“清朝不會講信用的，投降一定不會有好果子吃。”自幼接受正統儒家教育的鄭成功哭著力諫。
“你年紀輕輕，懂得什麼！”鄭芝龍非常生氣。
“如今，我們仍有很強的實力，有軍隊十餘萬人，精銳的海軍就有三萬多，戰船有一千餘艘，清軍在海上完全不是我們的對手，足可以以東南台灣為基地與清軍相抗衡。如今，我們的財富可供幾年的軍餉，如堅持抗清，可能會改天換地，恢複南明。而你卻想把這三萬海軍與千艘海船作為投降求榮的資本，換取閩粵總督的高官，繼續維持榮華富貴。您真是太糊塗了！”鄭成功急了，邊大哭邊勸說鄭芝龍改變主意。
“我意已決，爾等不必再講！”
“你如果降清，就是賣主求榮，助紂為虐，就會成為牽製與瓦解抗清力量的絆腳石！”鄭成功拋出了狠話。
“你這個逆子，從今以後，全當沒有你這個兒子！”鄭芝龍與兒子鄭成功公開絕交了。
除了遭到兒子鄭成功的反對，鄭芝龍降清還遭到弟弟鄭鴻逵、鄭芝豹、安南侯楊耿、來夷侯周崔芝、安洋將軍辛一根等人的極力反對。
其中鄭芝豹、鄭成功的反對最為激烈。
然而，鄭芝龍一意孤行，還是秘密地向清軍征南大將軍貝勒博洛遞上了降表。
“你如果下令手下大將放棄各個關口，給我清軍入閩讓開大路。特別要撤退仙霞嶺與分水關的守兵，我大清皇帝一定會封你為閩粵總督！”貝勒博洛投其所好，以閩粵總督為誘餌，精心設計了一個誘虎上套的陷阱。
鄭芝龍接到回信立即撤除了入閩關口仙霞嶺(今屬浙江) 與分水關的防守。
與此同時，他還派隆武朝的兵部尚書黃道周北上抗清，鄭芝龍隻派給黃道周了一千老弱病殘，三天的軍糧，實際上是送黃道周入虎口。鄭芝龍可謂煞費苦心。
鄭芝龍然後帶兵撤回到家鄉安平鎮。福建門戶因此敞開，清軍長驅直入，從仙霞嶺(今屬浙江) 與分水關入閩，一路暢通無阻。
得知消息，南明隆武帝朱聿鍵倉皇逃奔到汀州，八月二十八日被清軍追上擒殺，隆武政權從此滅亡，走完了它短短的一年生命。
“福京（福建長汀）的淪陷，都是因為鄭芝龍通敵撤防而致呀！”楊鳳苞當時痛心疾首。
鄭芝龍利欲薰心，不顧國仇家恨，他這個海上梟雄完全被榮華富貴蒙住了雙眼，智商也降到了零，隻帶了500衛兵就要前往福州的清兵大營，拜見博洛。
鄭成功跪地力勸，鄭芝龍不聽。
於是鄭成功到孔廟哭廟、焚燒了儒服，然後率領部隊出海，繼續反清。
鄭芝龍部將周崔芝等人還以自殺等手段反對鄭芝龍降清。曾櫻、張肯堂等明朝舊臣幹脆避居海島。
盡管遭到弟弟、兒子和部將們的極力反對，鄭芝龍還是決定降清。
不過，鄭芝龍利用軍隊中對隆武帝不滿的情緒，將他們引向降清的道路，他的降清主張最終得到了手下主要幹將施福、施琅的的擁護。
投降清廷的鄭芝龍到福州後，麵見清征南大將軍博洛貝勒，把酒言歡。
不料到了半夜，清軍忽然拔營，鄭芝龍也被挾持北上。
此後，鄭芝龍一直被看管於北京城內。到了北京後，鄭芝龍身邊再無一兵一卒，再也沒有人聽他發號施令，如虎落平陽，龍陷沙灘，變成了一個光杆司令，孤家寡人，一個任憑清廷擺布的囚犯。