當然，順治帝之破格嘉獎黃梧，更重要的目的是著眼於現在和未來，希望他為清效勞，為滅鄭建立更大的功勳，即封公敕書中所說“爾其益奮忠勤，滅賊固圉，式建膚功，用膺懋賞”。這一目的，他達到了。
黃梧以一戰敗之將和將遭鄭成功懲治的罪臣，一躍而為蒙受清帝特恩的公爵提督大人，前程遠大，他對帝真是感恩戴德，決心效盡犬馬之勞。他對清朝之剿鄭，在三個方麵起了很大作用。一是率部拚死廝殺，克城破敵。順治十四年八月浙閩總督李率泰奏準，增加黃梧之標兵，合原額共增足為四千名(增加了將近兩倍)，駐紮漳州，彈壓閩南。九月，黃梧同李率泰與提督馬得功、都統郎賽水陸並進晝夜攻擊，連破七城，攻克閩安鎮，立下軍功。尋又捐造戰艦一百艘，朝廷加其以太子太保榮銜。後來他又屢剿鄭軍，軍功累累，廣招敵軍將士，十二年裏，“共招撫過偽官二百餘員，兵數萬餘名”。《清史列傳》第9卷，《黃梧傳》。
二是獻計獻策。清廷原對鄭軍內情知之甚少，故無良策對付，黃梧降清後，詳奏鄭軍情形，提出剿滅之法。他奏上了“剿滅鄭逆五策”，要點如下：
“一曰駐海濱以堵登岸。成功乘春收之時，散遣偽將四出派餉，深入內地，官軍駐紮城內，尾後相追，賊已飽。應分駐重兵於福、興、泉、漳濱海要地，往來馳剿，則賊不敢登岸矣。二曰造小船以圖中左。成功恃中左為三窟，盈盈隔水，一葦可航，而陸地將弁殊無問津之意，故負固至今。請於漳州港口多造八槳小船，伺潮渡海，成功恐懼，必盡撤各偽鎮，護其巢穴，身不敢離中左半步。我師壓水而陣，廣布招撫，兼用間諜，不出兩月，內變必作，成功可坐擒也。三曰清叛產以裕招徠。鄭逆及各偽鎮產業，多詭托他姓掌管，梧頗知其詳。應請敕下督撫，會同梧遍行查出，所收租稅，永充兵餉。今海上諸偽鎮願附者多，當事蒿目乏餉而不敢收。此項既清，即以叛產招叛兵，於以解散成功黨與易易矣。四曰鋤五商以絕接濟。成功於山海兩路各設五大商，為之行財射利，梧在海上，素所熟識，近且潛住郡城，為其子弟營謀鄉舉邑庠為護身之符，其實陰通禁貨，漏泄虛實，貽害莫大，應請敕下督撫嚴提正罪，庶內宄清而接濟之根可拔矣。五曰賊墳以快眾憤。成功父子殘害生靈，實戾氣所鍾。聞其石井祖墓，風水最險，言論鹹謂宜掘，以破賊旺氣，且快人心，亦懲惡之一端也。”《清史列傳》第9卷，《黃梧傳》；劉獻廷：《廣陽雜記》第3卷。
黃梧又奏請嚴海禁說：“鄭逆猖獗，全借內地接濟。福寧、沙埕為木植、絲綿所出；晉江之福前所，同江之鼎美、高浦為油麻、釘鐵所出；海澄縣之南溪、漳州之佛潭橋為柴米之藪。至閩粵錯壤，則饒平縣之黃岡，澄海之南洋，米栗山積，土宄陰為轉輸。齎粵糧，養閩寇，最為大患。宜先就接濟之地，設法嚴禁。”《清史列傳》第9卷，《黃梧傳》。
他又奏請誅殺鄭芝龍說：“海賊俱屬漳、泉、潮、惠之人，梧今大張布告，必漸次歸附。但鄭成功恃其父芝龍在京，欺誑招撫，借以登岸派餉，故首惡在芝龍，必先斷絕芝龍，使之音問不通，則成功隻海上匹夫爾。又成功之敢於猖獗，由其父芝龍誑謀罔上，齎書下海，揚言招撫，沿海人心搖惑，凡欲投誠者，鹹以欲撫之故，仍堅其怙惡之心，請密奏剪除芝龍，以絕盜根。”《清史列傳》第108卷第19、20頁。
黃梧對清廷的第三項貢獻是力舉施琅。施琅是鄭芝龍舊將，任左衝鋒，足智多謀，驍勇善戰，順治三年隨芝龍降從征廣東，戡定順德、東莞、三水、新寧諸縣，後鄭成功起兵，琅又隸其麾下，任左先鋒，其弟施顯任左先鋒副將，管援剿左鎮，“兄弟俱握兵權，每有跋扈之狀，動多倚兵淩人，各鎮俱受下風”。順治八年正月鄭成功率師南下，欲支援南明廣州守將，抵抗清軍，施琅不願，成功遂令施琅將左先鋒印及兵將交與副將蘇茂管轄，又將其副將調入戎旗親隨協將，施琅心懷不滿，竟自削發為僧，不朝見鄭成功。接著又出了一些事，鄭成功惱怒，將施琅及其父大宣與一些子侄捕捉監禁，施琅被人救走後降清，其父及弟施顯和子侄被成功斬殺。
可能是因為施琅係隻身歸順，所帶將弁不多，清廷未予重視，僅授其為委署都督，一閑就是幾年。現在黃梧便對朝廷竭力保舉施琅，讚其有才，應予重用說：鄭成功漂泊海岸，往來靡定，欲撲滅之，非熟悉情形者不能。“敬舉所知，有委署都督施琅者，仇賊甚深，知彼知己，胸有成算，其輸款本朝已久，一出受事，即著微勞，且智勇兼優，忠誠素矢，宜假以事權，俾盡展所長，與梧戮力馳驅，必能剪除海孽”。楊英：《先王實錄》，第32、33頁；《清史列傳》第9卷，《黃梧傳》。
黃梧的以上建議，受到清廷十分重視，大都采納，申嚴海禁，移兵駐防，增造戰艦，擢用施琅，初授琅同安福將，尋遷總兵官。黃梧偕施琅會同提督馬得功、總兵蘇明，赴晉江縣之大覺山，南安縣之覆船山、橄欖山、金坑山，剜毀芝龍父祖及先世墳五座。黃梧又斬鄭成功所置五商。清廷將鄭芝龍及弟芝豹，子世忠、世恩、世蔭、世默俱流徙寧古塔，家產籍沒，又對芝龍加以鐵鏈三條，手足扭鐐，後鄭芝龍等皆被斬殺。《清世祖實錄》第109卷第3頁、第111卷第3頁。
黃梧的降清及其剿鄭獻計，舉薦施琅，對扭轉清廷的劣勢，削弱鄭軍的威力，起了很大的作用，尤其是薦舉施琅，為清軍後來統一台灣降服鄭氏權利，找到了一個最佳統帥。
二、猛克鎮江鄭軍包圍南都。
順治十六年(1659)六月底，正當皇上王公大臣還在為年初三路征滇大軍會師昆明，大獲全勝，特頒平定滇黔川桂湖五省恩詔，而喜慶未已之時，突然收到了鎮江、瓜州失陷，鄭軍百萬圍江寧，“東南大震”的急報，頓時朝野震驚，人心惶惶。