黨的十一屆三中全會原則通過了《中共中央關於加強農業發展若幹問題的決定》（草案）。但即使這樣一個撥亂反正的重要文件，也沒能完全擺脫“左”傾錯誤的曆史慣性，“不許包產到戶，不許分田單幹”。
杜潤生此時恢複工作，調到國家農業委員會任副主任。他一開始工作，就把注意力集中到包產到戶這個尖銳的問題上。
杜潤生對中國農民一貫有著透徹的理解：中國農民一直懷著民主革命建立起來的對黨的信任感和良好期望，參加了黨所領導的社會主義大試驗。隻是當吃飯問題變成長期困惑時，才自發地去尋找溫飽之計，農民想擺脫的不是社會主義，農民要求的隻不過是經營自主權。
作為人民公社統一經營對立麵的包產到戶，在毛主席時代是個禁區。但那時仍有不少地方先後冒險試行了包產到戶，至改革啟動之前，五起四落。對於廣大農民這一自發的創舉，杜潤生的看法是：在中國試驗集體化生產效果並不令人滿意時，有個亮點卻令人興奮，那就是自留地，它的單產潛力數倍於公營土地。農民自發搞包產到戶，即公有土地家庭經營，乃是自留地政策效應的拓展，以此衝破“一大二公”，應對家庭農業重新肯定。
盡管他確立了上述一些認識，但他深知這種認識被多數人，尤其被領導人所接受，還將經曆一個曲折過程。
1979年3月，國家農委在京召開有七個省代表參加的農村工作座談會，對包產到戶展開了激烈爭論。當時，剛解放出來不久的杜潤生，以國家農委副主任身份主持會議。他在開場白中希望通過爭論，取得共同語言，並且風趣地說：“要文鬥，不要武鬥”。黨的主要領導人聽取會議彙報後，即席講話，堅決不讚成搞包產到戶。但這場爭論有其正麵影響，會議紀要上開一個小口子：深山、偏僻地區的孤門獨戶實行包產到戶，也應當允許；對已經搞包產到戶的不批判、不鬥爭、不強製糾正。
後來，對包產到戶的“好得很”與“糟得很”之爭並未平息。在這關鍵時刻，鄧小平於1980年5月31日發表重要講話，肯定了安徽肥西和鳳陽農民的創造。
1980年9月，剛剛調整的中央領導班子召集各省、市、自治區黨委第一書記，就農業生產責任製進行專題座談。討論的文件是國家農委代中央草擬的。杜潤生在會上就代擬稿作了八條說明。他首先指出：“必須堅持社會主義方向，但要從實際出發，聯係農民，照顧農民要求。”他明確了包產到戶的性質，是社會主義經濟的一種責任製。座談會討論很激烈，有兩個省的省委書記針鋒相對：“你走你的陽關道，我走我的獨木橋。”他們這句話上了會議簡報，後來被傳開了。最後，與會者還是基本達成了共識，發出了《關於進一步加強和完善農業生產責任製的幾個問題》，即中發〔1980〕第75號文件。在中國農村經濟體製改革何去何從的轉折時刻，這個文件鬆開了一道較大的口子：在那些邊遠山區的貧困落後的“三靠”地區，應當支持群眾的要求，可以包產到戶，也可以包幹到戶！
真正徹底突破禁區，標誌著農村第一步改革高潮的，還當推五個中央一號文件。在80年代前中期農村改革的高潮中，中共中央書記處農村政策研究室在杜潤生的主持下，發揮了參謀部的作用！
曆經新中國成立30年的風雨滄桑，古稀之年的杜潤生對發展中國農村經濟的理性思考日益成熟。翻閱杜潤生那時的各種講稿、文章，不難看出，對包產（幹）到戶這個農村經濟體製改革的大方向，他始終不渝地從理論聯係實際的高度進行了多方麵闡述，希冀在廣大幹部中取得共識。