“我聽說琉球（台灣舊稱）為海上荒島，勢控東南，地肥饒可成霸業，如果我們先占領這塊土地，然後侵略四方，則大業可成。”顏思齊、鄭芝龍等人逃亡的船隊行駛到九洲西海岸的外島洲仔尾時，陳衷紀建議說。
“正合我們的心意。”顏思齊、鄭芝龍等人眾人紛紛表示讚同。
1624年10月5日（農曆天啟四年八月二十三日），顏思齊、鄭芝龍等28人率船隊抵達台灣，在笨港（今台灣雲林縣北港鎮，位於台灣本島西中部，在北港溪下遊右岸，西距海岸、東距山麓地帶均約16公裏）靠岸。
上岸後，顏思齊帶領眾人以諸羅山為根據地，伐木墾荒，構築寮寨，各寨設寨主，建立寮寨管理製度。
為了對付明朝朝廷和荷蘭殖民主義者，顏思齊等人商議後派楊天生率船隊趕赴中國大陸的漳州、泉州故裏招募移民，擴大勢力。一時間，閩南的親戚故舊，為生活所迫，陸續前來投靠他們，前後共招來三千餘人。
顏思齊將前來墾荒的中國人分成十寨，發給他們銀兩和耕牛、農具等，開始了台灣最早的大規模拓墾活動。
同時，顏思齊還積極組織海上捕魚和島上捕獵，發展山海經濟，以解決移民生產和生活的物質需要。這些移民中不乏精熟航海技術、經商之道者和農業生產的能手。他們致力於開發山海，利用海上交通和海上資源，發展經濟，安排群眾生活。顏思齊挑選有航海經驗的船民、漁民，以原有13艘大船進行海上貿易，解決島上生產和生活必需的物資和資金。又在笨港東南的平野，搞市政建設，建設“井”字形的街道，分成九區，號稱“首都”。中區築大高台，為“開台王府”，東區設讀書樓，西區立天妃祠，南區、北區倉庫。
後來，顏思齊、鄭芝龍等人帶領大陸移民將墾荒地由諸羅山拓展到了今天的台灣嘉義市一帶。
先後繼承李旦、顏思齊在台事業 亦盜亦商
1625年4月底，鄭芝龍一邊支持著顏思齊在台灣的拓懇事業，一邊帶著李旦的海盜船開始活躍在台灣海峽東南沿海一帶，開始了亦商亦盜的海上生涯。他一邊經商，一邊擴充部眾，建造船隻，使自己的實力迅速擴大。
“（4月）27日，星期天……突然首領一官（即鄭芝龍），作為代表，後麵跟著手執刀劍的銃手七八名，向我們寒暄。”一名荷蘭船長在給荷蘭艦隊司令、第一任台灣長官宋克的信中報告說。
兩個月後，在台灣的李旦在完成斡旋明軍和荷軍任務後向荷蘭艦隊司令宋克請領了出航許可證，於7月3日從台南大員啟程返回到日本平戶。
一個多月後的1925年8月12日，李旦在日本平戶去世了。李旦死後，他的得力助手許心素便成為明朝官方和荷蘭人之間的傳話人。
李旦死後，他在台灣的產業和事業以此後逐漸被鄭芝龍掌握。鄭芝龍繼續從大陸招募新的漢人到台灣，以壯大自己，製衡荷蘭人。
1625年9月，荷蘭人的第一任台灣長官宋克在台灣一次沉船意外中不幸喪生。
1625年農曆九月，鄭芝龍的結拜兄長、開發台灣的華商領袖顏思齊也病死於台灣。當時，他和部眾到諸羅山捕獵，因豪飲暴食，不幸染上傷寒病。幾天後竟一病不起，英年早逝，年僅三十七歲。死後被葬於今台灣嘉義縣水上鄉與中埔鄉交界處的尖山山巔。
“我與你們共事二年，本本期望創建功業，揚中國聲名。現在壯誌未遂，中道夭折，你們要繼續努力。”顏思齊臨終，召見眾人囑咐說。
顏思齊死後被尊為“開台王”、“第一位開拓台灣的先鋒”。《台灣通史》為台灣曆史人物列傳時，把顏思齊排在了第一位。顏思齊短暫而傳奇的一生，在台灣發展史上寫下了璀璨而亮麗的史頁。他的開台業績，受到後人世代緬懷。為表達對這位開台英雄的敬仰之情，人們在雲林縣北港縝興建了“顏思齊先生開拓台灣登陸紀念碑”，在嘉義縣新港鄉媽祖宮前，興建了“思齊閣”和“懷笨樓”。高達五層的“思齊閣”，金碧輝煌，遊人不絕。媽祖宮內，當年顏思齊建築營寨的藍圖，依然珍存至今，供後人憑吊。
1625年（天啟五年）農曆十二月，眾人推舉鄭芝龍為盟主，繼統顏思齊在台灣開創的事業，不斷樹旗招兵，下設參謀、總監軍、督運監守、左右謀士等，統領各寨頭目，建立了初具規模的鄭氏地方統治政權。