大殿為徹上明造，由於後內柱向後移動了半架左右，使得構架出現了較為特殊的形式。這種後內柱後移的布置雖使室內佛壇處空間加大，但帶來了柱梁結構的混亂。為了承托後下平槫，不得不在三椽栿上立短柱，其上再安三椽栿，從而形成了兩重三椽栿的形製。為了兩重三椽栿的前尾有柱可依，因此隻好在前內柱的鋪作上按平坐插柱造的方法立上層木柱，作為聯絡兩重三椽栿、前乳栿、劄牽以及承托平梁的構件。平梁上安蜀柱、叉手以承脊槫。這種在單層廳堂構架的內柱上接二層柱的做法是宋代建築中的孤例。殿的山麵各從當心間兩柱上伸出丁栿，分別插入前內柱上層木柱身或搭在三椽栿上。丁栿上立蜀柱，承托山麵出際處的平梁，構成九脊殿頂。構架還用襻間、串、額等聯絡構件。
石柱上飾有花卉、人物、力士、盤龍等精美雕刻，其中前槽東內柱有宣和七年韶州人劉善恭施柱題記，成為此殿斷代的依據。外簷露明的8根石柱皆施壓地隱起雕飾，每麵於四周留邊框2.5厘米，上端留出一段作如意頭，下端留出一段作卷草紋，以雙線攔出，中部作卷枝圖案。枝條自下部仰、覆蓮花中生出，向上延展，在翻卷的花葉之間時而出現化生童子、嬪伽、舞樂人，時而出現孔雀、飛鳳、排簫、琵琶等，變化多樣。花卉品類有牡丹花、寶相花、蓮荷花、海石榴等，豐富多采。內柱4根亦作雕飾，但題材手法與外柱不同。其八個麵無明確邊棱，圖案采用剔地起突手法雕成。前內柱向外部分雕天王執劍與降龍，向內部分雕雲卷夾雙鳳。後內柱雕天王執杵、嬪伽、降龍等。
此殿構架中石柱及額枋采用規整的形式，而所有梁栿用原材略經加工而成，用材很不嚴格。兩者形成了明顯的精、粗對比，這或許是後世多次修繕而形成的結果。也有可能石柱及額枋完成在前，而大殿最終建成在宣和七年之後，是北宋末年的戰亂中未能按原計劃施工而留下的結果。
大殿鬥栱主要有四種形式，即外簷柱頭鋪作、外簷補間鋪作、轉角鋪作、內柱柱頭鋪作。鬥栱用材為18.50×11.50厘米，栔高7厘米，約合《營造法式》六等材。
外簷柱頭鋪作為五鋪作單杪單下昂，下昂作插昂，重栱計心造，裏轉四鋪作出單杪偷心造，上承頭。鋪作中除頭為足材外，華栱、慢栱、令栱皆為單材，頭前半部為華頭子，承插昂，後半部承梁，端頭作蟬肚式，比裏跳華栱長出72份。柱頭鋪作所承乳栿或丁栿入鬥栱後做成耍頭，但這裏的耍頭與一般建築中的鬥栱做法不同，在外露於令栱之外的部位作成單材，自令栱以內，截麵高度漸變，直至慢栱裏側變成梁高，至正心枋後截麵寬度也不再受鬥栱材寬限製，斷麵尺寸變成28×22厘米。柱頭鋪作皆用圓櫨鬥。
外簷補間鋪作為五鋪作單杪單下昂，裏轉五鋪作出雙杪，重栱計心造。下昂後尾上撤下平槫，挑一材兩栔，即一橫栱，上下各施一鬥。橫栱之上並施替木。昂尾下緊貼挑斡及靴楔。櫨鬥用方形訛角鬥。補間鋪作當心間二朵，次間及山麵每間一朵。
轉角鋪作為五鋪作單杪單下昂，重栱計心造，在45度方向出華栱一縫，裏轉僅角華栱兩跳。外跳列栱齊全，華栱與泥道栱出跳相列，下昂後尾取平與泥道慢栱出跳相列，瓜子栱與小栱頭出跳相列，慢栱與切幾頭出跳相列，令栱作鴛鴦交手栱與瓜子栱出跳相列。角華栱上承角昂及由昂，皆作平昂，角昂裏轉後成第二跳華栱，由昂裏轉後成耍頭，並於跳頭施異形栱，上承角梁尾。
內柱柱頭鋪作，從殿身橫剖麵看，外跳出單杪，上承頭。裏跳出雙杪，上承頭及三椽栿。從殿身縱剖麵看，前內柱鬥栱向室外的一麵出單杪，上承頭，向內的一麵出雙杪，上承木枋。後內柱內外皆出雙杪，上承木枋及耍頭形的枋子出頭。內柱鋪作皆為偷心造，櫨鬥訛角。
此外，在脊槫蜀柱上施丁華抹頦栱一組，脊槫襻間下使用橫栱兩重承托，上平槫下並有一組令栱，充當補間鬥栱。
以上是初祖庵大殿構造的大致情況。從中我們可以看到，初祖庵雖然雖地處中原腹地，但其建築形製、構件樣式與同期中原及北方地區宋、遼、金建築相比有較大差異，而與江南宋元木構建築極為一致。
中國木構架的梁架類型主要分為北方抬梁和南方穿鬥兩大體係。兩者的最大區別在於荷載的傳遞方式，即穿鬥不若抬梁需經“檁（槫）-短柱-梁-柱”的過程，而以“檁（槫）-柱”直接傳遞，這樣穿鬥因缺少梁的穩定機製，易造成橫向傾覆，故穿鬥建築更重柱間串（枋）的聯係，“串”的穩定作用是南方建築重要的特點，同時還需依賴衍生構件如丁頭栱等來加強整體穩定，形成典型的南方區別於中原及北方地區抬梁“梁-柱”體係的“柱-串”體係。穿鬥結構依然大量分布在南方地區，例如浙江、徽南、四川和福建等地，故穿鬥與抬梁各自反映了南北建築構架的基本特征。少林寺初祖庵大殿雖然屬於抬梁式梁架類型，但介於《營造法式》中規定的“殿閣造”和“廳堂造”之間。廳堂造是一種在抬梁式梁架基礎上吸取穿鬥式梁架一些做法後而形成的結構形式。這種形式在浙江寧波保國寺大殿、福建福州華林寺大殿的構架及各種串、丁頭栱等做法上，得到了充分的體現。少林寺初祖庵大殿在前內柱的鋪作上按平坐插柱造的方法立上層木柱而形成的特殊構架，以及構架中運用襻間、串、額等聯絡構件的做法，顯然帶有廳堂造和穿鬥架的某些特征。
如果說少林寺初祖庵大殿構架上隻是帶有些許穿鬥式的痕跡，那麼它的許多構件的式樣做法完全是江南建築的模樣。如初祖庵大殿的圓鬥、訛角鬥等做法在中原及北方地區建築中是孤例，但這種做法普遍用於五代十國末期的浙江杭州閘口白塔、北宋的寧波保國寺大殿和明清以後的浙江永嘉等地的村落建築中。再如初祖庵大殿當心間補間鋪作兩朵、次間一朵，該做法是江南建築的典型特征，江南現存五代、宋、元建築大多采用當心間補間鋪作兩朵、次間一朵的方式，而中原及北方建築中唯隆興寺摩尼殿當心間采用雙補間鋪作。又如昂嘴的做法，中原及北方地區宋、遼多為批竹昂，如晉祠聖母殿殿身及副階、榆次永壽寺雨花宮、遼塔及遼代諸殿等，初祖庵大殿鬥栱中的昂嘴采用琴麵的做法，是中原及北方地區宋、遼建築中鮮有的實例中原及北方地區至金、元時期才逐增多，所以琴麵昂應是南方做法。，而南方建築中琴麵昂的做法曆史悠久且使用極為普遍。此外，初祖庵大殿橑簷枋也是中原及北方地區的孤例，資料曾記載中原及北方地區既有橑簷枋（或下加替木）又有橑風槫（下必施替木）兩種形式，但中原及北方地區實例多用圓形的橑風槫而非方形的橑簷枋，江南現存建築則無一用橑風槫，江南從五代、宋、元，甚至到明、清的許多民居簷下都保留以枋承椽的做法；而中原及北方地區替木加橑風槫的形式則一直延續到明、清官式建築。
初祖庵大殿具有明顯的江南建築特征，也是現存中原及北方地區宋、元遺構中最接近《營造法式》的實例。從年代上來看，初祖庵大殿僅較《營造法式》刊行晚25年，且登封距當時汴梁較近，故推測該殿受《營造法式》的影響甚大，尤其是運用了《營造法式》中的南方建築因素。
《營造法式》編著過程與少林寺初祖庵大殿建築特點給了我們這樣的啟示：江南建築確實對《營造法式》產生過影響。那麼，在江南現存的早期木結構建築與《營造法式》的比較中定能進一步找到相應的例證。對此，我們將在下一章中作專門的比較分析。