福臨雖然出家未遂，但因體本虛弱有病，又值愛妃仙逝，傷悼過甚，致身體更壞，不久染上天花，於順治十八年正月初七子刻崩於養心殿，享年二十四歲(若按實足周歲算，隻有二十二歲零十一個月)。隨即舉辦喪儀，火化梓宮。上先帝尊諡為“體天隆運英睿欽文大德弘功至仁純孝章皇帝”，廟號世祖。又以一等阿達哈哈番巴度之女進宮以後，感先帝恩德，以身相殉，輔政大臣以幼帝(康熙帝)玄燁名義追封其為貞妃說：“皇考大行皇帝禦守時，妃董鄂氏賦性溫良，恪共內職，當皇考上賓之時，感恩遇之素深，克盡哀痛，遂爾夢逝，芳烈難泯，典禮宜崇，特進名封，以昭淑德，追封為貞妃。”《清聖祖實錄》第1卷第20頁。
此貞妃董鄂氏，據張宸之《雜記》載述說：“或曰即端敬皇後之妹也”。張宸乃當時目睹喪儀之中書舍人，所述當有根據，但《清史稿》第二百一十四卷《後妃傳》對此僅簡單記稱：“貞妃，棟鄂氏，一等阿達哈哈番巴度女，殉世祖，聖祖追封為皇考貞妃”。此處未言其係端敬皇後董鄂氏之妹。而本傳敘述其他後妃時，凡係姐妹或侄女，皆予載明，像：“淑惠妃，博爾濟錦氏，孝惠皇後妹也”；“孝懿仁皇後，佟佳氏，一等公佟國維女，孝康章皇後侄女也”，“世祖廢後，博爾濟錦氏，科爾沁卓禮克圖親王吳克善女，孝莊文皇後侄也”。據此，則貞妃與端敬皇後又非姐妹。
查看《八旗滿洲氏族通譜》，才知張宸所記，是有些根據，但很不確切。本書第八卷第二頁第三頁載，巴都係魯克素之孫，巴都之父席爾泰是魯克素之次子，曆任佐領、十六大臣之列，晉世職為遊擊，被太祖賜人丁千戶，征沈陽時陣亡，其妻違禁屠馬祭夫，被罰交官職戶口贖罪。席爾泰之長子拉都，由閑散從征，陣亡，追贈雲騎尉，以其親弟巴都承襲。巴都從征入關，攻陝西，打湖廣，剿江西，陣亡於福建，原已晉授世職二等輕車都尉，現追贈一等輕車都尉兼一雲騎尉，由其子吳良阿承襲。此巴都即《清史稿》所記之巴度，一等阿達哈哈番即一等輕車都尉。魯克素之長子為席漢，席漢之次子是鄂碩，即端敬皇後董鄂氏之父。因此鄂碩與巴度(巴都)是同一祖父(魯克素)之堂兄弟，端敬皇後與貞妃是同一曾祖(魯克素)之遠房姐妹，或者可以說是族妹，關係並不密切，故《清史稿》不將貞妃寫為端敬皇後之妹。
很久以來，盛傳福臨因愛妃去世悲痛過度，舍棄帝位，離京前往五台出家為僧，孟森、陳垣二位前輩曾撰專文論述其非，證明世祖確係死於天花，安葬孝陵，下麵引錄幾段關鍵性史料，敘述帝之病故、辦喪及火化之事。
世祖是於順治十八年四月，由茚溪森禪師主持火化的。《敕賜圓照茚溪森禪師語錄》對此記述十分清楚。卷六佛事門載：“辛醜(十八年)二月三日，欽差內總督滿洲大人通議歌鑾儀正堂董定邦奉世祖遺詔到圓照(杭州圓照寺)，召師進京舉火，即日設世祖升遐位。師雲：壽椿殿上話別時，言猶在耳，行大機，顯大用，隨宜說法，雷轟電掣，這是皇上生平性躁處，千聖萬賢不能窺於萬一。遂顧左右雲：大眾見麼，容顏甚奇妙，光明遍十方，即今在你諸人頂門，開無上甚深微妙正法眼藏，汝等勿得錯過，將來人個蓋天蓋地，續佛慧命，受用無盡”。四月十六日茚溪森奉旨到了北京，表賀康熙皇帝。過了幾天，“詣世祖金棺前秉炬”火化。本書卷二早參門又載：“康熙皇帝召師為世祖舉火，起程早參。師拽拄杖曰：大眾，山門前得底句，禪堂裏商量去，進到方丈，不必再舉，何也，慈翁不肯辜負汝，若有人知落處，許他隨我去”。火化時，茚溪森在景山壽皇殿“秉炬，曰：釋伽涅，人天齊悟，先帝火化，更進一步。顧左右曰：大眾會麼，壽皇殿前，官馬大路。遂進炬”。《茚溪森語錄》，轉引自《陳垣史學論著選》。
順治十八年正月中書舍人張宸，著有《雜記》，詳細敘述了世祖病故、舉哀、出殯的經過，實係罕有的珍貴史料，現摘錄於下：
“辛醜正月，世祖皇帝殯天。予守製禁中，凡二十七日。先是，正月初二日，上幸憫忠寺，觀內？吳良輔祝發。初四日，九卿大臣問安，始知上不豫。初五日，又問安。見宮殿各門所懸門神對聯盡去。一中貴向各大臣耳語，甚倉皇。初七晚，釋刑獄，諸囚獄一空，止馬逢知、張縉彥二人不釋。傳諭民間毋炒豆，毋燃燈，毋潑水，始知上疾為出痘。……(初七日上卒)(初九日)早，上(指康熙帝玄燁)升殿畢，宣哀詔於天安門外金水橋下。……殿上張素幃，即殯宮所在。兩廡俱白布簾，闈肅穆，非外廷可比。宮門外大廠二，東釋西道，豎幡竿，晝夜禮經懺。……十四日焚大行所禦冠俱器用珍玩於宮門外。時百官哭臨未散，遙聞宮中哭聲，沸天而出，仰見皇太後黑素袍，禦乾清門台基上，南麵，扶石欄立，哭極哀。諸宮娥數輩，俱白帕首白衣從哭。百官亦跪哭。所焚諸寶器，火焰俱五色，有聲如爆豆。人言每焚一珠，即有一聲，蓋不知數萬聲矣。謂之小會紙。自初八至十六日，哭臨畢。……又幾日，移殯宮於景山壽皇殿。先一日，陳鹵簿隊、象輦。……百官排班自東華門至景山，魚貫跪道左。予是時始見鹵簿之全。開道二紅棍，有黑漆描金如竹筒上廣而下銳者凡十餘對。又二紅棍，如前筒而剖其半又十餘對。自後則有若者，若戟者，若戈若矛者，蛇其首者，若錐者，如瓜者，如手執錐者，皆鍍金竹竿；有若節者，幢者，幡者，旌者，旗者，麾者，錦綺輝耀，每每色各數十對。每易一杖，即間二紅棍。諸仗俱直立持，不橫仆。惟扇傘最多，扇有圓者、方者、兜者、如鳥翅者，每式具五色，色各一。傘亦具五頂，每色五頂，俱刺繡五簷，惟黃羅曲柄者止二頂。隊中有敬馬，轡而不鞍，八十餘匹，有鞍馬數十匹。刻金鞍轡鐙，黃，鞍首龍銜一珠，如拇指大，鞍尾珠三，如食指大，背各負數枕，備焚化，枕頂亦刻金為龍銜珠，如鞍首，共百餘。駝數十匹，繁纓垂貂，極華麗，皆負綾綺錦繡，及帳房什器，亦備焚。腰弓插矢者數十人，俱乘馬。捧禦弓箭者數十人。牽獵犬禦馬者數十人。禦箭皆鴉翎粘金。禦撒袋俱黃綺，針縫處密密貫明珠，計一袋珠，可當民間數婦女首飾，真大觀也。近靈輿，各執赤金壺、金瓶、金唾壺、金盤、金碗、金盥盆、金交床椅杌等物，皆大行所曾禦者，亦備焚。靈輿黃幔軟金簷，紫貂大坐褥，其後即梓宮，用朱紅錦覆蓋，諸王大臣乘馬執紼，……梓宮後為貞妃柩，上用紫花緞袱，蓋貞妃者從先帝死，故賜號曰貞妃，或曰即端敬皇後之妹也。其後，皇太後黑緞素服，素幔步輦送殯。舉哀後，素車五，青幔車六七，不知中官誰人。各官隨至景山，梓宮啟東牆入。命婦在壽皇殿內，百官在殿門外。擗踴奠楮，焚前所載諸物，謂之大丟紙。禮畢而散。……(哭臨時期)東華門晨啟，諸命婦入哭，俱細布白袍，白帕首，後垂二白帶，長竟身，手執一細竹杖，抵暮方散，車如流水，馬如遊龍，此俱從龍貴人一二品大臣妻也，可謂盛矣。……凡諸珍玩，焚化不盡者，俱市之民間，以備山陵之費。即盆卉鞍韉諸物，亦有貨者。於是知皇太後之儉德，固逾他代”。張宸：《雜記》，轉引自孟森：《世祖出家事考實》。
第三節自責十四大罪四臣輔政。
一、變更祖製指定大臣輔政。
順治十八年(1661)正月初七，少年天子福臨去世，留下遺詔，其中最後一段最為重要：“太祖、太宗創垂基業，所關至重，元良儲嗣，不可久虛。朕子玄燁，佟氏妃所生，年八歲，岐嶷穎慧，克承宗祧，茲立為皇太子，即遵典製，持服二十七日，釋服，即皇帝位。特命內大臣索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鼇拜為輔臣，伊等皆勳舊重臣，朕以腹心寄托，其勉矢忠藎，保翊幼主，佐理政務”。《清世祖實錄》第144卷第5頁。
這一段遺言，是整個遺詔中最為重要的根本基調。它之所以重要，首先是它在四位皇子中指定了太子，指定了入關以後第二位清朝皇帝。福臨共有八位皇子，長、四、六、八四位皇子早殤。順治十八年還有四位皇子，皇次子福全係庶妃董鄂氏所生。皇三子玄燁，母係佟佳氏，乃漢軍旗人固山額真佟圖賴之女，封為妃(很可能也是庶妃)。皇五子常寧，母係庶妃陳氏，皇七子隆禧，係庶妃紐氏所生。福臨死時，皇二子福全十歲(皆按虛歲算)，皇三子玄燁八歲，皇五子常寧六歲，皇七子隆禧兩歲。若論長幼，當立皇二子福全，若論嫡庶，諸皇子之母皆係庶妃，哪一位皇子都沒有特別的優勢，都是一般高。但這四位庶妃中，也略有區別，論妃之父親而言，皇三子玄燁之母佟佳氏比其他三妃更高一籌，因為那三位妃之父親，在《清史稿？後妃傳》中均未載寫姓名和官職，而佟佳氏之父佟圖賴卻是“遼左舊人”，早年隨父佟養正歸順太祖，佟養正任至三等遊擊，守鎮江陣亡，其世職三等輕車都尉由佟圖賴承襲。佟圖賴多年從征，開國有功，任至定南將軍，漢軍正藍旗都統，晉世爵為三等子，順治十五年卒，贈少保兼太子太保。但是，佟佳氏有一弱點，即她家是漢軍旗人，而皇二子福全之母董鄂氏、皇七子隆禧之母紐氏，顯然都是滿洲旗人，順治年間，漢軍旗人之地位遠遠低於滿洲旗人。順治帝曾於順治九年、十二年的兩次會試，將滿漢生員分別考試，滿洲旗人和蒙古旗人屬於滿榜，漢軍旗人和漢人屬於漢榜。當時漢軍旗人除範文程、寧完我大學士因有帝特旨加恩，才當上了議政大臣，其他漢軍旗人的大學士、尚書、都統，都沒有資格擔任議政大臣。可見漢軍旗人之低於滿洲旗人。這樣一來，佟佳氏的優勢又不複存在了。
因此，一般認為，若立皇子為帝，四位皇子之中，當以庶妃董鄂氏之子皇二子福全希望最大，最有可能繼承皇位。但是結果出人意料，佟佳氏之子年方八歲的皇三子玄燁卻被指定為皇太子了。
原來，福臨曾想立一位堂兄弟繼位，這可能是他考慮到四位皇子皆小，難當重任，尤其是下五旗王公勢力還很強大，讓一個七八歲、五六歲或更小的幼子登基，穩定不了政局。但是此議被皇太後反對，親王們也不讚成這一意見，皆願意從皇子中立一為帝。皇太後很賞識皇三子玄燁，福臨拿不定主意，遣人詢問湯若望。“湯若望完全立於皇太後的一方麵，而認被皇太後所選擇的一位太子為最合適的繼位者”。“這樣皇帝最後受到湯若望的勸促，舍去一位年齡較長的皇子，而封一位庶出的還不到七周歲的皇子為帝位之承繼者。當時為促成這一個決斷所提出的理由，是因為這位年齡較幼的太子，在髫齡時已經出過天花，不會再受到這種病症的傷害的，而那位年齡較長的皇子，尚未曾出過天花”。魏特：《湯若望傳》，第325頁。