到了元二十七年（1290年），安南王陳日炬死去，他的兒子陳日燇也沒有得到元朝的任免，因此並沒有即位，忽必烈在元三十年（1293年）的時候，下令劉國傑率領元朝水軍第三次出兵安南。戰爭剛剛開始，忽必烈就因病去世。元成宗鐵穆耳即位，他的治國方式不同於忽必烈，為了安定朝野上下的不滿情緒，他下旨召回出征安南的軍隊。這使得元朝和安南國恢複了和平交往的關係。
忽必烈發動對宋的戰爭，一直到了至元十六年（1279年），元軍才攻陷南宋的首都臨安，進軍閩廣地區，將宋朝的殘餘勢力全部清除，至此才宣告了宋朝的滅亡。
元朝的大將唆都在掃蕩宋朝殘餘勢力期間，在至元十五年（1278年）的時候就派遣了使者進入占城，進行當地的招撫工作。使者從占城回來以後，說占城的守將有歸附之意。於是，忽必烈下詔，將虎符頒布給占城國王並授以榮祿大夫的稱號，封其為占城郡王。一直到至元十七年（1289年），占城國王才遣使奉表到元朝覲見，從此正式歸順，向元朝稱臣。
占城臣服以後，為了加強對各國的統治，忽必烈頒布了行省製度，命唆都在占城設立行省機構，統一管理。當時，占城國王攝於元朝威力，甘願稱臣，可占城王子補的不服，不願意受治於元朝。就在占城國王正式向元朝稱臣的那一年，元朝派遣何子誌、皇甫傑出使暹國（泰國），派遣尤永賢、亞闌出使馬八兒國，進行招撫。當元朝使者之船經過占城時，均被占城王子補的所扣留。
忽必烈聽說自己派出的使者被扣，大怒，立即發江浙、福建、湖廣兵五千，海船百艘，戰船二千五百艘，由唆都率領，自廣州航海，大舉征伐占城。忽必烈聲稱“老王無罪，逆命者乃其子與一蠻人耳。苟獲此兩人，當依曹彬故事，百姓不戮一人”。占城聽說元朝大軍來攻，“兵治木城，四麵約二十餘裏，起樓棚，立回回三梢炮百餘座”，嚴陣以待。占城國王也親率大軍屯於木城之西，以為應援。
至元二十年（1283年）正月，唆都指揮元朝大軍三麵進攻木城，占城兵雖然奮力抵抗，仍然不是元軍對手，木城很快被攻破，占城國王退保大州西北的鴉候山，一麵集結兵力，一麵遣使詐降。前來詐降的寶脫禿花聲稱，“吾祖父、伯、叔，前皆為國王，至吾兄，今孛由補刺者吾（即占城國王）殺而奪其位。斬我左右二大指，我實怨之。願禽（擒）孛由補刺者吾、補的父子，及大拔撒機兒（占城大臣）以獻。請給大元服色”。元軍信以為真。後來，居於占城的唐人曾延前來元營說，占城國王逃於大州西北的鴉候山，聚兵三千餘，並招集他郡之兵，遣使安南、真臘、閣婆等國借兵，不日將與官軍交戰。害怕唐人泄漏其事，將盡殺之。因此，曾延等人才逃出來。元軍不相信曾延等人的話，將其交於寶脫禿花，寶脫禿花誣蔑曾延為占城奸細。元軍又相信不疑，並隨寶脫禿花進討占城國王，寶脫禿花並非真降元軍，而是占城的奸細，他誘使元軍深入大州城西林地，突然不見，元軍方知上當受騙。這時，占城軍兵蜂擁而出，截斷元軍歸路，元軍殊死戰鬥，方得突圍而出，駐守待援。忽必烈又令皇子脫歡與李恒等率兵增援，並領導征伐占城之役。脫歡等假道安南，安南不允，於是，脫歡等變征伐占城為征伐安南。征伐占城的唆都以接濟困難，領兵撤還，與脫歡會合共伐安南，結果為安南所敗。
唆都撤離占城以後，江淮行省派遣的援軍由忽都虎率領到達占城，忽都虎見營舍燒盡，才知唆都大軍已經撤回。至元二十一年（1284年）三月，忽都虎派遣百戶陳奎招撫占城國王來降。占城軍隊雖然一度打敗元軍，但損失慘重，自知難與元軍對抗，遂派遣王通事使元，表示願意納降。忽都虎見占城願降，很高興，但仍按忽必烈的旨意，令占城國王父子奉表進獻，占城國王表示來年派遣嫡子入朝。不久，占城國王令其孫奉表歸款。占城再次臣服於元朝。
後來，忽必烈曾想再次出兵征伐占城，但沒有施行，雙方一直保持和平相處的關係。
緬國，即今緬甸。在忽必烈即位前後，緬國勢力逐步強盛起來，緬王聯合建昌、金齒諸部，成為雄踞西南的一個比較強大的政權。
至元八年（1271年），忽必烈派遣使者出使緬國，詔諭蒲目王朝那羅梯訶波王歸附納貢，沒有結果。至元十四年（1277年），金齒千額總管阿禾歸附元朝，緬王十分不滿，遂提兵進攻，金齒千額阿禾見緬王派兵來攻，自知難敵，趕忙告急於元朝。
忽必烈得訊，即派遣大理路蒙古千戶忽都和大理路總管信苴日出兵增援。忽都與信苴日晝夜兼行，很快與緬軍相遇於一條河邊。當時，緬軍約有四五萬人，戰象八百，馬萬匹，而忽都和信苴日的軍隊則隻有七百人，力量十分懸殊。緬軍很快擺開陣勢，乘馬在前，接著是象隊，最後是步兵。大象皆披鎧甲，背負戰樓，兩旁夾大竹筒，竹筒內放置短槍數十，乘象者可以隨意取出擊刺。整個布陣嚴整雄偉，排列有序。元軍從來未見過這樣的象隊，有些害怕。忽都認真觀察緬軍象隊，下令說：“賊眾我寡，當首先衝擊大河北邊的軍隊，等到河北軍隊一亂，乘勢衝殺，可以敗敵。”於是，忽都將軍隊分成三隊，他親自率領281騎為一隊，信苴日率領233騎傍河而陣為一隊，脫羅脫孩率領187人依山進攻為一隊。當各隊進入有利地形之後，忽都一聲令下，與緬軍衝殺起來。元軍善射，一排排箭支有計劃地飛向象隊，象隊很快死傷過半，負傷者奔逃，散入林中，樓甲等一切戰具盡毀。緬軍狼狽敗退。信苴日率軍追擊三裏多路，到達一寨門前，突然從南麵湧出萬餘緬軍，繞到元軍背後，有形成前後夾擊之危險。信苴日打馬飛快返回忽都處，報告了這一消息，忽都認真分析了兩軍利弊，又把軍人列為三陣，進至河岸，以騎兵快速出擊，大敗緬軍，接著，乘勝追擊三十餘裏，連破十七寨。緬兵與象馬自相蹂踐，死者無數，裝滿三條大壕溝。元軍雖然受傷者較多，但死亡者極少，據《元史》記載，僅死一個蒙古人。
隨後，雲南行省又派遣納速刺丁率軍3840餘人征緬，兵至江頭城，招降磨欲等三百餘寨。
至元十七年（1280年），納速刺丁上奏說，“緬國輿地形勢都在我的眼中。原來奉旨，如果重慶諸郡平定，然後有事緬國。現在四川已經平定，請增加兵力征討緬國。”忽必烈征求大臣們意見，皆謂緬國可伐。於是，忽必烈開始積極進行大規模征伐緬國的準備。
至元二十年（1283年），忽必烈準備就緒，特命宗王相吾答兒、右丞太卜、參知政事也罕的斤等率領軍隊大舉進攻緬國，相吾答兒派遣一軍取道阿昔江，到達鎮西阿禾江，順流而下，主攻江頭城，以切斷緬軍水路。又遣一軍從驃甸直驅其國，與另一支由羅碧甸進軍的部隊相會合，攻破江頭城，接著又拔太公城。元軍進展順利，建都及金齒十二部望風而降。緬王一看形勢不好，遣使赴元營準備納款請和，孟乃甸白衣頭目禋塞則反對納款，阻其道路，不準通行。緬王納款請和的願望落了空。
至元二十四年（1287年），反對向元朝納款請和的緬王庶子不速速古裏囚係其父緬王，害死緬王嫡子三人，並殺死雲南王所命朝官阿難答等。忽必烈一聽大怒，又以禿滿帶為都元帥、張萬為副都元帥，輔助雲南王也先帖木兒，再次進軍緬國。雲南王也先帖木兒與諸將報仇心切，中了緬軍誘敵深入之計，進至蒲甘，為緬軍伏兵偷襲，死亡7000餘人。
緬軍雖然小獲勝利，但區區小國難以長期與元朝大國為敵，遂乘機遣使向元朝謝罪納款，表示願意三年一貢。從此，緬國與元朝建立了朝貢關係，開始走上和平交往的道路。
爪哇國，古稱闍婆或訶陵，元時改稱爪畦。
忽必烈即位以後，不斷派遣使者通好南海諸國，逐步與各國建立了友好往來關係。在通好南海諸國時，忽必烈曾經派遣孟琪出使爪哇，結果，爪哇不願意向元朝稱臣，將孟琪刺麵以後遣送歸朝。