順治帝也知道衙門一設，太監之中，必有仗勢橫行，交結外官，擾亂國政之人，故於順治十二年六月二十八日諭命工部立內十三衙門鐵牌說：中官之設，雖自古不廢，然任使失宜，遂貽禍亂。近如明朝王振、汪直、曹吉祥、劉謹、魏忠賢等，專擅威權，幹預朝政，開廠緝事，枉殺無辜，出鎮典兵，流毒邊境，甚至謀為不軌，陷害忠良，煽引黨類，稱功頌德，以致國事日非，覆敗相尋，足為鑒戒。朕今裁定內官衙門及員數職掌，法製甚明，以後但有犯法幹政，竊權納賄，囑托內外衙門，交結滿漢官員，越分擅奏外事，上言官吏賢否者，即行淩遲處死，定不姑貸。特立鐵牌，世世遵守。《清世祖實錄》第92卷第12頁。
順治帝在立十三衙門的上諭中，對秦漢以後曆朝太監能夠專權的原因，及其擾亂國政的禍害，講得非常清楚，所列防弊之法，亦限詳細具體，切實可行，不久又特立鐵牌，違法者，立即淩遲處死，應當說是防患於未然，是相當完備了，不應再出現前朝之禍。但是，順治帝忘記了致禍的根本原因，在於帝君自己，哪怕是頗為英明之主，有時也難逃過陰險太監之包圍和影響，往往是法由己定，亦由己壞，終於生亂。他立十三衙門，規定太監官階不得超過四品，詳講奸狡太監之為害，等等，基本上都是從他所推崇的明太祖朱元璋那裏學來的。朱元璋設立的十二監、四司、八局，各監之首，為太監，官階正四品，左、右少監為從四品，各司、局的主事者是司正、大使，官階才正五品。
明太祖曾對侍臣說：“朕觀周禮，奄寺不及百人，後世至逾數千，因用階亂。此曹止可供灑掃，給使令，非別有委任，毋令過多。”他又說：“此曹善者千百中不一二，惡者常千百。若用為耳目，即耳目蔽，用為心腹，即心腹病。馭之之道，在使之畏法，不可使有功。畏法則檢束，有功則驕恣。”他又諭鑄鐵牌，置於宮門中，其文是：“內臣不得幹預政事，犯者斬。”他還規定，宮官不許識字，又敕諭諸司毋得與內官監文移往來。有一侍帝最久的宮官，“微言及政事”，太祖立斥其非，終其身不召見。然而，他自己便違己之法，於洪武二十五年命聶慶童往河州敕諭恭馬，開了中官奉使行事之例《明史》第74卷，《職官三》。。其後諸帝盡忘祖訓，以致太監為禍之烈，前所罕有。
順治帝仿照明太祖這一套，也避免不了太監的作亂。順治十五年二月二十六日，他就外官與內監賄賂交結之事，降諭吏部，斥責言官不予糾參說：設立內監衙門官員，原止令供辦宮闈事務，不許幹預朝政，交通外廷，是以朕於新舊內監各員特立鐵牌，屢行禁飭甚嚴，不意乃有行私納賄之徒，朕密行采訪，得其奸弊，已命內大臣嚴行審擬。事內有現任官私相饋遺者，亦有罷任官通同賄賂者，深可痛恨。此輩壞法通賄，科道各官為朕耳目，豈無見聞，乃竟不行指參，殊負朝廷設立言官，發奸弊至意，爾部即行傳知。③《清世祖實錄》第115卷第10、11頁；第13、14頁。
過了幾天，三月初七，他又諭吏部：內監吳良輔等，交通內外官員人等，作弊納賄，罪狀顯著，研審情真。有王之綱、王秉乾結交通賄，請托營私，吳良輔等已經供出，即行提拿。其餘行賄鑽營，有見獲名帖書柬者，有饋送金銀幣帛等物者，若俱按跡窮究，犯罪株連者甚多，姑從寬一概免究。官員人等如此情弊，朕已洞悉，勿自謂奸弊隱秘，竊幸朕不及知，自今以後，務須痛改前非，各供厥職，凡交通請托行賄營求等弊，盡皆斷絕，如仍蹈前轍，作奸犯法者，必從重治罪，決不寬貸。爾部速刻告示，內外通行嚴飭。③。
四月二十六日，吏部等衙門會議：陳之遴(休致大學士)、陳維新、吳惟華(恭順侯、前漕運總督)、胡名遠、王回子等，賄官犯監吳良輔，鞫訊得實，各擬立決。帝降旨批示：陳之遴受朕擢用深恩，屢有罪愆，疊經貸宥，前犯罪應置重典，特從寬以原官徙住盛京，後不忍終棄，召還旗下，乃不思痛改前過，以圖報效，又行賄賂，交結犯罪，大幹法紀，深負朕恩，本當依擬正法，姑免死，著革職，並父母兄弟妻子流徙盛京，家產籍沒。陳維新姑免死，並父母兄弟妻子流徙盛京，家產籍沒。吳惟華、胡名遠、王回子等，俱姑免死，各責四十板，並父母兄弟妻子流徙寧古塔，家產籍沒。《清世祖實錄》第116卷第14、15頁。
順治帝雖對陳之遴等人予以較重懲罰，但其處理犯罪內監和防範未來之法，卻相當欠妥。他沒有想想，曾任多年尚書和大學士為他所賞識的陳之遴，以及曾任漕運總督的恭順侯吳惟華，為什麼要重金行賄，巴結年紀輕輕的太監吳良輔？這不正說明吳良輔權勢很大嗎？吳良輔不過區區一名閹人，官階最高不超過四品，憑什麼擁有權勢，還不是因為他乃帝之心腹受帝寵信。難道說此事還不應該使帝警覺、反省和仔細盤查內監，徹底查出類似的有權有勢之太監，予以處理，並製定防範之法！他沒有這樣做，已經是姑息養奸，自欺欺人了，而更加謬誤的是，他竟沒有處罰吳良輔，仍待吳如初，寵吳如舊。直到順治十八年正月初二，世祖福臨已患天花，勢將不起，還親至憫忠寺，“觀內？吳良輔祝發”。張宸：《青調集》，轉引自孟森：《世祖出家事考實》。可見其對吳仍是何等的寵愛！如若世祖不是英年早逝，再執政十年二十年，太監之禍想必也不會小