南闈之方章鉞、吳兆騫二案，更為時人歎息。給事中陰應節參劾南闈有弊時所舉之唯一例子，是江南主考方猶取中了少詹事方拱乾之子方章鉞，因二方是“聯宗有素”。盡管方拱乾在奉旨回奏時辯稱：“臣籍江南，與主考方猶從未同宗，故臣子章鉞不在回避之例，有丁亥、己醜、甲午三科齒錄可據。”《清世祖實錄》第113卷第12頁。但方章鉞仍被罰徙，其父方拱乾、兄懸成、享成、膏茂，以及妻子和兄長之妻、子，俱同徙寧古塔。方家父子皆係有才之士，名聲遠揚。方享成“工詩文，善書，精小楷，兼長山水，與程青溪、顧見山稱鼎足”。方懸成就是有名的方孝標，官至學士，著述甚豐。方家父子兄弟皆因一人之案而全部流徙，著實令人悲痛感慨。
更為冤屈的是眾所周知的吳兆騫。吳兆騫，字漢槎，乃江南名士，“善屬文”，考試之事，本係易如反掌，不料，州縣押解，千裏迢迢，道途艱辛，身心交瘁。皇上親自複試之日，“堂上命二書一賦一詩，試官羅列偵視，堂下列武士，鋃鐺而外，黃銅之夾棍，腰市之刀，悉森布焉”。“每舉人一名，命護軍二員持刀夾兩旁，與試者悉惴惴其，幾不能下筆”。而且，“不完卷者，鋃鐺下獄”。在此惡劣形勢威逼之下，下筆千言的才子吳兆騫竟“戰栗不能握筆”，“不能終卷”，從而險遭斬殺，最後連妻、子、父、母、兄、弟一起流徙寧古塔。王應奎：《柳南隨筆》第11卷，第4頁，《諸南筆談》，戴璐《石鼓齋雜錄》，轉引自孟森：《科場案》。
順康時期，許多名人學士為吳之冤屈鳴不平，做詩填詞相贈，最著名的是吳偉業(吳梅村)之一詩和顧貞觀的兩首詞。人文學家吳梅村以詩《悲歌贈吳季子》，贈與吳兆騫。其詩為：
“人生千裏與萬裏，黯然銷魂別而已。君獨何為至於此，山非山兮水非水，生非生兮死非死。十三學經並學史，生在江南長紈綺。詞賦翩翩眾莫比，白壁青蠅見排詆。一朝束縛去，上書難自理。絕塞千山斷行李，送吏淚不止，流人複何倚？彼尚愁不歸，我行定已矣。七月龍沙雪花起，橐駝腰垂馬沒耳。白骨皚皚經戰壘，黑河無船渡者幾？前憂猛虎後蒼兕，土穴偷生若螻蟻。大魚如山不見尾，張為風沫為雨。日月倒行入海底，白晝相逢半人鬼。噫嘻乎，悲哉！生男聰明慎勿喜，倉頡夜哭良有以。受患隻從讀書始，君不見吳季子。”
梅村此詩，描景抒情議事皆佳，實為絕唱之作，其最末兩句“受患隻從讀書始，君不見吳季子”，更點明了此詩吳兆騫係含冤流徙的主題。
被譽為“詞家三絕”之一的大詞家顧貞觀，與吳兆騫係好友，當吳遠流之後，為此冤案特寫《賀新郎》（亦名《金縷曲》）二首相寄，題為《寄吳漢槎寧古塔，以詞代書》。第一首：
“季子平安否？便歸來生平萬事，那堪回首！行路悠悠誰慰藉？母老家貧子幼，記不起從前杯酒。魑魅擇人應見慣，料輸他覆雨翻雲手。冰與雪，因旋久。淚痕莫滴牛衣透。數天涯依然骨肉，幾家能勾？此似紅顏多薄命，更不如今還有。隻絕塞苦寒難受。廿載包胥承一諾，盼烏頭馬角終相救。置此劄，君懷袖。”
第二首為：
“我亦飄零久！十年來深恩負盡，死生師友。宿昔齊名非忝竊，試看杜陵消叟，曾不減夜郎愁。薄命長辭知己別，問人生到此淒涼否？千萬恨，為兄剖。兄生辛未我丁醜。共些時冰霜摧折，早衰蒲柳。詞賦從今須少作，留取心魂相守。但願得河清人壽。歸日急翻行戍稿，把空名料理傳身後。言不盡，觀頓首。”吳梅村之詩和顧貞觀之詞，皆轉引自孟森：《明清史論著集刊？科場案》。
這兩首詞，情深意濃，念友心切，悲慘淒然，字字是血，聲聲是淚，讀後令人無不悲從中來，淒然淚下。據說大詞家納蘭性德見此詞後，“泣曰：山陽思舊之作，都尉河梁之什，並此而三矣”。遂竭力奔走求情，籌措贖金，名人學士達官，爭相捐助，吳兆騫得以離戍返歸。
吳兆騫之革舉遠戍，實為冤屈，被罰之舉人連同父母妻子兄弟流放邊遠荒涼之地，亦係太重，這是事實，但並不能因此而否定順治皇帝福臨對科場舞弊的懲處。士子獻金求中，考官納銀受賄，本來就犯了貪婪之罪，國法不容，行賄者與受賄者皆應懲治。何況，其他貪汙案件之後果，大都不如科場舞弊危害之嚴重。有清一代，科舉為做官之正途，尤其是知縣以上內外文武官員，大都由此而出，設若科場賄賂盛行，有銀即可入學中舉名登進士金榜，榮為狀元、榜眼、探花，他日為官，必然貪婪虐民，那時內而大學士、九卿、司官，外而總督、巡撫、司道、州縣官員，豈不皆成為貪官贓官，形成“政以賄成”的混濁局麵，於國於民，害莫大焉。因此，順治帝嚴革科場舞弊，是完全正確的，也起到了革明季頹風樹清初新習的作用。《清史稿》讚其嚴懲順天、江南納賄壞法之考官及行賄中式之舉人說：“一時人心大震，科場弊端為之廓清者數十年”。《清史稿》第108卷，《選舉三》。此見還是比較符合曆史實際的。
四、參與機要重用飽學名士。