順治帝福臨諒必會為此而迷惑不解？四年以前他授世子濟度為定遠大將軍，統率八旗軍綠營兵征剿鄭成功，曾收複潭州等地，寧海大將軍伊爾德亦收複舟山，皆於順治十四年班師，為何此時鄭成功能突興大軍，圍攻江寧？原因固然很多，但其中最重要的一條可能是，順治帝及議政王大臣們對鄭成功之為人，認識不夠深刻，不了解其畢生奮鬥的根本目標是恢複大明王朝萬裏江山，逐清複明，因而未予以足夠的重視和防禦。
黃梧降清後，雖提供了大量鄭軍的情報，獻計獻策，但對鄭成功之決心南征北伐，奪占江南，進圖燕京的宏偉願望，卻未予強調。原因可能有二，一是黃梧本人並不相信鄭成功真有此雄心壯誌，真有實現這一願望的足夠的軍事、政治、經濟實力，隻不過是欲圖奪據一些沿海州縣苟延殘喘而已。二是黃梧擔心過分宣傳鄭之雄心和力量，會被人看作是長敵人之威風，滅自己之誌氣，而招致皇上王爺不滿，帶來無窮禍患。因此，他的介紹敵情和奏陳對付之策，都按照消滅地狹民寡軍弱多變亡期不遠的敵人來描述和獻策的。這也影響到朝廷對鄭軍的正確認識。
就在清廷宣布定遠大將軍世子濟度和寧海大將軍伊爾德獲勝凱旋之際，南明延平郡王、招討大將軍鄭成功卻在抓緊擴兵訓練，準備北伐。他分所部為七十二鎮，設六官理事，“假明永曆號便宜封拜”。他募集士卒十七萬，以五萬習水戰，以五萬習騎射，五萬習步擊，萬人往來策應。他還專門訓練了一支萬人鐵軍。
順治十五年二月，他調各提督、統鎮回思明(即廈門)選練征剿時，對諸將說：“先年(順治十三年十二月)護國嶺殺敗阿格商(清之驍將)，所拾衣甲，全身披掛是鐵，所以敢下馬打死仗者，恃有此耳”。“今我亦欲用此披掛，剿殺醜虜，諸將以為何如？”戎政王秀奇說：“披掛全身穿戴不下三十斤，虜有馬駝載，穿戴猶易”，“今我兵欲以一人穿戴三十斤步行，雄壯者不難，矮小者未見其便。”鄭成功說：“須揀選雄壯強健者當之。”甘輝說：“嶽家軍多自負戴，我朝戚南塘令兵卒兩腳股負沙操練，豈畏重耶？要在操練得法耳。”時有勇士王大雄在，遂令其披掛。王大雄“手執戰具，步伐整齊，如赴敵狀，動履如飛”。成功大喜說：“似此可縱橫天下矣。”遂傳令連夜趕製披掛鐵麵，選精兵萬人，“繪朱碧彪文，峙陣前，專斫馬足，矢銃不能入”。楊英：《先王實錄》，第165頁；《聖武記》第8卷。鄭成功親自挑選，凡能舉大石五百斤(一曰三百斤)者，方能選為親兵，“配以雲南斬馬刀、弓箭，戴鐵盔，穿鐵臂、鐵裾，用鎖鎖定，使不得脫，時謂之鐵人”。阮？錫：《海上見聞錄》。
順治十五年五月十三日，鄭成功統領大軍，駕舟北征，六月十一日、十三日連降平陽、瑞安二縣，圍攻溫州，未下，轉乘船北上，八月初九大軍至羊山，次日驟遇颶風，辟巨艦數十艘，士卒淹沒數千，成功之次子、三子、五子淹死，乃督師回舟山，隨後駐紮溫州、台州一帶。
順治十六年四月，鄭成功再次統率大軍北征。五月初四他對全軍官兵重申禁止擾民之諭，強調說：“本藩親統大師，不憚數千裏長驅遠涉，進入長江，刻期恢複，上報國恩，下□(救)蒼生。此行我師一舉一動，四方瞻仰，天下見聞，關係匪細。各提督統鎮十餘年櫛沐辛勤，功名事業，亦在此一舉，當從恢複起見，同心一德，共襄大事。……其岸上地方百姓，嚴令秋毫無犯。已有頒刻禁條，炳若日心，總以收拾民心，上為國家大計。須體此意，諄諄嚴飭所轄：登岸之時，不準動人一草一木，有犯連罪。”楊英：《先王實錄》，第195、196、197頁。
六月十四日，舟至焦山(山在鎮江東九裏大江中)，集諸將議進攻之事。鄭成功諭諸將說：“瓜鎮，京都之門戶，峙立兩岸，必有重兵鎮守，又有譚家洲炮台與瓜州梆堤炮台對擊，又有滾江龍把截，未宜輕敵。須分一支由水攻取譚家洲，奪其大炮，另撥陳大勝善沒水者，斬斷滾江龍，又以大師搗其瓜州，使虜左右支吾，聞風破膽，瓜鎮不日克下矣。爾等各依行令機宜而行。”隨即具體分撥各將進攻地點。十五日，進紮瓜州北岸，傳令進師，命右提督、前鋒鎮等各水師營進取譚家洲大炮，令材官張亮督泅水蕩船，刻限斬斷滾江龍。滾江龍乃係清軍在金山、焦山之間鋪設的大鐵索，橫江中，阻止鄭軍船隻通過。成功又令兵部侍郎張煌言督兵，待鐵索斬斷，即進據瓜州上遊，焚奪滿洲木浮營。此浮營用大杉木板釘圍，內容兵五百名，大炮四十門，火藥火罐不計其數，上流來船，遇之立碎，十分厲害。
出發之前，成功又與諸將誓師說：“此番孤軍侵入重地，當於死中求生。勝此一陣，直克其城，則破竹之勢成，功名富貴近之矣。進生退死，本藩當身先陷陣，以為爾率，爾等其勉之。”
十六日，鄭軍猛攻，克瓜州，擒獲清操江巡撫朱衣助，奪取了譚家洲大炮和潰洲木城三座。二十三日與清軍大戰於銀山，清軍兵分五路，奮勇來攻，鄭成功親督親軍右武衛、左武衛還戰，雙方鳥銃、行營炮、弓箭齊放，“聲震天地”。鄭軍“奮勇死戰，無不以一當百”，大敗清軍，追殺十餘裏。鎮江副將高謙、知府戴可進等見勢不支，赴銀山軍前獻城投降。鄭成功隨遣張煌言安撫浦口，袁兵部起震安撫滁州、六合等處，都督李必安撫儀真縣。七月初七，大軍抵達南京城下，開始了圍攻南京之戰。
三、驚擾交織帝欲統軍親征。
南明延平郡王鄭成功大軍圍攻江寧(即南京)之情，緊急呈報朝廷後，清廷大震。順治帝福臨對此突來之特壞急訊，萬分震驚，據說他竟往見母後，要丟棄北京，返回盛京，遷移都城，遭到孝莊太後的拒絕和訓斥。此說雖係傳聞，但下述一事卻是千真萬確，即福臨驚怒交加，於南苑召集王公大臣議事，宣布要禦駕親征。