“經過雷約茲司令的批準，我們每天都期望能夠在這裏集中二三十艘中國帆船。”荷蘭第二任台灣總督威特吩咐探測鄭芝龍說。原來，荷蘭人為了壟斷對中國、對日本的貿易，便想指使鄭芝龍代表的李旦艦隊領導一些中國海盜在台灣海峽上截擊來往馬尼拉的中國帆船。
鄭芝龍帶隊的李旦集團的海盜商船，並非完全依附於荷蘭人。他們有自己的獨立性，隻是想借口與荷蘭人合作，不遭遇荷蘭人的攔截。
然而，2月初的一天，鄭芝龍接到報告，懸有鄭芝龍令旗的二艘李旦船隊的商船遭到了荷蘭人的劫掠！
“荷蘭人真是太無恥了！他們隻是想把我們漢人當成隨意驅使的奴隸，麵他們自己卻毫無信用可言！他們既想利用我們，又要劫掠我們，真是可恨之極！眼下之計，我們難以獨立趕走荷蘭人，不如想辦法謀求朝廷的招安，然後利用朝廷的力量打敗荷蘭人，將他們趕出台灣！然後，再想辦法對付朝廷。”鄭芝龍勃然大怒，決定借刀殺人，借明軍報複荷蘭人。
想什麼有什麼，就在這時，機會來了。
“命令你們帶兵2000，從白沙島登陸，一舉殲滅紅毛夷！”1624年1月2日，福建巡撫南居益下令福建總兵俞谘皋、守備王夢熊，率領兵船到澎湖與荷軍展開激戰。
俞谘皋率領明軍想從白沙灣的東方鎮海港登岸，但船一接近白沙灣，荷蘭軍艦便用炮火猛轟一陣，嚇得他們連連後退。如果離開，荷艦卻不追擊。俞谘皋無法將兵士送上岸，陷入苦悶之中。
“如果另外派股軍隊從另一邊攻擊荷蘭人的艦隊，聲東擊西，就可以借機登陸澎湖。這樣，則驅逐澎湖紅毛夷的計劃指日可待！”福建總兵俞谘皋建議。
李旦集團早在福建官方安排下了內線，得知這個消息，鄭芝龍立即派人前去福建巡撫衙門主動請纓，尋求合作。
“我們可以合作，利用東擊西之計，打敗荷蘭人。我們先從另一邊攻擊荷蘭人，誘導所有荷艦集合追擊我們，然後，你們從白沙灣的東方鎮海港登岸。一舉擊敗荷蘭人，將荷蘭軍驅逐出澎湖。”鄭芝龍派人到福建方麵獻計。
“很好，願你們戴罪立功，洗心革麵，重新做人。”鄭芝龍的計劃很快得到了福建福建巡撫南居益、福建總兵俞谘皋的同意。
1624年2月8日，明朝政府決心與鄭芝龍領導的李旦海盜集團合作，把荷蘭殖民者從澎湖趕走，保衛台灣海峽的正常秩序。
鄭芝龍則帶領李旦的船隊采用東擊西之計有效地牽製了荷蘭人。
福建巡撫南居益趁機派遣守備王夢熊率領的水軍，在澎湖北部吉貝嶼、白沙島的東方鎮海港成功登陸，向荷蘭殖民者發動進攻。
這樣，鄭芝龍與明軍合作的聲東擊西之計奏效，明軍成功登陸。
在中國軍隊的攻擊下，荷軍約1000人大部龜縮於媽宮澳，一部分固守在鳳櫃尾城內，企圖頑抗。
“我們應該趁此機會立即返回日本平戶。如果我們落入朝廷手中，我們這些‘海寇’是不會有什麼好下場的。”探知明軍已經登陸，鄭芝龍立即帶領李旦的船隻回到了日本平戶。
此後，明軍與荷蘭人激戰了數次。荷蘭殖民者越發難以堅持了。
8月，為全殲敵軍，福建省巡撫南居益大量增兵，派出1萬明軍、200艘兵船從紅木埕、文澳、西衛向荷軍發起總攻。
這一次，俞谘皋提前準備好了專門對付堅固的荷蘭城堡的“籃堡進攻法”。他們用竹木製成約150公分立方的大籃，在裏麵裝上砂土、石子，製成籃堡，底部再放上圓棍以方便推動搬運，這是一種超級大盾牌，白天士兵在籃堡後方十分安全，也可隨時出擊，夜晚則推動籃堡緩緩前進，荷蘭人竟然無可奈何。
攻打紅木埕城要塞時，明軍用炸藥一舉將荷蘭人堅固的炮樓炸毀，轟然倒入大海之中。
最終，福建巡撫南宮益、總兵俞谘皂統率三軍，與荷軍苦戰了七個月，消耗軍費十七萬七千餘兩，才收複了澎湖。荷蘭侵略軍頭目高文律等12人被活捉，其餘的荷蘭殘兵敗將倉皇逃到海上。高文律最後被被送往北京斬首。
得知這些消息，李旦立親自趕到澎湖斡旋。因為他既需要荷蘭人牽製明軍，又需要明軍牽製荷蘭人，隻有這樣，他的船隊才能在台灣海峽立足發展。否則二者少了哪一方，他的船隊都會比以往更加麻煩。
1624年9月，荷蘭新任艦隊司令宋克（Martinus Sonck）看到雙方兵力懸殊很大，在明軍的壓力和李旦的斡旋下不得不求和，同意把設置於澎湖的要塞和炮台毀壞，撤出澎湖。