杜潤生重視農業經營形式的改革，同時重視農村產業結構、農業生產結構的改革和農產品價格改革，在重視農村經濟體製改革的同時，很關注農村政治體製改革，特別是廢棄人民公社政治體製；在重視農村生產關係變革的同時，他關心農業生產的技術改革與發展，對農業水利化、機械化極為關心。
——杜潤生說，“包產到戶”以後農業機械化怎麼辦？改變“全國基本上實現農業機械化戰略”為“有選擇地推進農業機械化”的戰略，讓農民自主選擇農業機械化的重點、步驟、方法、機械係統和經營形式。我們在農民選擇的基礎上進行再選擇。他敏感地吸收聯合國專家會上的建議：發達國家實行全盤機械化戰略，發展中國家實行選擇性機械化戰略。他同意廢棄完全脫離實際的“為1980年全國基本上實現農業機械化”的口號和“全國農、林、牧、副、漁主要作業機械化程度達到70%”的指令性指標。他在農業一號文件中正式寫入了“有選擇地推進農業機械化”的重要戰略方針，提出了允許農民個人購買拖拉機，並從事長途運輸等重要方針，使中國農業機械化進入了一個新階段。“有選擇地推進農業機械化”，實質上也同時提出了有選擇地推進農業現代化或選擇性現代化的戰略，除了定性、定量分析以外，在中國這個地域性條件和社會經濟水平差異極大的發展中國家，還必須加強定位分析，真正落實因地製宜的方針。
——杜潤生擔任主任的中共中央農村政策研究室、國務院農村發展研究中心，是一個受到胡耀邦總書記表揚的單位。胡耀邦認為，這是一個不爭人權、物權、財權的中央直屬單位，全力以赴致力於調查研究農村問題，提出相應的對策性建議，每年為中央起草一個一號文件，真正起到了中央政策谘詢單位的作用（大意）。的確，杜潤生沒有為農研室爭取龐大的機構編製，而是隻有100多人的小單位；他也沒有為本單位爭取更多的福利，甚至沒有留下一座農研室的獨立的辦公樓，職工宿舍的條件也相當困難；他不去爭取本單位更大的財政支配權，甚至在時任國務院總理批準將軍隊轉來支農的十萬輛卡車的指標分配權全部下發給地方時，盡管當時的雙軌製形成價格差距很大，杜潤生決定，農研室自己一輛都不留。杜潤生領導的農研室，考慮的是農民的利益和困難，中央應采取的政策，而不圖本單位的利益。
對於農民說：“杜潤生對農村改革立了大功，是農民的恩人”，農村幹部說：“杜潤生是農村改革的參謀長、方麵軍指揮員”等讚頌之詞，杜潤生連連擺手，謙遜地說：“我隻做了我應該做的工作”。
2008年8月7日回答海外媒體的采訪，杜潤生在談到中央農村政策研究室的工作成績時，也不忘農村改革工作的不足之處。他很遺憾，農民還沒有自己的組織——農會。20世紀80年代，他向鄧小平建議成立代表農民利益的農會。鄧小平說，共產黨代表農民利益。杜潤生解釋道，黨代表農民利益，也代表政府利益。農民利益和政府利益有時有矛盾，還應建立代表農民利益的農會。鄧小平說：“好，那就看一看。三年後再說。”20多年過去了，鄧小平的遺願還沒有實現。杜潤生的眼光朝向遠方，他在期待農民的組織能早點出現。他關注著農民的命運，他和農民的心是相通的。
二、杜潤生——站得很高看得很遠的思想家
在“六四”政治風波之後，杜潤生的行政事務性工作明顯減少，他繼續關注農村形勢和農業政策，提出政策性建議與理論分析，更著重於對曆史的反思和對未來的展望。我有幸在最近20年來聆聽到杜潤生的多次談話，我感到，杜潤生不僅是一位重要的農村改革的領導幹部，成功的改革家，更是一位站得很高、看得很遠的思想家，現介紹他的一些新穎的重要觀點：
——杜潤生認為1949年的《中國人民政治協商會議共同綱領》是正確的，建立新民主主義社會，主要矛盾是發展生產力，而不是無產階級和資產階級的階級矛盾。然而1950年，卷入抗美援朝戰爭以後，毛澤東逐漸地轉變認識，從中共七屆二中全會把發展生產力和階級矛盾兩者並提，轉變為以階級鬥爭為綱，認定無產階級和資產階級兩個階級、社會主義和資本主義兩條路線的鬥爭是中國社會的主要矛盾。這樣，抗美援朝的戰爭形勢，加重了毛澤東的敵情認識和他認為階級鬥爭極嚴重的思想。因此，出現了各種“左”傾路線、方針、政策，接連不斷的政治運動。
——杜潤生說，毛澤東講過“過河拆橋”，因而放棄新民主主義論是必然的。毛澤東在同杜潤生等人的一次談話中，對新民主主義講過“過河拆橋”的話。杜潤生的解釋是，毛澤東認為過了河，就可以拆橋了。