為什麼順治帝對南闈舞弊案要如此從重懲處？雖無明文述帝之內心想法，但若聯係時局，分析清人對此案的一些評述，也許能有所了解。帝之此舉，首先是因為南闈考官是違諭壞法。其他各省鄉試考官，皆係按製前往，未經皇上召見麵諭，而江南主考官方猶、錢開宗，則專門被帝召見“麵諭”，令其“敬慎秉公”，否則，一旦違法，將按處決巡按顧仁之例懲辦，“決不輕恕”，可是，方猶、錢開宗卻聽而不聞，視而不見，貪婪納賄，敗壞國法，帝若不從嚴處治，豈不是言而無信，令出不行，今後臣人誰會遵旨？故予嚴辦。
其次，南闈之案，流傳甚廣，物議沸騰。清人評述此獄之起因說：“南場發榜後，眾大嘩，好事者為詩為文，為傳奇雜劇，極其醜詆。兩座師撤棘歸裏，道過毗陵、金閶，士子隨舟唾罵，至欲投磚擲甓。”此獄，“相傳因尤侗著《鈞天樂》而起。時尤侗、湯傳楹高才不第，隱姓名為沈白、楊雪，描寫主考何圖，盡態極妍，三鼎甲賈斯文、程不識、魏無知，亦窮形盡相”。“前此江陵（寧）書肆刻傳奇名《萬金記》，不知何人所作，以方字去一點為萬，錢字去邊旁為金，指二主考姓，備極行賄通賄狀，流布禁中，上震怒，遂有是獄。”《研堂見聞雜記》，戴璐：《石鼓齋雜錄》，轉引自孟森之《明清史論著集刊？科場案》。尤侗，乃著名才子，清人讚其“所作駢儷各種，膾炙人口。嚐以西廂詞句題作文，流聞禁衛”，世祖觀其所著，“歎曰真才子”。康熙時尤侗官翰林，“偕諸儒進平蜀詩文，上見其名曰：此老名士。西堂(尤侗之字)以此六字刻堂柱，左曰章皇天語，右日今上玉音。極文人之榮”。餘金：《熙朝新語》第3卷，第10、11頁。南闈之弊，影響太壞，流傳太廣，不予嚴懲，難平民憤和士心。
再次，江南人才輩出，人文茂盛，狀元、榜眼、探花，多為江浙才子所得。包括順治十八年在內，順治朝共舉行了八次會試殿試，其中，呂宮、鄒忠倚、孫承恩、徐元文、馬世俊五名狀元是江蘇人，史大成是浙江人，隻有傅以漸、劉子壯兩名狀元是山東、湖北人。八名榜眼中，江蘇有兩名。八名探花裏，江蘇有蔣超、沈苓、秦鉞、葉方靄四名，浙江有張天植、吳光兩名。若將時間放長一些，則到乾隆六十年止，清朝共舉行了六十六科殿試，選中狀元、榜眼、探花各六十六名，其中江浙出了狀元五十一名、榜眼三十八名、探花四十七名。總的是江蘇、浙江名士才子奪走了百分之七八十的狀元、榜眼、探花桂冠，大學士、九卿總督、巡撫亦多係江浙之人。因此，如果科場弊端太甚，真才不得選拔，那麼，一則清帝難覓賢才，佐政乏人，再則有才之士埋沒山林，懷才不遇，難免滋生不滿情緒，詆毀朝政，動搖民心，尤其是在清初局麵尚未完全穩定的形勢下，爭取士子，特別是爭取江南士子，乃係朝廷當務之急，更需要糾正科場舞弊積習，更應嚴懲貪婪考官。
也許這些情況，以及順治皇帝福臨之愛才求賢，才使他加重懲罰南闈納賄違法的考官和私通關節的舉人。他在十五年四月初七禦乾清門考選庶吉士後，諭告諸進士，言及處治考官之事說：“朕屢重試典，嚴除弊竇者，實欲得真才而用之耳！”《清世祖實錄》第116卷第3頁。
其實，南闈處理固然很重，北闈的懲辦，也很嚴厲，尤其是對違法之舉人，南闈、北闈案的處治是大同小異，即都是連妻子父母兄弟一並流徙，隻不過是京闈案流徙的地點是尚陽堡，比南闈案之寧古塔，要近一些而已。
僅僅是因為一人中舉有舞弊之事，就連父母妻子兄弟都要連坐，都要充軍數千裏外，而且是荒涼邊外。特別是寧古塔，清人稱“其地重冰積雪，非複世界，中國人亦無至其地者。諸流人雖各擬遣，而說者謂至半道，為虎狼所食，猿所攫，或饑人所啖，無得生也”。《研堂見聞雜記》。被懲之舉人，連同父、母、妻、子、兄、弟，當有四五家至七家數十人，就這樣流徙邊外，屍橫異鄉，慘不忍言。懲罰確是太重了。
清人對“丁酉之獄”，雖不敢直言皇上苛暴，也講點個別考官舞弊及明末清初弊習，但大體上皆認為此獄過嚴，非仁君之政，且為被懲之舉人鳴冤叫屈，認為他們本係才子名士，並非腹內空空行賄得中，實即對“丁酉之獄”持否定態度。
以北闈為例，被罰流徙尚陽堡的舉人中，有被清初大文豪吳偉業讚頌的孫、陸慶曾，孫？係狀元孫承恩之弟。吳偉業為孫氏兄弟專作《吾穀行》一詩。《吳詩集覽》引《蘇州府誌》：“孫承恩，……弟？，字赤崖，少遊文社，名與兄埒。順治丁酉，舉順天鄉試，科場事發，為人牽連，謫戍尚陽堡。聖祖東巡，獻頌萬餘言，召至幄前，賦東巡詩，試以書法，上歎惜其才。”吳偉業又寫詩贈陸慶曾，題為《贈陸生詩》：“陵生得名三十年，布衣好客囊王錢。尚書墓道千章樹，處士彙二頃田。”董含在《三岡識略》中亦讚陸慶曾“素負才名”。