在《西遊記》研究中，各種主題說——如宗教寓意說、遊戲說、矛盾說、轉化說、反動說、人民鬥爭說、歌頌市民說、安天醫國說、誅奸尚賢說等等，不一而足，各從不同的角度，提供了對文本的詮釋。
本文將用敘事學的方法來剖析一下《西遊記》的文本層次問題。《西遊記》實是一個多重意指的寓言架構。
第一，表層結構。所謂表層結構，是直接浮於故事表層的、一望即知的，是故事直接明示的部分，不需要闡釋者另作話語轉換和意義重構的部分。《西遊記》的表層結構就是這一取經過程、取經人的出身、經曆、遭遇、結果等事件序列所構成的意義。取經之於取經人是一個自我貶降——接受考驗——屢經磨難——達成正果——重返神界的曆程。
《西遊記》在成書的過程中受儒、釋、道“三教合一”的思想影響，講述一個從“放心”到“歸心”、從“有心”到“無心”、從“多心”到“一心”的煉魔過程。從惠能創造“新禪宗”之後，佛教便與新儒家思想相結合了，一方麵倡導“入世苦行”，另一方麵吸收新儒家“教忠教孝”。道家思想的無處不在，更使作家在創作時無可回避。所以，取經之於取經人，既是一個靈魂救贖的過程，又是一個人格修煉的過程。
取經隊伍一行四人及白龍馬，都是神佛界的人物，皆因誤犯禁令而被貶落人間，金禪子因無心聽佛講禪而被貶落凡塵成為玄奘，孫悟空則因大鬧天宮而被壓五行山下；豬八戒原為天蓬元帥，因酒後調戲嫦娥而遭貶，誤投豬胎而成為豬；沙僧原為卷簾大將，因失手打破玻璃盞被貶流沙河；白龍馬是西海龍王之子，因縱火燒了殿上明珠而觸天怒，被貶鷹愁澗。後都經受菩薩“勸化”“戒行”而踏上西行之路。取經對他們而言，是“將功折罪”，“改邪歸正”的靈魂救贖行為，“了悟真如”跳出“性海流沙”，達到“渾無掛礙”的超越之路。隻有曆經這樣的磨難與提升，方能修成“正果”。取經又是人格修煉的必經之途。在靈魂救贖的同時達到了人格的修煉。所以這一修煉主要表現為苦誌弘毅，去念正心，取經路上所遇九九八十一難就是苦行苦修以達“正果”所必然遭逢的磨難和痛苦。
西天取經在小說中被視為一項奉旨而行的神聖使命和普度眾生的崇高事業。它雖是以宗教的形式出場，內裏卻與儒家的實踐理性精神相通，演繹的是“士不可以不弘毅，任重而道遠”的事業心、責任心、使命感、意誌力。因此，西去途中八十一難的設置，使他們經受了性命攸關的生死考驗，亦讓他們經曆意誌磨煉的世俗考驗，磨煉成心誠誌堅、一心向佛之人。如第23回“三藏不忘本，四聖試禪心”，黎山老母與觀音、普賢、文殊菩薩一行四眾為考驗取經人的意誌力，變作母女四人，以金錢美色相誘。“三藏聞言，推聾裝啞，瞑目寧心，寂然不答”，“好便似雷驚的孩子，雨淋的蝦蟆”；孫悟空未進山莊就已見“半空祥雲籠罩，瑞靄遮盈。情知定是佛仙點化”；沙僧自從跟定唐僧，也是一心一意；隻有八戒“聞得這般富貴，這般美色，他卻心癢難撓，坐在那椅子上，一似針戳屁股，左扭右扭的，忍耐不住”，最終因“淫心齋亂”神魂顛倒而受到懲罰。眾菩薩以此告誡唐僧師徒“從此靜心須改過，若生怠慢路途難”。
小說還專為孫悟空設置了一回淨心除魔的內容，孫悟空一路雖有“緊箍”控製，但時有對如來的設難、唐僧的執拗、迂腐、好壞不辨的抱怨，在第62回“滌垢除心乃掃塔，縛魔歸主乃修身”中讓六耳獼猴與悟空難辨真假，打了師父，搶了文牒，變出師徒四人自去取經。說是妖魔，這又何嚐不是悟空的心生積怨而隱藏的念頭？最後，“九九數完魔來盡，三三行滿道歸根”（第98回），終於走完全程，乘“無底船”，跨淩雲渡，丟棄臭皮囊，脫胎換骨，修成正果。這一路是“修心”“養性”的過程，通過這一過程，培養了自律意識，苦行精神，理性信仰和人格自覺，既符合佛教“明心見性”之旨，又符合道教“修心煉性”和儒家“存心養性”之學，最後擺脫私欲的限製，把靈魂引向“淨土”。
第二，《西遊記》的內容結構或是思想指向性，大致可總結出是對現實世界的批判與對理想世界的追求。魯迅先生在《中國小說史略》中指出：《西遊記》“諷刺揶揄則取當時世態，加以鋪張描寫”，“雖述變幻恍惚之事，亦每雜解頤之言，使神魔皆有人情，精魅亦通世故，而玩世不恭之意寓焉。”《西遊記》的神魔世界是現實世界的反映，現實世界是基礎，現實世界以另一種方式存在於神魔世界中。作者以調諷的敘事格調，給人以“但覺好玩”的閱讀效果，神聖的取經大事也就被可能解讀出特別的內容來。這種筆調實是透出作者對社會人生及傳統觀念的一種價值消解，是對現世的拒絕和對自我的認同，傳遞出作者對現世的不滿和激憤的情緒。