1947年，基辛格回國後，名牌大學中隻有哈佛大學還繼續吸收新生。24歲的基辛格決定從二年級讀起。
基辛格在選擇同屋時雖然仍要求是猶太人，但他從不跟同屋談猶太主義。他甚至強烈反對以色列的崛起，認為這會造成阿拉伯人的不友好，損害美國利益。“我有一個印象”，他的猶太同學說，“基辛格在童年時代遭受的反猶太主義的痛苦比我小時候在新澤西遭受的要輕得多。”
他給同屋的印象是特別用功、特別成熟。早上7點鍾起床後就去讀書，直到傍晚才回宿舍。他雖然對運動有職業興趣，但不曾參加任何一項，他從不追逐女人，似乎還是那麼靦腆而不善交際。
他在所有的功課上都是A等。
他曾想選化學專業，為此跟化學教授吉斯田爾科斯基探討過。教授建議他不要這樣做，這是他一生中的幸運時刻。“我跟吉斯田爾科斯基開玩笑說，如果他允許我當了一名平庸的化學家，可省去我多少年的麻煩。”
於是，基辛格懷著忐忑不安的心情去見政治係教授埃利奧特。當他到達教授的辦公室時，教授正在奮筆疾書。“倒黴，又是一個輔導生。”埃利奧特說著開了一張25本書的清單要基辛格閱讀，並寫出一篇論文。
別人都覺得埃利奧特這種傲慢的打發人的方式很可笑，可基辛格立刻去了圖書館，把書單上的書一一閱覽一遍，用3個月時間，以每天工作到深夜2點的勁頭完成了這篇論文。
一天早上，他把論文交給埃利奧特。
下午，電話鈴響了，是埃利奧特要召見他。因為從來沒有一個學生把所有這些書看完，並寫出如此連貫的論文。
埃利奧特是個體形、個性、自我都很龐大的人，他平生最大憾事就是沒有從政。從政對他來說既是個人野心的實現，也負有一種使命感。他把這一點傳染給了基辛格。
埃利奧特的指導對本科生基辛格到終生教授的基辛格起了巨大的推動作用。在他為基辛格寫的推薦信中這樣寫道：“我可以說在過去五年裏，從沒有一個學生具有基辛格先生的思想深度和哲學洞察力。另一方麵，他有一副條頓式、徹底係統化的、缺乏典雅的頭腦。他帶有某種感情用事的傾向，這可能跟他的難民出身有關，但總體上看，他的頭腦非常均衡而公正。”
在埃利奧特的指導下，基辛格創造了一個哈佛之最。他寫出了一篇383頁的論文，這在哈佛本科畢業生中從來沒有過。盡管哈佛人才濟濟、英傑輩出，大家仍對此不由得發出驚歎。這篇題名為《曆史的意義》的論文，其內涵之豐富，規模之巨大，真是前無古人，後無來者。他把曆史上發生的一切都彙入其中。
在這篇論文中，基辛格大唱悲觀主義論調：“生活就是痛苦，出生蘊含著死亡。”他還闡明了自己歐式保守主義的觀點，強調國家利益和勢力均衡的重要性。這些觀點在他後來的博士論文中得以充分發揮。基辛格在大學三年級時結婚了，對象是中學舞蹈課上的同學安妮·弗萊歇爾。基辛格在軍隊就早已放棄宗教崇拜，但為了父母，他和安妮仍在一座猶太教堂舉行了婚禮。那年他25歲，安妮23歲。
小倆口搬進了阿林頓高地的一個小套間。“安妮幫他一心一意地撲在研究上”，亨利的弟弟瓦爾特說“他受不了輕浮的學院生活。我倆都無法跟宿舍裏那些預備學校出身的家夥融洽相處。與安妮結婚使他更加嚴肅認真。”