“鄭芝龍被我朝豢養十年，越來越桀驁不訓，他的家仆往來海上，與兒子鄭成功互通信息；兒子鄭成功弄兵於海上，父親鄭芝龍在京都高枕無憂，這是釀禍之根，請早日除掉鄭芝龍。”順治十二年（1655年），滿清官員對鄭芝龍招撫鄭成功的進展深為不滿，紛紛上表彈劾，首先出麵彈劾鄭芝龍縱子叛國的，是三朝元老、左都禦史龔鼎孳。
這時的鄭芝龍裏外不是人，在清政府眼中是鄭成功海上作亂的禍根，在鄭成功眼中是清政府要挾海上抗清力量的人質。
於是，鄭芝龍被削爵下獄。
“不殺掉鄭芝龍，鄭成功就不會死心，追隨他的海上諸將就不會下定投誠的心意。”順治十四年（1657年），原明鄭將領，提督黃梧上疏。
“叛臣的家族應當逐出帝都！”於是鄭芝龍被命令充軍盛京寧古塔（今黑龍江省牡丹江市），隻是沒有成行。
順治十七年（1660年），福建巡撫佟國器截獲鄭芝龍與鄭成功私信，議政王大臣會議遂以“通海”罪名擬定將鄭氏斬監候，改為流徙寧古塔。
順治十八年（1661年）順治帝駕崩。鄭成功收複了台灣，清政府以鄭芝龍為人質、引誘鄭成功投降的計劃完全落空，再也沒有利用價值。
十月，輔政大臣蘇克薩哈矯詔以“通敵”之罪，將鄭芝龍連同他的兒子鄭世恩、鄭世蔭、鄭世襲等十餘人，斬首於北京柴市（今北京市府學胡同西口）。鄭芝龍在北京的全族老少無一遺留。
清政府說鄭芝龍通敵是個天大的冤枉，他給鄭成功的信都是招降信，是為清政府服務的外交信件，字字句句都體現出清政府的意誌。鄭芝龍為清政府貢獻了所有的力量，受盡了常人難以忍受的侮辱，最後落得滿門抄斬的下場。
鄭芝龍原本已經成為手握重權的閩粵與台灣地方實力派，為求得一個清朝“閩粵總督”的高官，實現他內心不現實的借清廷維持他海上帝國的美夢，他不顧民族大義，屈膝投降，賣國求榮，結果卻印證了他的兒子鄭成功反對他降清的遠見和冷靜。
不過，鄭芝龍的一生可以稱得上是傳奇生涯了。他白手起家，為開發台灣島立下大功，他建立了當時整個亞洲區域內實力最強大的海上王國，經濟、武裝、政治實力都穩居第一，明清兩朝官方政權都對他無可奈何而隻能小心招撫。
鄭芝龍時而是商人，時而是海盜，時而是軍人，裏而是高官，時而又變身為商人，時而又變身為政治家和軍事家。他在日本廣受稱頌，威震東南亞各國的殖民商人，在明、清兩個等級森嚴的封建王朝中封侯拜爵，煊赫一時。他先降明，繼後又降清，說明了他的商人逐利的本質，至於他建立海上武裝，成為海盜，完全是為生計和明朝的海禁政策情勢所逼。
青出於藍而勝於藍——“開辟荊榛逐荷夷，十年始克複先基”的民族英雄鄭成功
在南安人的心中，鄭成功與他父親鄭芝龍相比，如同天壤之別。鄭成功是中日混血兒，出生在日本的平戶市，受到日本人民的敬仰，日本友人認為鄭成功既是中國的民族大英雄，也是日本的民族大英雄。日本平戶市市長油屋亮太郎先生曾為鄭成功墓題字：“日中之英雄：國姓爺鄭成功”。鄭芝龍的兒子鄭成功與他的政見完全相反。鄭成功是一位抗清民族英雄。他堅持民族氣節，拒絕清政府的高官厚祿的誘惑，堅持艱苦卓絕的抗清鬥爭達17年之久。他統率的軍隊曾大舉北伐，攻入長江，克鎮江，圍南京，震驚全國，成為全國最重要的抗清力量與光複中原的希望。他還從荷蘭殖民者手中收複了祖國的寶島台灣，使之成為重要的抗清基地。他受到中華各族人民世世代代的敬仰，成為了彪炳史冊的民族英雄。為收複台灣，他毅然與荷蘭海盜開戰。鄭成功受封南明延平郡王，以金門、廈門及台灣為根據地謀明朝之複國，開創了台灣明鄭時期。
開辟荊榛逐荷夷，十年始克複先基。
田橫尚有三千士，茹苦間關不忍離。
這首名為《複台》的七言絕句，是著名的民族英雄鄭成功在收複台灣後寫的。它充分讚揚了將士們在收複台灣戰爭中茹苦含辛、披荊斬棘、排除萬難、爭取勝利的堅強意誌。“開辟荊榛逐荷夷，十年始克複先基”，鄭成功收複台灣，終成千古佳話。
鄭芝龍降清之後，鄭成功繼承了父親鄭芝龍的事業，東亞、南亞海洋之上仍是鄭氏家族的天下。
鄭芝龍降清之後，他留下的那支黑人雇傭軍便由兒子鄭成功掌管。其中，有一支由黑人雇傭兵組成的洋槍部隊，成為鄭成功的貼身衛隊。在鄭成功進攻南京的戰役中，黑人部隊在南京城牆下和長江邊與清軍浴血奮戰，立下過汗馬功勞。
赤嵌城大敗荷夷
為把荷蘭海盜驅逐出台灣，1661年鄭成功下令修建戰船，招募訓練水兵。僅兩個月時間就修造兵船300多艘，其中有大帥船、先鋒船、哨船等。船一般有二層甲板，主力戰船大青頭(因船體多飾以青色而得名)長約10丈，寬2丈1尺，高1丈5尺，吃水8尺，載重三四千擔，配備2門大炮，一前一後。