻浙江臨海，被臨海太守辛景擊敗，僅剩數千人。
“天哪！你如何不公，難道天不亡晉麼？我孫恩自起事以來，追隨我的弟兄非但沒能過上好生活，許多人反而因此丟了性命，我孫恩還有何顏麵存活於世？”孫恩作戰接連挫敗，部眾傷亡慘重，又遭官兵追殺，幾十萬起義軍最後隻剩下了幾千人。在此形勢之下，孫恩憂慮無策，竟然赴海自沉！
盧循水師戰敗 徐道覆盧循先後殉難
孫恩死後，追隨孫恩的徐道覆（？—411年，東晉起義軍孫恩、盧循的姐夫。）等骨幹推舉孫恩的妹夫盧循為統帥，繼續統管起義軍與東晉官軍對抗。孫恩起事後，盧循一直跟隨孫恩轉戰沿海，被稱為“別帥”(即副帥)。當時，隻有他才有資格與威望繼承孫恩在義軍中的領袖地位。
此時，在剿滅孫恩義軍時立下大功的劉裕和割據江、荊等地的桓玄為了爭奪統治權而爭戰不休，無暇顧及義軍。
而盧循統帥的起義軍損失慘重，迫切需要時間進行休整。
於是，東晉朝廷趁機招安盧循，盧循也就暫時接受了東晉朝廷的招安，任永嘉(今溫州)太守。
但是，盧循接受招安不過是緩兵之計，他並不願受官職的約束，仍然堅持與官府鬥爭。
元興元年(公元402年)五月，盧循率領艦隊重新起兵反晉，從海上打到東陽(今浙江金華一帶)，最後被劉裕擊敗。
元興二年(公元403年)正月，盧循派遣他的姐夫徐道覆再一次攻打東陽，被劉裕擊敗。
八月，盧循攻打永嘉。再一次被劉裕擊敗。
之後，盧循率領水師浮海南下，先逃到泉州，因受到晉軍的追擊，於是便率領艦隊由福建向南航行，在晉安(今福建福州)休整船隊。
元興三年(公元404年)，盧循經過100多天的海上航行，於元興四年(公元405年)十月攻占了南海最大的港口廣州。
此後，盧循把廣州作為根據地，依靠強大的水師，在此據守了六年。他任命姐夫徐道覆為始興(今廣東韶關)太守，以東晉龍驤將軍、琅琊內史、長史王誕為平南府長史。
“如今劉裕正在北伐南燕，根本無力南顧，我們應該把握住這個大好時機，再一次攻取建康，定鼎天下。”徐道覆非常有軍事頭腦，他勸盧循攻打建康。
“兄長所言極是。我們立即做戰備吧。”盧循連連點頭讚同。
“先前我已經做了些準備。”徐道覆臉上現出神秘的笑容。
“哦？”盧循一臉驚齶，大惑不解。
“早在攻占廣州之時，我就派人在粵贛邊境梅嶺一帶砍伐了許多樹木，然後賤賣給當地的老百姓，儲藏在百姓家中。現在起兵急需戰船，隻需要再次憑著賣券把這些木材征集起來，當做造船的材料就是了。”徐道覆神秘地說道。
“兄長真是富有遠見哪！”盧循向徐道覆豎起了大拇指。
像孫恩、盧循一樣，中國古代的海盜集團的目標決不僅僅是為了劫掠幾艘沿海船隻，而是具有非常明顯的政治目的。他們盤踞海島，招募沿海受壓迫的民眾，積斂錢財，等待時機。一旦中原王朝出現了外敵入侵或內部紛爭，他們就會趁勢而起，帶領寄存富有戰鬥力的海上大軍，襲擊沿海諸省奪取陸上根據地，進而逐鹿中原。因此中國的海盜集團，往往戰船眾多，一支海軍動輒便是萬人，與西方那些以搶劫財物為目的的海盜團夥不可同日而語。
果然不出徐道覆所料，不到十天時間，義軍利用從百姓家中收集起來的木料就製成了許多艦船。
義熙六年(公元410年)二月，盧循、徐道覆召集各地民眾，共同率領起義軍10萬，趁劉裕興兵北伐南燕，東晉兵力空虛之時，分道出兵北伐。
盧循率領一支水軍從廣州經湘水進入長江。