周亮工尚未到達福建之前，福建按察使田起龍等“據證佐定讞，謂亮工得贓四萬餘兩，應擬斬籍沒”。周亮工到福建後，堅決否認。巡撫劉漢祚懷疑推官田緝馨等“受賄徇情”，將他們逮送刑部。
正當周亮工要遭殺身之禍時，使他免難的大好機會來臨，順治十三年八月，南明延平郡王鄭成功率軍數萬攻陷閩安鎮，焚掠南台，進圍福州，城中僅數十騎兵，勢甚危急。業已於閏五月以病奏準解任但尚未成行的福建巡撫宜永貴見勢不妙，知周亮工“長於殺賊”，遂從某些士民之請，將周從獄中放出，委以守衛西門之任。鄭軍“焚掠四郊，火光照耀城中且數日”，聚眾猛攻西南隅，鉦鼓聲驚天動地。周亮工親坐射鳥樓，指揮守禦，且“手發大炮，擊殲渠帥三人”，殺敵無算，鄭軍收兵，城得未失。巡撫奏述此事，兵部以周亮工係革職質訊之人，未準敘錄，但此事諒已為皇上所知。故順治十六年十一月初三，刑部就周亮工案奏稱“周亮工被參各款內，審實赦後贓銀一萬有奇，情罪重大，應立斬，家產籍沒入官”。承問官按察使程之、推官田緝馨以及有關審問官員盧國龍、王仕雲、吳琪滋、孫開先，“徇情將贓銀豁免”，除程已卒外，“田緝馨等俱應擬絞監候”，連程之一起，家產俱行籍沒入官。帝命三法司核議。《清世祖實錄》第130卷第2頁。
順治十七年二月二十九日，三法司議奏：“周亮工贓私逾萬，法不可赦，應如前擬立斬，籍沒。”承問官田緝馨等，一擬絞監候，一擬杖不準贖。其餘俱照前議。帝閱後降旨：“受賄徇情，皆法無可貸，此案前後口供，參差不一，且兩議輕重懸殊，何以懲戒貪私。事關重辟，著再嚴加詳審確議具奏。”《清世祖實錄》第132卷第20、21頁。盡管周亮工拒不承認，但四月三十日，三法司遵旨複審後仍然奏稱：周亮工一案，“仍照前擬立斬，籍沒”，承問官田緝馨等，“瞻徇情麵，應擬絞，家產一並籍沒”。帝降旨批示：“周亮工依擬應斬，著監候秋後處決，家產籍沒。”田緝馨、王仕雲、吳琪滋俱依擬應絞，著監候秋後處決，餘俱依議。《清世祖實錄》第134卷第22頁。
順治帝之批示雖雲“依擬”，即依從三法司所擬，但實際上並非“依擬”，因三法司所擬乃“立斬”周亮工，而帝旨卻說“應斬，著監候，秋後處決”，亦簡稱“斬監候”，兩者之間，差別甚大。“立斬”，是十分嚴厲的懲罪，且表明皇上對此事的看法是堅定不移的，沒有任何轉圜改變餘地，而“斬監候”，卻有很大的靈活性，往往是監而不斬，而且不少犯官從“斬監候”變為遇赦出獄，重新起用，甚至擢任更高貴更重要的官職。順治帝為什麼要如此手下留情，顯然與周亮工堅守福州保全危城有關。在當時能抵擋鄭成功軍隊之將領，實在太少，若鄭成功當時打下福州，將會嚴重威脅清廷在南方的統治。周亮工為朝廷立下這樣大的功勞，若因貪取萬餘銀兩而斬首，恐難收服降臣之心，降臣之中，有幾個不貪汙的？但若不處治，又有礙懲貪安民方針的執行，故順治帝作出了這樣可以兩全其美的決定，既懲貪安民，又法外留情，給周亮工留下東山再起免被斬首的機會。
果然，在順治十八年正月少年天子福臨病故以後，輔政大臣即傳諭吏部：“周亮工被劾原案，既多屬中虛，前宜永貴疏敘亮工在閩守城獨當射鳥樓一麵，擊死賊渠三人，應否量授職銜錄用，爾部會同刑部確議具奏。”康熙元年，部議恢複周亮工僉事道職，起補山東青州海防道，康熙五年調江南江安糧道。
以周亮工守城有功，予以恩赦和起用，未嚐不可，但若說其貪婪是冤案，是“多屬中虛”，則未免太為過分，照此說來，福建巡撫劉漢祚及三法司都是冤枉好人了，順治帝也就成為不明是非錯罪賢臣的昏君了。輔政大臣此諭，可以說是欺君蔑君。周亮工雖不承認，但貪婪之事並不能因此而消失，劉漢祚、田起龍等“據證佐定讞”，斷定犯有貪汙罪的結論，是符合實際的，就在周亮工複任道職之後，他仍然不改舊習，繼續貪汙，致於康熙八年被漕運總督帥顏保劾其“縱役侵扣”，被革職逮問論絞監候。《清史列傳》第79卷，《周亮工傳》。可見，順治帝之懲處周亮工，是完全正確的。
四、徇情庇貪四部堂官遭懲。
刑部、吏部、戶部、兵部、三法司在審理議處貪案時，大體上是貫徹執行了皇上懲貪安民的方針，但由於各種原因，有時也染上了徇情庇護甚至收納賄銀的舊習，一些案件審議不當，以致遭到少年天子懲罰，任珍、朱世德兩案，即係二例。
三等子任珍在興安總兵官任上，因妻妾與人通奸，十分憤怒，私行殺死多人，懼事發覺，遣家人到京行賄兵部刑部官員，從而引發了一場波及甚廣的大案。
這位任珍，並非等閑之輩，而係曾經威震陝西為清立有大功的一員戰將。任珍，河南宜陽人，明季任至副將，駐守河州。順治二年英親王阿濟格追擊大順軍李自成於陝西，任珍自河州殲滅大順軍士卒，收文武偽敕來降，以副將銜隸總督孟喬芳標下。順治三年賀珍等反清武裝進攻西安，孟喬芳命任珍守城西門，“鏖戰八晝夜”，敵兵乃敗退。不久，任珍又偕他將攻剿蒲城、興安，皆勝，敘功，賜冠服、鞍馬、金幣，令赴部擢用，總督請留任珍署固原總兵，第二年授興安總兵。任珍竭力效勞，順治四至七年的四年中，大小數十戰，擊敗和擒斬敵將胡受宸等多員，為安定陝西立下大功，被晉左都督，加太子太保，封三等子。順治九年，任珍以疾奏準解任還京，並疏請入旗，朝廷允準其請，編隸正黃旗漢軍。
順治十年二月，原先任珍向兵刑二部行賄之事被發覺，下法司勘問。刑部擬議：兵部侍郎李元鼎應絞，金繼城應革世職，籍沒一半家產；兵部尚書明安達禮，侍郎覺羅阿克善，啟心郎科爾可代、祝萬年、高登第，理事官薩賽、卜兆鱗，應革世職、革任、贖身；刑部尚書劉餘應杖一百，徙五年，革職，永不敘用。任珍應革世職，贖身。順治帝降旨批示：李元鼎免死，徙五年，杖一百，折贖。金繼城革世職一半，解梅勒章京任，解兵部侍郎任贖身。明安達禮、阿克善、科爾可代、祝萬年、高登第、薩賽等，俱革一半世職，解部任。卜兆麟降三級，調外用。劉餘革職，杖一百，折贖。任珍革一半世職，降為一等輕車都尉世職。《清世祖實錄》第72卷第13頁。
不久，刑部又審理任珍的家婢訐告主子案件。任珍家婢首告主人犯罪受罰後，“家居怨望，出言不軌，並指奸謀陷諸醜行”。刑部審訊，任珍雖對重大情節俱不承認，但刑部最後仍然奏稱：“任珍應論死。”帝降旨批示：任珍曾立大功，所犯情罪亦重大可恥。著刑部將此本兼寫滿漢文，會集九卿、科道並新入旗之阿達哈哈番以上官員，再行定擬具奏。會議之後，刑部滿漢官及九卿、科道等衙門的滿洲官員，俱讚同原擬，任珍應論死，而漢官大學士署吏部尚書事陳名夏、戶部尚書陳之遴、左都禦史金之俊等二十七人，卻以任珍不承認，不能“止據告詞定罪”為理由，不同意刑部原擬。順治帝大怒，斥責陳名夏等漢官“溺黨類而踵敝習”，分別予以罰俸、降級處分。最後，帝以“任珍曾立軍功”，免其死，徙置遼陽，仍令其子任弘祖襲一等輕車都尉世職。《清世祖實錄》第74卷第6―9、13頁；《清史列傳》第79卷，《任珍傳》。
順治十三年二月又發生了朱世德案件。河西務分司員外郎朱世德虧空額稅一萬三千餘兩，有人又訐告朱“多征侵盜”，事未審理結案，戶部便將缺額銀兩援赦議免，吏部亦照此議複，朱世德眼看著就要逍遙法外萬事大吉了。不料，少年天子閱過吏部、戶部奏疏後，發現了問題，缺額如此之多，可能有弊，遂命都察院察議。十三年二月二十二日，都察院議奏：“朱世德應革職，交刑部審擬。”帝因此嚴厲斥責刑部官員，如此大弊，不行查核，令刑部回奏。吏部戶部以人犯未提到為理由辯解。順治帝再次對其嚴厲斥責說：爾部考核司官，務宜秉公詳察。朱世德缺額既多，又經告發，爾等不嚴行確察，乃以人犯到日另結為辭，“含糊引赦，代為出脫，情弊顯然”，此回奏殊屬支飾，著議政王、貝勒、大臣、九卿、詹事、科道會同從重議處具奏。過了幾天，帝又召吏部尚書王永吉、戶部尚書戴明說等，“責其輕出朱世德之罪”。《清世祖實錄》第98卷第13、14頁。