“如今，鄭芝龍勢力越來越大，對東印度公司是一個巨大的威脅和競爭者。如果東印度公司想存在下去，想壟斷亞洲和日本的海上貿易，就必須除掉一官這個眼中刺，肉中釘！”東印度公司總督惡恨恨地發下誓言，他對鄭芝龍恨得牙根直癢癢。
“荷蘭人真不是東西！完全是在利用我！我今後與您修好！為您效勞！”被鄭芝龍打敗的劉香想與與鄭芝龍修好。
“好吧，你們正好可以利用和荷蘭人之間的合作關係，前去偷襲他們！”1634年4月9日清晨天亮前，劉香率領部眾六百多人襲擊大員（今台南安平）的荷蘭人城堡熱蘭遮城，並且已經用雲梯爬上了城牆。
荷蘭哨兵很快發現了這場偷襲行動，一時間，槍炮大作。
因不占地利，劉香急忙率部眾逃散而去。幾天後，劉香這支海盜集團從高雄離開了台灣。
5月20日，劉香一夥在金門外洋遭遇了鄭芝龍。
李旦的兒子李國助一直心向鄭芝龍，趁機倒戈投降了鄭芝龍代表的明軍。
1635年（崇禎八年）5月23日，鄭芝龍在廣東田尾洋擊潰了劉香海上武裝集團。在廣東海上的戰鬥中，劉香用漁網網住鄭芝虎，當著鄭芝龍的麵將鄭芝虎丟到了大海裏，片刻後劉香也舉槍自盡，成為最後一位被征服的海盜。
1625年，自己與劉香在台灣結義，這位“十八芝”兄弟、曾經叱吒海上的風雲人物就這樣死去了，鄭芝龍的心中不但有恨，也有些許的傷感。
劉香死後，台灣海峽恢複了安寧，原來害怕遭遇劉香海盜集團伏擊的中國商船開始源源不斷地駛向台灣。1636年11、12兩月，從大陸到台灣的船有33艘，1637年8月達到29艘，1638年6月有31艘。
截止到1639年，鄭芝龍已經消滅了海上巨盜劉香，剪除了海上群雄，東南海疆各股海上武裝集團李魁奇、楊六、楊七、鍾斌等均被鄭芝龍收編，納入到地方官府體製，鄭芝龍完全取得了製海權，借朝廷的名義合法掌控了中國的對外貿易。
1639年（崇禎十二年），日本退出了東亞海洋競爭。荷蘭殖民者不得已與鄭芝龍達成了海上航行與貿易協議，規定荷蘭的對日本貿易，都需要經過鄭芝龍的批準才能將中國特產運到台灣，由荷蘭轉手運往日本出售。鄭芝龍遂成為東方海洋世界的惟一強權。
福建巡撫路振飛表奏朝廷稱頌鄭芝龍說：“芝龍果建奇功，俘其醜類，為海上十數年所未有。”
1640年（崇禎十三年），明朝廷廷擢升鄭芝龍為福建總兵，署都督同知。
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總兵，明初，鎮守邊區的統兵官有總兵和副總兵，無定員，無品級，遇有戰事，總兵佩將印出戰，事畢繳還，後漸成常駐武官。
都督同知，洪武十三年(公元1380年)，為分散大將事權，便於皇帝集中控製兵權，改大都督府為五軍都督府，各都督府設置左、右都督，左、右都督之下設置都督同知，從一品，協助左右都督管理本府所轄都司、衛所。