經過雙方談判，簽訂三項議和條約：一、荷蘭放棄澎湖島；二、中國允許與荷蘭通商；三、荷蘭人如果染指台灣，明朝政府可以不問。
明朝政府於收複澎湖後，為勝利所陶醉，沒有派兵追擊，福建當局又允許荷蘭人到台灣進行貿易活動。這為荷蘭侵占台灣提供了機會，結果使荷蘭侵略軍逐漸在台灣南部站穩了腳跟。
1624年9月初，荷蘭人開始遷往台灣。
1624年10月25日，荷蘭武裝船隊來到台灣大員港（今台南安平）。早在1622年7月荷蘭入侵占澎湖時，荷蘭艦隊司令雷約茲就奉命到台灣大員港的海域和陸地進行過偵察和測量，也進行過一些商業貿易活動，為這次的侵台行動作好了準備。當時的大員外海共有11個島嶼，寬約半華裏的台江口南航道以北，是北線尾、加老灣、隙仔港、海翁仙4個島嶼，台江口南航道以南是從一鯤鯓到七鯤鯓排列著7個島嶼，由北向南組成天然屏障，形成最闊處為6餘裏、長30餘裏、可以同時停泊千餘艘船隻的大型良港。此外，在北線尾北端的鹿耳嶼和加老灣之間則是寬約1華裏的鹿耳門水道，則是進入台江的主要航道。如果沒有大潮的話，鹿耳門航道太淺，難於通過吃水較深的戰船，因而易守難攻，具有較高的軍事價值。
剛到大員，荷蘭人裝出一付可憐樣，“我們隻要借用一張牛皮大的地方就行了”，善良的中國人當然信以為真，以為荷蘭人隻是為停船上岸，所需地方不大，也就同意了。殖民者的狡詐騙過了單純的中國人。殖民者眼中的一張牛皮大的地方有多大呢？荷蘭殖民者首先占領一鯤鯓，即今天的台南安平一帶，並且在大興土木，修建“奧倫治城”。當地的中國人要求荷蘭人承諾“一張牛皮大的地方”時，無恥的殖民者竟然把一張牛皮分割成很細的皮線，連接起來圈地，這就是“一張牛皮”。奧倫治城，後來改為荷蘭的一個“州”，定名為“熱蘭遮城”，成為荷蘭駐台灣的“總督府”。內城於1632年底完工，外城在2年後完工，它是建立在中國台灣的第一個外國侵略者的據點，這裏成為荷蘭人的行政中心，也是荷蘭在東亞海域上惟一控製的貿易港。從此，荷蘭人的勢力範圍開始從安平向外擴張開發掠奪台灣。
1624年，荷蘭、西班牙兩個殖民主義國家為了爭奪台灣的統治權，發生了戰爭，荷蘭人最終得勝，獨占了整個台灣。
荷蘭人遷到台灣安平後，開始考慮如何發展與中國的貿易，如何從澳門的葡萄牙人及馬尼拉的西班牙人手中完全奪取中國貿易，從而壟斷中國的海外貿易，掠奪台灣及至全中國的財富，是荷蘭人的最終目標。
當時，荷蘭人殖民者掠奪台灣的財富難以計算，他們瘋狂掠奪台灣特產鹿皮、樟腦、檳榔、米和砂糖等豐富的物產。1638年，荷蘭從中國台灣賣往日本的鹿皮就達15萬張！
在掠奪台灣特產的同時，荷蘭人還大搞轉口貿易。荷蘭殖民者派遣船隻出沒於中國沿海的浯嶼、白坑、東樅、莆頭、古雷、洪嶼、沙州和甲興之間，要求與明朝互市，又屢次侵犯廈門島。
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互市，中國曆史上中國王朝與外國或異族之間貿易的通稱。
這時，荷蘭人非常需要中國人作為翻譯、中介和幫手。於是，李旦領導的海盜集團夥同荷蘭商賈大肆開展海上走私活動，使東南沿海的明朝官員大傷腦筋。
在高峰年代，荷蘭人每年從中國大陸運到中國台灣的商船超過百艘，從台灣輸出的貨物價值幾百萬荷蘭盾。他們把台灣的米、砂糖、鹿皮和藤輸往日本，甚至波斯。把從荷蘭運來的金屬、藥材，從巴達維亞運來的香料、胡椒、琥珀、錫、鉛、棉布、鴉片等，經由中國台灣輸往中國大陸；再把中國大陸的生絲、瓷器、絲織品、黃金等貨物，經台灣轉口輸往巴達維亞或歐洲地區。在這類不平等貿易中，荷蘭從中國的大陸和台灣掠奪了巨額財富，同時通過對在中國台灣地區經商的中國、日本和南洋等地的商人，抽取高額稅收，獲取巨額利潤。荷蘭人從事的轉口貿易，有著濃厚的殖民性質。
在荷蘭殖民者統治的地區，種地要交租，狩獵、捕漁要辦理許可證，人口要交人頭稅，殖民者瘋狂掠奪當地的中國人。在今天的台南、嘉義等地，還有一些名為“王田”的村莊。“王田”是指荷蘭人從高山族搶到的土地，再交給當地商人和地主承租。
“台灣真是荷屬東印度公司的一頭好奶牛！”當時一位荷蘭總督稱。在東印度公司在亞洲的25個商館中，在中國台灣的荷蘭殖民者上交的利益位居第二，占總利潤的25.5%。 年均運回荷蘭的財富達40萬荷蘭盾，相當於4噸黃金。在當時的生產力狀況下，這無疑是天文數字！