湯若望一開始“努力奮勉的”，就是改正皇上道德方麵的毛病。少君在“他結婚之前，曾做了一件無道的事情”，湯若望呈遞一封諫書，“並且又在四隻眼睛之下，向他親口說了些規正的言詞，可是皇帝在敬聆他讀諫書時，竟羞怒了起來”。因此，湯若望就走開了，可是又立即被召喚回去，“皇帝向他說，願改過自新，並且將來仍願聆聽受勸”。皇帝結婚後，“人們仍聽得到他的在道德方麵的過失。因此瑪法又親自向皇帝讀他所上的諫書。皇帝一開始頗強言護短，然後皇帝麵色慚赤，退入於內室中去。繼而他又走了出來，以平靜的聲音，向湯若望問說：瑪法，哪一種罪過是較大的，是吝嗇或是淫樂呢？若望回答說：是淫樂，尤其在地位高的人們，因為這是一種惡劣的榜樣，所引起的禍害，更要多，更要大的。況且這兩種罪惡中，淫樂也是更危險的。但是這兩種的罪惡都是一樣堪當永久的天殃的。皇帝略一思量之後，就點頭默認，並且請求瑪法常來向他進諫”。②。
湯若望對“皇帝學子”另一方麵的勸諫，是皇上的一些習性和不恰當的愛好。“譬如說：皇上對於臣屬，應持慎重緘默態度，不應當把時間消磨於嬉戲俳優的身上。又譬如說：皇上應當節製凶猛的騎馳，對於火器應當慎重小心，尤其是對於歐洲的槍炮，因為皇上對於這種兵器夙無訓練，所以就極易發生意外，致受誤傷，況且在這些事情上，更能給朝中那些奸惡人物造機會，借此加害於皇帝了”。有一天，福臨問湯若望：“為什麼大多數的官吏都這麼苟且怠忽他們的職守？”湯若望直言說：“他們都是以陛下的行動為榜樣的。”福臨一聽，“麵孔上登時發起紅來了，然而卻深深地領受了他的警策的諫正”。②③魏特：《湯若望傳》，第282頁；第284頁；第288頁。
湯若望除了多次與皇上單獨相見即“在四隻眼睛之下”時，直言諫勸外，還在幾年之內呈上三百多道奏疏和稟帖，對國事民生和皇上的品性言行，提出意見、建議、請求和諫勸。福臨對瑪法之疏帖十分重視，並“專門選擇了一批出來，特地收藏於皇帝個人文書庫的另一格中，並且在出宮遊獵時，多半都攜帶身邊，以便隨時閱讀”。其中，有好幾件是關係到朝廷安危帝君尊嚴和大批將領的生命的軍國大事。一是親迎達賴。順治九年五世達賴應召來朝，皇上打算親臨邊地迎候達賴法駕，漢臣一致諫阻，滿洲王公大臣主張親迎。湯若望也極力諫阻，特上一道很長的諫書，又親向皇上麵奏，“諫皇帝不要自失尊嚴引招這一種恥辱，因為這是曆史上的汙點，人們永遠不會忘掉的”。大學士洪承疇、陳之遴也上疏力諫，最後順治皇帝改變了主意，派和碩承澤親王碩塞前往迎接。②。
同年十一月定遠大將軍敬謹親王尼堪統軍進攻大西軍晉王李定國中伏戰敗被斬，第二年（順治十年）朝廷議處此案時，欲將隨同出征的包括四名宗室貝勒、貝子在內的二百名將領處死。實際上尼堪之死乃係咎由自取，他僅帶小隊人馬就拚命奔馳，脫離了大軍，陷入敵方重圍，以致死亡，隨軍將領對此“並無絲毫之過失”，他們還很快趕到，尋回尼堪屍體，把敵軍打退，使對方重受損失。此時，朝中無人敢為這二百名軍官向皇上懇恩求命，湯若望毅然上書，請求寬減對諸將的懲罰。“因為他從前曾諫皇帝，不要選擇這位狂勇冒失的親王為大元帥”，故現在可以將過失完全推到尼堪親王身上。皇上接受了湯若望的求恩奏折，免去二百餘名將領的死刑，改為降級革職。③。
有一次少年天子福臨“心內忽然發生樂趣，要在長城之北邊組織一最大規模如同打仗一般的一場遊戲”。這個消息一傳出來，“一般的人們，尤其是貧民，都發出悲怨之聲，因為他們當時都在受著一種物價騰貴的壓迫，而現在再加上一層皇差的勒逼，那就更要不堪設想，必致多人喪命的了”。湯若望得知此事後，立即覲見皇上，“直接地並不繞彎子地，把他的諫言向皇上說了出來”，福臨聽從了瑪法的諫言，停止了這場遊獵，並向那些清貧的官吏和兵丁，發下一批賞賜。②魏特：《湯若望傳》，第287頁；第290、291頁。
影響最大的要算鄭成功圍攻江寧了。當順治十六年南明延平郡王鄭成功統領大軍圍攻江寧，南京危在旦夕之時，福臨一開始失去了鎮靜的態度，“欲作逃回滿洲之思想”，可是在被皇太後叱責之後，“他反而發起狂暴的急怒了。他拔出他的寶劍，並且宣言為他決不變更的意誌，要親自去出征，或勝或死”。他劍砍禦座，宣布凡要諫阻者，一律斬殺。皇太後苦勸無效，派其奶母往勸，亦被皇上嚇跑了，不跑，就要用劍砍殺。各城門已經貼出告示，曉諭人民，皇上要親自出征，“登時全城內便起了極大的激動與恐慌”，因為老百姓“不得不隨同出征”，皇上由於其性格的暴烈，極易在疆場上遇到不幸，“那麼滿人的統治，就又要受危險了”。群臣又怕諫勸無效招致斬殺，不敢奏諫，於是把全部希望寄托在湯若望身上，“各親王和各貴顯，各部臣和許多朝中的官吏，列為一長隊到湯若望住底館舍中，迫切地請求他援助”。湯若望很久拒絕不允，但最後仍然讓步和同意了，“因滿清一搖動，教會亦必隨之受影響”。於是他就決定：“要為公共的安寧，為耶穌會底榮譽和教會底前途，把他的性命拿來作孤注一擲”。然後就進宮冒死諫阻，向帝呈上奏疏，“並且很深誠地懇求，不要使國家到了破壞地步。他寧願粉身碎骨，也不願不忠於他的職守，有所言而不言”。福臨本已有些安靜了，現在聽了湯若望的奏諫後，情調便轉變了過來，下令停止親征。②。
湯若望的直諫、忠心和教誨，少年天子福臨在相當長的時間裏，是非常珍視的，因而他對其也給予了超出常規超出一切王公大臣的優遇。這主要表現在以下幾個方麵。一為尊稱其為“瑪法”。堂堂“天下共主”至高無上的大皇帝，竟對身為臣屬的一名“夷人”，尊稱為“瑪法”，有清一代，實為罕見。二為免除跪拜。順治帝親政以後，朝中文武百官和“天潢貴胄”的宗室王公，除“叔和碩鄭親王”濟爾哈朗以年老免朝賀、謝恩行禮外，湯若望這位被授為欽天監正的五品文官竟也得到了與叔王一樣的優遇，免除跪拜。三是親臨館舍。皇上曾多次臨幸湯若望住宅，而且有時停留的時間很長，作竟夕之談，談話無拘無束。四是賞賜隆厚。皇上不僅賜予瑪法帑金和朝衣涼朝帽等物，有一次還親自賞賜瑪法由少年天子親手所畫且蓋有禦印的扇子，“作為禮敬他的師友的表征”。五為誥封三代，六是加授封階，七係賜予尊號，八乃賜予塋地和堂額。
順治八年，幼帝福臨誥封湯若望為通議大夫(正三品)，賜封其父、祖為為通奏大夫(從二品)，其母和祖母為二品夫人。不久又加其為太仆寺卿，尋改太常寺卿(正三品)，後又於順治十四年授通政使司通政使(正三品)榮銜，第二年並晉授光祿大夫封號(正一品)，恩賞其祖先三代一品封典。
順治十年三月初二，十六歲的皇上福臨賜予太常寺卿管欽天監事湯若望“通玄教師”稱號，此時是賜予“通玄教師”稱號，後來為避康熙帝玄燁之諱，乃改“玄”為“懸”，現仍從初封之名。加俸一倍，賜以敕諭。其敕全文如下：
“朕惟國家肇造鴻業，以授時定曆為急務。羲和而後，如漢洛下閎、張衡、唐李淳風、僧一行諸人，於曆法代有損益，獨於日月朔望交會分杪之數，錯誤尚多，以致氣候刻應不驗。至於有元郭守敬，號為精密，然經緯之度尚不能符合天行，其後晷度亦遂積差矣。爾湯若望來自西洋，涉海十萬裏，明末居京師，精於象緯，閎通曆法，其時大學士徐光啟特薦於朝，令修曆局中，一時專家治曆如魏文奎等，推測之法，實不及爾，但以遠人之故，多忌成功，曆十餘年，終不見用。朕承天眷，定鼎之初，爰谘爾姓名，為朕修大清時憲曆，迄於有成，可謂勤矣。爾又能潔身持行，盡心乃事，董率群官，可謂忠矣，比之古洛下閎諸人，不既優乎！今特錫爾嘉名為通懸(玄)教師，餘守秩如故，俾知天生賢人，佐佑定曆，補數千年之厥略，成一代之鴻書，非偶然也。爾其益懋厥修，以服厥官，傳之史冊，豈不美哉！”《清世祖實錄》第73卷第2、3頁。
順治十一年三月，帝賜阜成門外利瑪竇墳地兩旁地畝作為將來湯若望的塋地，十二年二月又賜禦書“通玄佳境”堂額，令恭懸於宣武門內教堂，並為其親撰碑文，刻於教堂門前，表揚湯若望“事神盡虔，事君盡職”。
一些漢大臣對湯若望的直言進諫，為國效力，也甚為讚揚。曾任都察院左都禦史的龔鼎孳為湯若望所撰《湯道未七十壽序》讚揚說：“(先生)睹時政之得失，必手疏以密陳，舉凡修身事天，展親篤舊，恤民勤民，用賢納諫，下寬大之令，慎刑獄之威，固人心，鏃厲士氣，隨事匡建，知無不言。……乃至獵阻相如，表抗韓愈，抵觸忌諱，罔懾震霆，微聞拂耳，終皆納牖，最後則直陳萬世之大計，更為舉朝所難言”。龔鼎孳：《湯道未七十壽序》，《定山堂文集》第4卷。
從順治八年到十四年，湯若望成為少年天子親密的尊崇的瑪法和師友，備受皇上特寵，常為少帝指點迷津，直言相諫，善語勸誡，帝也大都采納，但在三個重大問題上，湯若望的努力，沒有成功。湯若望十分討厭太監和喇嘛教，多次激烈諍勸，可皆未達到目的。湯若望作為北京耶穌會會長，雖對傳播耶穌會起了重大作用，北京傳教區的教徒增加到一萬三千名左右，但教會的最大願望，湯若望竭力追求的目標，即讓順治帝入教，信奉天主，卻未能實現。而且由於太監的搗亂和佛教的影響，順治末年少年天子逐漸疏遠了他尊敬的瑪法，而轉為篤信佛祖了。
三、“大覺禪師”賜帝“行癡”法號。
順治帝福臨親政之初，勵精圖治，欲以文教定天下，常與儒臣探討治國之道，對佛教並不崇信，甚至還對其有所譏諷。順治十年(1653)正月三十日，他與大學士陳名夏商討天下治亂之因和國祚長久之法時，曾對喇嘛僧道加以貶斥說：“喇嘛豎旗，動言逐鬼，朕想，彼安能逐鬼，不過欲惑人心耳。”陳名夏立即讚同，奏稱：“皇上此言，真洞悉千載之迷，嚐謂有道之世，其鬼不靈，光天化日，豈有逐鬼之事。”帝又說：孝子順孫追念祖父母、父母，“欲展己誠，延請僧道，盡心焉耳，豈真能作福耶？”名夏又奏：“有學識之人，必不肯延僧道，為此者，多小民耳。”《清世祖實錄》第91卷第28頁。