十五年二月十三日，帝諭禮部：前因丁酉科順天中式舉人，多有賄買情弊，是以朕親加複試，今取得米漢雯等一百八十二名，仍準會試。蘇洪、張元生、時汝身、霍於京、尤可嘉、陳守文、張國器、周根等八人，文理不通，俱著革去舉人。《清世祖實錄》第115卷第5頁。
四月二十六日，順治帝對丁酉順天科場案作了最後的處理。他諭刑部等衙門：“開科取士，原為遴選真才，以備任使，關係最重，豈容作弊壞法。王樹德等交通李振鄴等，賄買關節，紊亂科場，大幹法紀，命法司詳加審擬。據奏王樹德、陸慶曾、潘隱如、唐彥曦、沈始然、孫？、張天植、張恂，俱應立斬，家產籍沒，妻子父母兄弟流徙尚陽堡。孫珀齡、鬱之章、李倩、陳經在、邱衡、趙瑞南、唐元迪、潘時升、盛樹鴻、徐文龍、查學詩，俱應立斬，家產籍沒。張？、孫蘭茁、鬱喬、李樹霖、張秀虎，俱應立絞。佘讚周應絞，監候秋後處決，等語。朕因人命至重，恐其中或有冤枉，特命提來親行麵訊，王樹德等俱供作弊情實，本當依擬正法，但多犯一時處死，於心不忍，俱從寬免死，各責四十板，流徙尚陽堡。餘依議”。董篤行等(同考官)，本當重處，朕麵訊時，皆自認委係溺職，姑著免罪，仍複原官。曹本榮等，亦著免議。“自今以後，考官士子俱當恪遵功令，痛改積習，持廉秉公，不得以此案偶蒙寬典，遂視為常例，妄存幸免之心。如再有犯此等情罪者，必不姑宥。爾等衙門即行傳諭”。②《清世祖實錄》第116卷第13、14頁；第14頁。同日，大學士管吏部尚書事王永吉因其侄王樹德私通科場關節，自請處分，帝降旨批示說：“王永吉乃朕破格擢用，受恩深厚，未見克盡職業，實心為國，負朕簡任之恩。王樹德係其親侄，豈不知情，著降五級調用。”②。
在審處順天科場案的同時，順治帝又對主持江南省鄉試的主考官、同考官的索銀舞弊，施予了更為嚴厲的處罰。順治十四年十一月二十五日，工科給事中陰應節上疏揭發江南科場舞弊之情說：“江南主考方猶等，弊竇多端，榜發後，士子忿其不公，哭文廟，毆廉官，物議沸騰。其彰著者，如取中之方章鉞，係少詹事方拱乾第五子，懸成、享成、膏茂之弟，與猶聯宗有素，乃乘機滋弊，冒濫賢書，請皇上立賜提究嚴訊，以正國憲，重大典。”帝閱後甚怒，降旨批示說：“據奏南闈情弊多端，物議沸騰。方猶等經朕麵諭，尚敢如此，殊屬可惡。方猶、錢開宗並同考試官，俱著革職，並中式舉人方章鉞，刑部差員役速拿來京，嚴行詳審”。本內所參事情，及闈中一切弊竇，著郎廷佐(西江總督)速行嚴察明白，將人犯拿解刑部。方拱乾著明白回奏。《清世祖實錄》第113卷第8、9頁。
順治十五年二月初三，掌河南道禦史上官又劾江南科場弊說：江南省同考官舒城縣知縣龔勳，出闈後被諸生所辱，事涉可疑。“又有中式舉人程度淵者，嘖有煩言，情弊昭著”，應詳細勘察，以厘夙奸。帝閱後降旨：著嚴察逮訊②④《清世祖實錄》第115卷第2頁；第12、13頁；第17、18、19頁。。二月二十九日，禮部議複前疏時奏稱：應照京闈事例，請皇上欽定試期，親加複試，以核真偽。另外，直省士子雲集，闈務不便久稽，其江南新科舉人，應停止會試。帝允其議。②。
三月十二日，順治帝親自複試丁酉科江南舉人。二十日諭禮部：前因丁酉科江南中式舉人情弊多端，物議沸騰，屢見參奏，朕是以親加複試。今取得吳珂鳴三次試卷，文理獨優，特準同今科會試中式舉人一體殿試。王士：《池北偶談》第1卷，《特賜進士及第》。其汪溥勳等七十四名，仍準作舉人。史繼佚、詹有望、潘之彪、洪濟等二十四名，亦準作舉人，罰停會試二科。方域、顧元齡、劉師漢、夏允光、程牧、孫弓安、葉甲、林大節、楊廷章、張文運、汪度、陳珍、華廷樾、孫長發等十四名，文理不通，俱著革去舉人。④。
順治十五年十一月十八日，刑部審理核實江南科場舞弊案後奏稱：正主考方猶擬斬，副主考錢開宗擬絞。同考官葉楚槐等擬責遣尚陽堡。舉人方章鉞等俱革去舉人。順治帝閱後降旨加重懲治說：“方猶、錢開宗，差出典試，經朕麵諭，務令簡拔真才，嚴絕弊竇，輒敢違朕麵諭，納賄作弊，大為可惡。如此背旨之人，若不重加懲治，何以儆戒將來，方猶、錢開宗，俱著即正法，妻子家產籍沒入官。葉楚槐、周霖、張晉、劉廷桂、田俊民、郝惟訓、商顯仁、李祥光、錢文、雷震聲、李上林、朱建寅、王熙如、李大升、朱、王國禎、龔勳，俱著即處絞，妻子家產籍沒入官。已死盧鑄鼎妻子家產，亦著籍沒入官。方章鉞、張明薦、伍成禮、姚其章、吳蘭友、莊允堡、吳兆騫、錢成，俱著責四十板，家產籍沒入官，父母、兄弟、妻子並流徙寧古塔。程度淵在逃，責令總督郎廷佐、亢得時等速行嚴緝獲解，如不緝獲，即伊等受賄作實是實。爾部承問此案，徇庇遲至經年，且將此重情，問擬甚輕，是何意見，著作速回奏。餘如議。”《清世祖實錄》第121卷第24、25頁。
將此案與順天案相比較，顯然可以看出順治帝對江南案之處理，遠重於順天案。其一，京闈案僅斬兩位同考官，兩位主考官和其他同考官俱蒙恩免議，而南闈(江南)則主考方猶、錢開宗立斬，同考官葉楚槐等十七位同考官立絞，妻子家產籍沒入官，另一同考官盧鑄鼎雖已死，亦難逃其罪，妻子家產同樣籍沒入官。其二，京闈複試，僅革去張元生等八名舉人，其他米漢雯等一百八十二名舉人俱準參加會試，而南闈卻革去十四名舉人，其餘舉人中，隻吳珂鳴一人準參加當年會試，汪溥勳等七十四名舉人不得參加此次會試，史繼佚等舉人還罰停會試二科。其三，京闈舞弊受罰之舉人王樹德等係流徙尚陽堡，而南闈舉人方章鉞等則流徙寧古塔，道路更遠，地更荒涼，戍人更悲慘。其四，京闈案，刑部擬議重，王樹德等十九人擬立斬，李蘇霖等六人中五人立絞一人絞監候，而帝加恩從寬，皆予免死而流徙，南闈則刑部擬議較輕，僅擬斬、絞兩位主考，同考官皆責遣尚陽堡，而帝卻擯斥其擬，改將主考、同考官一律處死。其五，京闈之擬議衙門刑部，雖擬議甚重，由帝改定，但沒有受到訓誡，而南闈之議，刑部卻遭皇上嚴斥，並責令刑部回奏為何“問擬甚輕”？為何遲遲不報？刑部諸臣遵旨回奏後，吏部循諭，議擬懲治意見：刑部尚書圖海、白允謙，侍郎吳喇禪、杜立德，郎中安球護、胡悉寧，員外郎馬海，主事周新民等，“讞獄疏忽”，分別革職、革前程並所加之級。帝降旨批示：“圖海等本當依議，姑從寬免革職，著革去少保、太子太保並所加之級，其無加級者，著降一級留任。”《清世祖實錄》第122卷第13頁。