統籌城鄉綜合配套改革試驗區，不同於沿海經濟特區那樣有優惠的特殊政策，但允許突破某些現行的製度和規定，鼓勵改革創新。隻要法律沒有禁止的，都可以探索。有這一條也很寶貴。
統籌城鄉發展，總的要求是城鄉協調發展，共同繁榮，形成城鄉經濟社會發展一體化新格局。當前，城鄉發展差別過大，城鄉居民收入差別過大，農業穩定發展和農民持續增收難度加大。在這種情況下，要按照以工支農、以城帶鄉的要求，更多地體現對農村的支持和帶動。要克服過去存在的“城市偏向”，不再以損害“三農”來發展工業和城市，相反，在公共財政、公共設施和公共服務等方麵要向“三農”傾斜。這個指導思想要明確。
從改革試驗中初步接觸到的情況來看，統籌城鄉發展，有幾個問題需要特別引起重視，認真進行研究和探索。
第一，產業支撐問題。要加快工業化進程，做大做強一、二、三次產業，壯大地區經濟實力，並能提供就業崗位，吸納農村勞動力和農村人口向城鎮轉移。這是統籌城鄉發展的核心問題。要減少農民，把一大批農民變為市民，提高城市化率，一定要依托產業發展，解決農民的就業問題。否則，人為地轉移農民，把農民的土地占了，讓農民住進了樓房，戶口由農民改為居民，但沒有就業崗位，就會形成一大批失地農民。這些人如果長期靠政府低標準的補貼過日子，是不穩定的。當前，就業方麵存在的突出矛盾是勞動者就業需求與就業崗位供給不足，城鎮就業壓力加大，農民又要向城鎮轉移就業。因此，發展壯大產業，提供就業崗位，多渠道轉移農民就業，使一大批農民成為能夠享受城市社會公共服務的真正的市民，可以說是改革成敗的關鍵。
第二，土地問題。這是個敏感問題，有四個方麵要重視和研究：一是耕地保護。全國要守住耕地麵積不少於18億畝（120萬平方千米，一畝約為0.00067平方千米，下同）這根紅線。不同部門掌握的耕地數據差別很大。以四川省為例，省國土資源廳提供的數據是：2006年年末，全省耕地麵積為8921萬畝。省農業廳提供的數據為5859.1萬畝。根據國土資源部的部署，四川耕地麵積必須守住8785萬畝（詳查數），這是四川的紅線。現有麵積減紅線麵積，全省隻有136萬畝耕地可以占用，按目前的建設要求，一兩年就占完了。出路何在？通過“土地整理”增加耕地麵積，達到“占補平衡”。土地經過整理，一般可以增加10%～15%的麵積。真實情況是：新增的麵積有一些，但不多，主要是習慣畝同丈量畝的差別，農村的習慣畝大於丈量畝，所以有人說是“皮尺量出來的麵積”。這種情況我們要心中有數。二是土地流轉。統籌城鄉發展，要求加快土地流轉。這不僅是推進工業化、城鎮化的需要，也是發展現代農業的需要。農村裏年輕人大多出去打工了，剩下老人、小孩，一家一戶的傳統小農業都難以經營，甚至有土地撂荒現象，怎麼能發展規模化的現代農業？土地流轉必須堅持依法、自願、有償的原則，流轉的方式有轉包、轉讓、互換、出租、入股等多種模式。土地出租相當普遍，土地入股也在試驗。土地流轉是為了推進適度規模經營，目的是提升農業產業，增加農民收入。但規模經營不可理想化，不能人為地硬性推進，一定要從實際出發，根據當地的條件，尤其是龍頭企業要選好，如果企業經營不善，對農民的承諾不能兌現，會帶來很多麻煩。因此，土地流轉要推進，要創新，但也要謹慎，充分尊重農民意願。三是製止違法違規行為，維護農民權益。土地問題上違法違規行為十分嚴重，損害農民利益，壞了一批幹部。有的占地沒有合法的審批手續，強行把農民遷走。以租代征、少批多占、未批先占的現象不少，占地風實在難以刹住。四是集體土地能否適當搞活？如集體建設用地、宅基地，廣東和沿海地區有一些新的舉措。國家為了製止亂占濫用農村土地之風，從宏觀上嚴格管理是必要的。但重慶、成都作為改革試驗區，應當鼓勵大膽探索。現在土地收益的分配很不合理，農民所得極少，大頭被地方政府和開發商拿走了。我們一方麵出台了不少惠農政策，讓農民增加收入；另一方麵又從農民的土地收益中拿走很多。能不能通過集體建設用地和宅基地適當放活，讓農民也能獲得一些“財產性收入”？現行規定是不允許的，這隻能在改革中探索。改革最終要尊重群眾的實踐和創造。回想農村改革初期，中央規定“不許分田單幹，不許包產到戶”，後來全國農村都實行了包產到戶。2001年，中央《關於做好農戶承包地使用權流轉工作的通知》（中發〔2001〕18號文件）規定：“農村土地流轉應當主要在農戶間進行”，“中央不提倡工商企業長時間、大麵積租賃和經營農戶承包地，地方也不要動員和組織城鎮居民到農村租賃農戶承包地”。這些規定，實踐也都突破了。