他不該委任前鋒鎮餘新肩負進攻及堵禦儀鳳門的重任，十二日布防時，曾令前鋒鎮、中衝鎮紮獅子山，堵禦儀鳳門，以左提督為應援，他恐兵力不足，於十八日令左提督翁天將其部士卒於當天晚上移駐前鋒鎮營地，幫前鋒鎮防守，並令餘新協助。餘新輕敵貪功，“欲建全功”，堅決不讓他將幫守，定要獨攻，立下軍令狀說：“儀鳳門隻有一大街路，左邊城下係大河深溝，無地可容兵馬來侵，右邊是長流大江，上流則有左衝水師截守，惟兩旁街厝已拆玲瓏，可伏兵馬，其路頭塞斷，設三重大炮，堵住營內，嚴密如鐵桶，雖飛鳥難過，狡虜何能，敢來侵犯。況前日已被殺敗，略知手段，必不敢再來。”“如有疏虞，願依軍令”。成功竟信其言，撤回左提督之兵，致為清軍所乘。
鄭成功的另一錯誤是沒有規定好聯絡信號。他在儀鳳門外，依山為營，連亙數裏，江上又分布水兵船隻，各命候令而行，“無令不許輕戰”，這本無錯，但他卻忽視了號令傳送準確的保證條件，沒有製定出迅速、及時、準確傳送號令的章程，致一遇突然事變，主帥與各營聯絡中斷，分別陷入孤立作戰困境，致被敵軍各個擊破。
鄭軍失敗的客觀原因是，清軍拚死廝殺，勇猛過人。盡管趕來了近萬援兵，但江寧守軍仍然少於鄭軍，且多係綠旗兵，八旗軍僅占全軍總數十之一二。鄭成功及多數將領都因瓜鎮大勝而輕視敵軍，認為清軍不堪一擊，不料這次清軍主帥及大將郎廷佐、梁化鳳、喀喀木、噶褚哈、馬爾賽等，卻禦敵有方，指揮得當，決心死戰，三軍士卒亦轉怯為勇，拚死進攻，火器也超過鄭軍，為保衛大清王朝立下了功勳。
主客觀兩方麵的因素，導致了鄭軍的慘敗，大將甘輝、萬禮、林勝、陳魁、餘新、張英、藍衍等陣亡，將士死傷不計其數，鄭成功隻好自責己過說：“是我欺敵之過，輕信餘新所致也。”忍痛率部撤退，棄瓜州、鎮江出海，九月初回到廈門，太平、寧國等府州縣又全部歸屬清朝管轄。楊英：《先王實錄》，第216頁。
順治帝福臨於十六年八月初一獲悉江寧大勝，萬分高興，降旨批示說：“據奏滿漢官兵奮勇，水陸並進，擒剿逆寇甚多，克奏大捷，深可嘉悅，著該部從優議敘具奏。”③《清世祖實錄》第127卷第13頁；第10、17頁。
過了四天，八月初五，他命固山額真劉之源為鎮海大將軍，同梅勒章京張元勳、周繼新領協領、參領各八員，防禦八十員，佐領、驍騎校各四十員及八旗漢軍驍騎四千名、炮驍騎四十名，前往京口鎮江駐防，賜予敕書說：
“茲以京口重地，特命爾劉之源掛鎮海大將軍印，同梅勒章京張元勳、周繼新等鎮守駐防鎮江京口，務在整飭兵馬，申嚴紀律，如遇海寇侵犯，即督率兵將力剿嚴防，毋容片帆入江，一賊登陸。江寧蘇鬆常鎮等處沿海沿江地方有警，該督撫請兵，爾等酌量援剿，凡事會同該督撫及江寧滿漢提督商酌計議而行，不得輕躁疏虞。所用糧草，該督撫布政司按期支給，仍嚴束兵將，不許橫行搶掠民物，及借打草放馬為兵，擾害農業，務令兵民相安，不為地方所苦。凡民間一應事情，係有司職掌，及江上往來官民船艘，聽江防等官盤詰放行，俱不許幹預，務體朕靖寇安民之意。……”③。
接著申嚴軍紀，議處瓜州、鎮江失守官將，江寧巡撫蔣國柱革職，發與本王下為奴，提督管效忠革提督職及世職，鞭一百，發包衣下辛者庫為奴，二人俱籍沒家產。操江巡撫朱衣助革職，交與該王為奴，其家屬聽該都統、副都統發落。蘇鬆提督馬逢知處死。協領費雅住巴圖魯、紮爾布巴圖魯俱革世職，立絞，籍沒。牛錄章京當都、巴龍、布達什俱革職，立絞，籍沒。牛錄章京喀福納、查都、拖輝、布顏、希佛訥俱革職，鞭一百，籍沒為奴。《清世祖實錄》第133卷第17頁，第137卷第16頁，第139卷第6頁。
以蘇鬆總兵梁化鳳立下大功，擢蘇鬆提督，加太子太保、左都督，初授輕車都尉世職，後晉三等男，賜金甲、貂裘。《清史列傳》第5卷，《梁化鳳傳》。
順治十七年五月，帝詔安南將軍達素、福建總督李率泰率軍分出漳州、同安，合攻廈門，雙方鏖戰多時，鄭軍之將領閩安侯周瑞、陳堯策等陣亡，鄭成功見勢不妙，“手自搴旗督陣”，率領將士拚死廝殺，時“風驅濤湧”，清軍“不習海戰，暈眩不能軍”，遂大敗，達素、李率泰乃匆匆撤退。魏源：《聖武記》第8卷；阮？錫：《海上見聞錄》。
鄭成功雖然得勝，但亦知清兵勢強，防禦嚴密，不易進取，乃謀規取台灣，於順治十八年四月統軍渡海猛攻台灣，大敗荷蘭兵，奪據台灣島大部分地區，至十二月，荷蘭守軍投降後返回其國，全島悉為鄭有。鄭成功積極經營台灣，以為後計，大陸隻保留廈門、金門。張煌言部亦成孤軍，勢日促。清廷則命靖南王耿繼茂移鎮福建，行堅壁清野之策，下令遷沿海三十裏內之居民入內地，嚴格海禁，“不許商舟漁舟一船下海”。康熙元年(1662)，鄭成功卒，不久，張煌言亦為清軍擒獲。“海警”自是大減了。
順治帝福臨對鄭成功之由剿改撫繼而又轉為征剿，前後曆時十年，終於達到了鞏固閩粵兩浙海防的目的，到順治十七年底，大陸的絕大部分州縣皆隸於清帝轄束之下，全國統一，為不久的“康乾盛世”奠定了堅實的基礎。